吳三桂甚至還得到了南明政權的賞識：福王朱由崧在南京建立弘光政權伊始，便遙封他為薊國公，居然還派專使北上，攜銀犒軍。
一時間吳三桂甚至還成了“純忠極孝、報國復仇、裂土分藩”的“世間偉人”。而且當時清軍已經可以從長城的很多其它入口入侵，並不是說吳三桂守住山海關，清軍就不得其門而入了。而且當時腹背受敵的情況下，引清軍入關已經是唯一的選擇，當然，唯一的選擇不一定是正確的選擇。他真正應該被譴責的，不是引清軍入關，而是在他引清軍入關後的一系列行動。
清軍入關後，各種政治勢力的對比發生了急劇的變化，多爾袞又實行了高官厚祿收買的政策，亡明官僚紛紛歸降清朝。吳三桂也放棄了早先掛在嘴邊的擁立明太子的主張。儘管如此，吳三桂和清之間還是距離的。首先，吳三桂借兵，打的是“復君父之仇”的旗號。在清兵入關之初，這一旗號因有利於清聯合明殘餘勢力共同攻擊李自成軍，也一度為多爾袞所容許。但這一旗號實際上和清代明、建立對全國的統治的目標相矛盾。其次，吳三桂降清之初，仍與明殘餘勢力保持著一定的聯繫，甚至表示對福王朱由崧“不忍一矢相加遺”。再次，吳三桂還擁有一支自己的部隊。因此入關之初，清對其外示優寵，內存疑忌，政治上對其嚴加防範，軍事上也只是利用他進攻李自成。1644年六月，吳三桂出山東，平定李自成餘部，九月，又從阿濟格西征李自成。1645年五月，李自成在九宮山戰死，其勢力很快就基本被消滅。八月，清朝廷將吳三桂從前線調回，出鎮錦州。
十幾年間，吳三桂率部從西北打到西南邊陲，為清朝確立對全國的統治建立了特殊的功勳。因此，清朝對他也由原先的控制使用改為放手使用。不但讓他獨承方面之任，而且在一切軍事活動中也任他便宜行事，用人，吏、兵二部不得阻撓，用財，戶部不得拖延。同時，在職務上，也一再升遷。攻下雲南後，即委其開藩設府，鎮守雲南，總管軍民事務。1662年十一月，又以擒殺朱由榔的功勞，晉爵親王，兼轄貴州。就這樣，吳三桂以千百萬抗清義軍的頭顱為墊腳石，使自己攀上了一生中權勢的頂峰。吳三桂對新主子的拼命效忠，自然換來了高官厚祿，但是這是不是一個最好的方法呢？據野史記載，吳三桂曾向洪承疇求教如何保住自己的地位，洪承疇告訴他不可使南疆一日無事，實際上就是讓他養寇自重。因為清朝廷對似乎是荒蠻之地的雲貴並不瞭解，而朱由榔和李定國的實力已經不足以影響大局，留著他們還可以作為與朝廷討價還價的籌碼，但吳三桂並沒有按照恩師的指點行事。更糟糕的是，他殺死朱由榔，把事情徹底做絕，使自己的“漢奸”惡名從此跳進黃河也洗不清，到了日後再次造反的時候根本無法爭取到心向明朝的漢族士大夫和人民的支持，也算得上是作繭自縛吧。
地方行政大權同樣也掌握在吳三桂手中。1663年，清朝廷已經規定雲貴的總督和巡撫都要受吳三桂節制。雲貴總督是在吳三桂同意的情況下，才於1666年二月駐在貴陽，而此時已經比其他地區一年遲了一年。他也掌握著雲貴地方官員的調動和升遷大權，而且還可以任意調遷其它地區官員來雲貴任職。由吳三桂選用的官員號稱“西選”，而因為他可以跨省任用官員，西選官員一時遍天下，他的權力甚至已經凌駕吏、兵二部之上。四川道御史楊素蘊曾經上書向朝廷指出這種弊端，被吳三桂參了一本，朝廷不敢得罪吳，於是給楊一個降職處分，楊氣得回家閉門不出十幾年，直到吳三桂叛清才被重新起用。在經濟上，吳三桂也是極盡搜刮之能事。他除了籍沒故明沐天波莊田七百頃外（不難理解為什麼鹿鼎記裡沐王府的人那麼恨他了），還大肆兼併土地。1667年，清朝廷為解決吳藩兵丁口糧問題，准許他在雲南圈佔土地，於是藩官藩兵開始肆無忌彈地侵佔民田，使得大批自耕農淪為藩官藩兵的佃戶。此外，他還壟斷鹽井、金銅礦山之利，壟斷茶馬互市和藥材貿易，官賣各種土特產品，放高利貸，私自鑄錢。為解決部下的糧餉，他還准許藩官以販賣私鹽來大發橫財。
