公元1368年1月23日(陰曆戊申年元月四日)，朱元璋於應天即皇帝位，改元洪武，宣告大明國建立。
登基後第三日，即洪武元年元月六日，朱元璋在奉天殿大宴群臣，重新審定、任命諸官。
劉基和章溢在上一年十月九日已被任命為御史中丞，朱元璋對他們的官職並未更改，而是重申前命。
其中，朱元璋授劉基御史中丞的《御史中承誥》中，大大地表彰了一番劉基的功勞。
文中出現了“劉基學貫天人，資兼文武，其氣剛正，其才宏博。議論之頃，馳騁乎千古；擾攘之際，控馭乎一方”這樣的話語。
另外，宋濂寫給章溢、收錄在《宋文憲公全集》卷四中的《御史中承章公神道碑》裡也有記：上愛公(章溢)甚，嘗與公及劉君(劉基)曰：‘二先生年向耄，恐感霜露致疾，善自衛攝，不宜早趨朝也。’”
可見朱元璋對兩個御史中丞劉基和章溢是非常敬重的。
然而，兩年之後，洪武三年十一月，當大將軍徐達、左副將軍李文忠等從塞外班師還朝、奉上平沙漠表，朱元璋大封功臣勳爵。
這一次較之洪武元年那次，要正式得多了。
封公的有六個人，分別是韓國公李善長，食祿四千石；魏國公徐達，食祿五千石；鄭國公開平忠武王常遇春之子常茂，食祿三千石；曹國公李文忠，食祿三千石；宋國公馮勝，食祿三千石；衛國公鄧愈，食祿三千石。
六人之中，僅李善長一人為文臣。
封侯者二十八人，以湯和為首，全是武將。
公、侯都有食祿，並令子孫世襲。
封伯者二人，即汪廣洋、劉基，都是文官。但兩人的食祿多寡有別，汪廣洋食祿為三百六十石，劉基只有二百四十石，差了一百二十石。
劉基的食祿二百四十石和李善長的食祿四千石相比，差得更遠，且子孫不世襲。
而朱元璋給劉基的《誥書》與洪武元年的《御史中承誥》比，語氣也差了許多。
文中只泛泛提了一句：“朕提師江左，兵至栝蒼，爾基挺身來謁於金陵。”
後世多為劉基感到不平——正德九年（1513年）明武宗追贈劉基為太師，誥文裡有“渡江策士無雙，開國文臣第一”之句，朱元璋怎麼在這次大封勳爵中只給劉基封了最末一等呢？不公平，太不公平了！
大家為劉基抱不平的同時，也在同情劉基的感受——猜劉基肯定會是無比委屈、無比憤懣。
但是，大家的猜想是錯的。
劉基既不委屈、也不憤懣，而是心滿意足，對朱元璋感恩戴德、千恩萬謝。
其實，洪武元年，劉基拿到《御史中丞誥》任御史中丞不足半年就被朱元璋削職為民，打發還鄉了。
大致原因有幾個：
一、帝幸汴梁，基與左丞相善長居守。基謂宋、元寬縱失天下，今宜肅紀綱。令御史糾劾無所避，宿衛宦侍有過者，皆啟皇太子置之法，人憚其嚴。中書省都事李彬坐貪縱抵罪，善長素暱之,請緩其獄。基不聽，馳奏。報可。方祈雨，即斬之。由是與善長忤。
二、當時，“京城自夏至秋不雨，有司禱求不應”，劉基借祈雨的機會，向朱元璋提出了幾個問題：1、朱元璋曾經要求“出征陣亡及病故軍妻俱令於寡婦營居住，不許出營，令人巡綽及把門在外。男子無故入營問罪。”劉基卻說“出征陣亡病故軍妻數萬，盡令寡婦營居住，陰氣鬱結”要求“寡婦聽其嫁人，不願者送還鄉里依親。”2、朱元璋恨張士誠，下令將投降過來的原張士誠部下頭目全部充軍，劉基卻提出異議，說“張士誠投降頭目不合充軍”。3、工役人死，暴露屍體不收，要求朱元璋“工役人釋放寧家”。
朱元璋全部依從，但仍是“旬日仍不雨”。朱元璋一怒之下，就下令：“劉基還鄉為民，御史按察司官俱令自駕船隻發汴梁安置，被問官吏赦罪還職。”
