毗卢寺位于南京市汉府街，始建于南朝，因庙中供养毗卢遮那佛，初名毗卢庵，为金陵名刹之一。后历经沧桑，几兴几衰。清咸丰年间毁于战火。1884年，两江总督曾国荃在原毗卢庵址扩建梵宇，改为毗卢禅寺。其时毗卢寺东至现明故宫、西至总统府、北至珠江路、南至长江路，遂成为金陵第一大寺。
民国时期，因其坐落在民国政治文化中心---长江路，而一跃成为全国佛教的中心。中国佛教会、中华佛学研究会、中国宗教联谊会皆设于此，并在此成立首都中医院，成为中国佛教研究和中医学研究的中心，对中国佛、医及文化有着不可估量的影响。
尚未就位的标牌
南京人的记忆中，毗卢寺在上世纪后半叶，逐渐消失，那里成了马达轰鸣的工厂。“文革”期间，寺中3000尊佛像全部散失，佛堂成了江苏无线电厂的车间和库房，众僧飘零四方。20世纪末，毗卢寺开始修复，2004年，基本复建成现今的模样。
山门是寺院正面的门，象征“三解脱门”，即“空门”“无相门”“无作门”。毗卢寺原山门早已无存，1998年重建，2013年再度重建。现山门高10米，宽14米，三门六柱，整体造型古朴雄伟，其雕饰精美生动。
正对山门就是金水桥，过桥沿台阶而上，就到大雄宝殿。大雄宝殿坐北朝南，歇山顶式，小瓦砖墙，檐下悬红底金字的“大雄宝殿”匾额。大雄宝殿东侧是钟楼，西侧为钟楼。2011年12月14日大雄宝殿修缮竣工、钟鼓楼、禅堂落成并对外开放。
大雄宝殿内供奉毗卢遮那佛，是佛教密宗至高无上的本尊佛，为佛教密宗所尊奉最高神明，统率着全部佛和菩萨，是佛教密宗世界的根本佛。两侧楹联：“光绪士年初建名刹经楼宝殿大士慈航菩萨路，如来万缘中兴道场富国安民祥云常绕石城天”。
大雄宝殿外墙面上文革时被毁掉的浮雕，现已精心修缮恢复。
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