吳三桂憑藉搜刮來的巨大財富籠絡部下、豢養賓客、收買官員、士人。每位往雲南上任的知縣級以上官員，都要先到王府拜謁，而他都親自接見，凡有才能者他都千方百計要羅致麾下，而且還要寫賣身契。吳通過以官爵和金錢籠絡、收買的方法得到了大批追隨者。吳三桂維持龐大軍事力量的薪俸和兵餉卻都是由清朝廷負擔的。1660年，戶部的奏章表示，當時天下正規賦稅收入為875萬餘兩，而云南一省薪俸和兵餉就要900餘萬兩，全國收入居然還不夠一省支出，後來情況稍有改善，但三藩的開支大致也要佔全國賦稅收入的一半左右，成為清朝廷和天下百姓的沉重負擔。除了吳三桂外，尚、耿二藩的情況也基本近似，不過比他稍遜而已。全國未統一之前，清朝廷需要吳三桂等三藩為其征戰，全國平定之後，清政權必須在政治上實現對新佔領地區的統治，在軍事上裁減軍隊以減輕財政上的壓力，這些都直接觸犯了三藩的利益。而三藩位高權重，擁有軍事、政治、經濟等方面的特權，長期割據一方，與清朝廷分庭抗禮，也為社會帶來了不穩定因素。清朝廷和三藩之間的矛盾因此愈加尖銳，在鰲拜等四顧命大臣執政時，清朝廷已經開始逐步削弱三藩的勢力，而在清朝乃至中國歷史上最有作為的皇帝之一清聖祖康熙帝玄燁成年並親政後，解決問題的步子開始邁得越來越大了。
吳三桂弄假成真，自然是又氣又慌。對於他，他榮華富貴的唯一支柱就是軍隊，如果沒有了兵權，他就只能完全受朝廷的擺佈，而史上無數兔死狗烹的例子使他無論如何不敢把自己的命運完全交到別人手上，而此時如果不順從旨意撤藩，他就只有起兵造反一條路。起兵造反雖然不是穩操勝券，但是他對自己的用兵還是很有些自信的，而且雲貴地區富饒，自己能得士卒死力，兵強將勇，黨羽遍佈各省，如貴州提督李本深、四川總兵吳之茂、陝西提督王輔臣等都是他的親信。清朝廷方面則名將凋零，他也看不起年輕的玄燁。兒子吳應熊此時雖在北京，但他認為認為清朝廷會留下他以作為不利時和自己談判的籌碼，所以安全也沒有問題。看起來起兵造反的勝算並不小，於是他就決定鋌而走險。吳三桂首先多方挑動部下將士，他的部下切身利益和他完全一致，可說一榮俱榮，一損俱損，所以個個都表示支持。對於起兵的名義，他頗費了一番心思，謀士劉茂暇建議應該立明朝後裔，但是另一位謀士方光琛指出，吳三桂殺朱由榔的事天下皆知，借用復明的名義已經不可能了，應該自立名號。吳三桂採用了後者的建議，但是他知道必須利用滿漢之分來激起部下的反清情緒。於是他藉口撤藩前拜別故君，於十一月十八日率領部下將士穿戴明朝衣冠，聚於朱由榔的墓前，放聲大哭，伏地不起，對部下大加煽動。
裝模作樣撤走前，他先在郊外舉行閱兵。吳三桂披甲上馬疾馳，連發三箭全部中靶。左右羅列著長槍、大劍、畫戟、雕戈，每奔馳一圈他就拿起一件，舞得虎虎生風，以示自己寶刀不老，並鼓舞士氣。十一月二十一日，吳三桂命令前隊啟程，自己率大軍殿後，部將吳國柱突然率兵包圍了巡撫官署，擒住巡撫朱國治並將他碎剮於市，提頭去見吳三桂。吳三桂這時還在演戲，大哭說：“爾輩殺我！我三百口死不旋踵！即爾輩也比遭滅族之罪！”部將則群清洶湧，大喊：“反了！”於是吳三桂正式起兵造反，自號“周王天下都招討兵馬大元帥”，命令部下蓄髮，改換衣冠，旗幟全用白色，步騎兵都用白氈為帽，派人到各地聯絡同黨和舊部起事，寫信給耿、尚二藩及臺灣的鄭經，約他們共同起兵。他還發了一道檄文，極力開脫自己引清兵入關的責任，說清廷入主中原是背叛盟約，乘勢奪取政權，自己只是犯了錯信清廷的錯誤，還謊稱要奉不知在哪裡的朱明三太子為帝。檄文雖然漏洞不少，可是在當時局面不穩定的情況下，響應的人還是不少。玄燁現在面臨著他一生第一個重大考驗。吳三桂對反叛蓄謀已久，因此反叛之初，吳軍還是非常順利的。雲南是他的根據地，他起兵的消息一到，四處無不望風歸降。駐守在貴陽的雲貴總督甘文（火昆）見無法組織起抵抗，命令妻室七人自殺，然後自己率第四個兒子和十幾個從人逃走，在途中被叛降吳三桂的軍隊包圍，全部自盡。吳三桂兵不血刃奪取了貴州，接著進軍湖南，1674年三月，佔領湖南全境，前鋒直抵湖北境內，兵鋒極銳。福建耿精忠、廣東尚之信二藩和吳三桂在各地的黨羽如四川巡撫羅森、提督鄭蛟麟、總兵譚弘、吳之茂，廣西將軍孫延齡，陝西提督王輔臣等也先後紛紛響應。一時之間，形勢對吳三桂顯得非常有利。