劉基觸怒了朱元璋，無官無爵無職、失魂落魄地黯然返鄉，一路上可謂冷冷清清悽悽慘慘慼戚。
在返鄉途中，劉基百感傷悲之下，一口氣寫下了《旅興》五十首，自怨自艾、傷生憂世。
回到老家，劉基愁懷難遣，又寫了一首《老病嘆》，嘆自己百無一用，讀之摧人淚下。
幸好，該次的落魄時間並不長，僅僅兩個月之後，朱元璋就前嫌盡釋，下詔宣劉基回京，並讓他官復原職了。
官得原職之後，從洪武元年十一月末到洪武三年六月的這段時間裡，劉基很是過了一段舒心日子。
但是，從洪武三年六月十五日起，劉基又重新陷入了一個困境中，並從根本上動搖了他在朝中的地位。
原來，前往應昌(今內蒙古克什克騰旗西北)北逐蒙元的左副將軍李文忠傳回捷奏：元順帝安歡貼睦爾已病故於應昌，元嗣主愛猷識裡達臘棄應昌而走。
當日，《明太祖實錄》卷五十三記：“百官奏事奉天門，聞元主殂，遂相率拜賀。”
朱元璋本人也喜氣洋洋地說：“元主守位三十餘年，荒淫自恣，遂至於此。”
但是，在朝臣加額稱慶的熱烈氛圍中，朱元璋雙眉突然一擰，怒視治書侍御史劉炳，厭惡地說：“爾本元臣，今日之捷，爾不當賀也。”
朱元璋的話雖然不是直接對著劉基說的，但大家都把目光投向劉基。因為，劉基當時是朝廷中任職最高的曾食元祿者。
朱元璋回頭命禮部榜示：凡北方捷至，嘗任元者不許稱賀。
過了兩日，又召開群臣座談會，語重心長地大談“忠君”之道。
言下之意，像劉基之類從元朝陣營投過來的，都是“不忠”之徒。
劉基既被定性為“不忠”之人，則御史中丞一職便不好再當了。
果然，洪武三年七八月間，劉基再次被免去御史中丞。
如果說，劉基對第二次免職還有什麼委屈的話，僅僅兩個月之後，他的委屈就一掃而空了。
因為，另一個情況他和差不多的“不忠”之人，遭到了嚴厲的打壓。
這個人是江西臨川人危素。
危素，字太樸，治經術，有文名，曾在元朝短暫出仕，入明後曾得朱元璋厚待，授以翰林侍講學士、中順大夫知制誥同修國史。次年，兼弘文館學士。朱元璋還命他撰《皇陵碑》文，可說是相當器重。
但在由元順帝之死所掀起的這場“忠君”風波中，危素被列入“不忠”問題人士，遭監察御史王著等彈劾。朱元璋遂以“亡國之臣，不宜用”之由，把危素髮往和州(今安徽和縣)守為元朝殉節的餘闕之廟，以此來羞辱他。
危素在元末文壇被尊為領袖人物，曾參與了《宋史》的修撰，且為官有政聲，宋濂、高啟、徐一夔等大儒都對他推崇備至，沒想到竟落到了如此下場。
劉基只是僅僅被免去在朝官職，這情形可不要好得多？！
而更讓他感到意外的是，在這年冬天，他還獲賜誠意伯爵位！
所以，劉基在洪武四年初的返鄉，算得上是榮歸故里。
二月初四日劉基回到青田老家，顧不上舟車勞頓，他慶幸萬分，並由衷感恩地寫了一份《謝恩表》送呈朱元璋，其中稱“伏以出草萊而遇真主，受榮寵而歸故鄉，此人人之所願欲而不可得者也。”稱讚“欽惟皇帝陛下以聖神文武之姿，提一旅之眾，龍興淮甸，掃除群雄。不數年間，遂定中原，奄有四海。神謨廟斷，悉出聖衷。舜禹以來，未之有也”“聖德廣大，不遺葑菲。遠法唐虞功疑惟重之典，錫臣以封爵，賜臣以祿食，俾臣回還故鄉，受榮寵以終其天年”。
《謝恩表》的最末，稱“臣基無任激切屏營之至，謹奉表稱謝，以聞。”
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