微生物肥料的主要功效是改善土壤環境，促進植物根系的發育。只要我們能知道植物根系的重要性，就能知道生物有機肥內含的多種功能性微生物進入土壤後，在生長繁殖過程中產生大量的次生代謝產物，這些產物能夠促進土壤團粒結構的形成。團粒結構的形成能使土壤變得疏鬆、綿軟，保水保肥性能增強，水、氣、熱更加協調，減少土壤板結，有利於保水、保肥、通氣和促進根系發展，為農作物提供舒適的生長環境。
當然，考慮微生物菌肥主要成分為生物活性菌，在使用過程中存在以下幾方面不足：
1、見殺菌劑就死亡，不能與殺菌劑混合使用，防治根腐病、根癌等土傳病害；
2、見紫外線就死亡，秋季施基肥時期為太陽紫外線質量最好階段，紫外線可以殺滅微生物菌肥裡面的生物活性菌；
3，與化肥混用要注意化肥用量不能過大。高濃度的化學物質對菌肥裡的微生物有毒害作用，尤其注意不能與碳酸氫銨等鹼性肥料和硝酸鈉等生理鹼性肥料混用。
另外，菌肥中的菌賴以生存的條件是有機質。土壤中有足夠的有機物或腐殖質時才能被微生物菌利用，進而使土壤微生物快速繁衍，激活營養元素。微生物菌在土壤中作用主要是產生各種酶，分解各種養分，產生各種酸和二氧化碳，給作物提供更多養分。而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足夠的有機質才行。所以我們提倡有機肥和和菌肥搭配使用！
再有，不同菌種在土壤中將起到不同作用，供您參考
枯草芽孢桿菌：可增加作物抗逆性、固氮。
巨大芽孢桿菌：能釋放出可溶磷、鉀元素及鈣、硫、鎂、鐵、鋅、鉬、錳等中微量元素。
地衣芽孢桿菌：能抗病、殺滅有害菌。
蘇雲金芽孢桿菌：能殺蟲(包括根結線蟲)，對鱗翅目等節肢動物有特異性的毒殺活性。
膠質芽孢桿菌：具有溶磷、釋鉀和固氮功能，能分泌多種酶，增強作物對一些病害的抵抗力。
涇陽鏈黴菌：具有增強土壤肥力、刺激作物生長的能力。
菌根真菌：能擴大根系吸收面，增加對原根毛吸收範圍外的元素(特別是磷)的吸收能力。
光合菌群：是肥沃土壤和促進動植物生長的主力部隊。
凝結芽孢桿菌：可降低環境中的氨氣、硫化氫等有害氣體，提高果實中氨基酸的含量。
米麴黴菌：能使秸稈中的有機質成為植物生長所需的營養，提高土壤有機質含量，改善土壤結構。
淡紫擬青黴菌：對多種線蟲都有防治效能，是防治根結線蟲最有前途的生防制劑。
……
土壤理化性狀的改善，加強了土壤有益微生物的活動，從而最大限度促使有機物分解轉化，產生多種營養物質和刺激性物質，反過來又刺激微生物的生長髮育，促進作物生長，最終達到增產增收的目的。另外，功能性微生物在作物根系周圍形成優勢種群，抑制或拮抗有害病原菌的生長繁殖，減輕了作物發生病害的程度，進而起到增加產量的作用.
根系衰弱：根系靠什麼促？
首先是根的趨水趨肥性，使根系有一種內在的向外向下伸長的刺激，缺了有機質的土壤含水性差，各類肥料溶液向根部“表達”能力差，致使根系生長的內在刺激不足；其次，土壤微生物同根系的互動，是根系生長的外源刺激。
土壤板結的主要原因是有機質的缺失，而不是由於使用化肥。這並不是說化肥對土壤板結沒影響。有機質缺失，化肥對土壤板結影響的烈度就更加凸顯。而有機質豐富，化肥被利用率大大提高了，化肥殘留於土壤中的硫酸根、氯離子、亞硝酸鹽等物質會因轉化為水溶有機化合物， 以及豐富的土壤微生物的多重作用而無害化，使土地可以永續耕作。
所以歸根結底，化肥“使土壤板結”的負面作用並不是化肥之過，而是人們忽視了向土壤施用足量的有機肥料的結果。
土壤中有機質不足，微生物繁殖所需的碳源不足，致使根際微生物群落稀疏，根系生長的外源刺激太弱，根系就失去了生長的外部刺激。
土壤板結和藥害（土壤中農藥殘留嚴重）造成農作物多種病害。如果土壤中有機質豐富，這些危害是可以減輕甚至是可以避免的。
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