雖然在叛亂髮動之初清軍局勢不利，但是，由於在政治上是討逆平叛，經濟上是以全國制一隅，時間不長，便扭轉了軍事上的失利局面，使得正面進攻的吳軍，不能越長江一步，於是雙方在戰場上暫時出現了相持的局面。而吳三桂初起兵時雖然勢盛，但卻沒有戰略眼光。吳三桂本沒有奪取天下之志，只是希望能夠割據一方。他和他的部下都認為可以憑藉兵勢儘可能奪取土地，然後和清廷畫地講和，並要回自己在北京的兒子和孫子。他在控制雲貴和湖南後，一方面希望可以通過和談實現割據江南並要回子孫的目的，一方面也忌憚八旗騎兵在平原的威力，所以沒有渡江。其實清軍此時部署尚未完全就緒，如果叛軍快速渡江，向北進軍，可以對清廷形成極大的威脅。即使不渡江，選擇下江陵，扼守長江，隔絕南北通道，或者進軍巴蜀，取陝西，也可以鞏固後方，起碼形成一個較穩定的割據局面。但是叛軍分兵江西、湖北各地，爭奪一些戰略價值不高的城鎮，貽誤了戰機，給了清廷從容佈置反擊的時間。其次，由於此時清入關已經三十年，人民渴望穩定的生活，民族矛盾已經不怎麼重要了。而吳三桂自己大肆屠殺抗清義軍，甚至還殺了明小朝廷的皇帝，這時候說要“共舉大明之文物”實在是自欺欺人。有氣節的漢族知識分子乃至一般百姓都對其嗤之以鼻，恥與為伍。因而吳三桂發出的“反清復明”的號召並未產生什麼重要影響。
1676年是雙方軍事形勢發生重要轉折的一年，清廷開始了戰略反攻。在湖廣戰場上，清軍將領安親王嶽樂師出湖南，連克萍鄉、醴陵、瀏陽等重要城鎮，直逼省府長沙。在西北戰場上，六月，圖海迫降王輔臣。在東部戰場上，康親王傑書率師自浙入閩，連克重鎮，十月，耿精忠被迫投降，清師進入福州。廣西的孫延齡和廣東的尚之信也表示要叛吳降清。十二月，孫延齡因事洩被殺，尚之信則遣使詣江西簡親王喇布軍前投降。吳軍處境愈益惡化，甚至連吳三桂的嫡系部隊也開始降清，吳軍的敗局已經無法挽回了。1678年三月，吳三桂還想最後過一次皇帝癮，他在衡州稱帝，建國號周，改元“昭武”，冊妻張氏為後，孫吳世璠為太孫，置官封拜，頒制新曆，舉行雲貴鄉試。這些小動作並不能帶來什麼好運，叛軍仍然敗仗連連，吳三桂氣急敗壞，不久便病倒在床，八月死於衡州，時年六十七歲。吳三桂死後，部下郭壯圖、方光琛等擁立其孫吳世璠即位於貴陽。清廷則加強了政治策反和軍事進攻。1679年，克復湖南、廣西，1680年又下四川、貴州，進軍雲南，1681年春，清軍包圍雲南省城昆明，並分兵克復附近州縣。十月，昆明城內糧盡援絕，吳世璠自殺，餘部投降。吳三桂掀起的這次持續八年之久的大規模的叛亂至此全部平定。
吳三桂一生事兩朝叛兩朝，留下了衝冠一怒為紅顏的傳奇故事，也以引清兵入關為千秋萬代所唾罵。不過我們在前面已經分析過，引清兵入關雖然在當時不是正確的選擇，但其實已經是唯一的選擇，如果他不繼續率兵殘殺自己的同胞，或者後來沒有叛清，他在歷史上的名聲起碼不會比范文程、洪承疇更壞。而他的野心使他不但通過屠殺同胞來賺取榮華富貴，後來還要叛清，所以他“千古罪人”的頭銜，恐怕就不是什麼標新立異的翻案者可以摘掉的了。此外，關於吳三桂的評價，我認為張宏傑先生寫的《另一面》中對他的分析寫得非常好，值得一看。
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