朱元璋强化专制集权，主要是防止功臣官吏，却忽略了一个重要方面，即皇族近亲对皇权的威胁，对24个儿子和一个从孙共25人分封，其中，燕王朱棣、晋王朱岗、宁王朱权，均拥兵数万，有权领导北方驻防的军队。同时，为了防止朝内权臣篡权，朱元璋赋予了封王有权向中央索取奸臣和“清君侧”的权力。
朱元璋死后，反对分封的建文帝即位，在齐泰、黄子澄诸大臣的支持下开始“削藩”，引起燕王朱棣的反抗，南下攻南京“清君侧”，自称靖难军，于建文帝四年攻下南京，惠文帝逃跑失踪，朱棣入主称帝（明成祖），改元永乐。
明成祖继位后，继续采取了巩固中央集权的四大措施：继续削藩，削减了齐王、宁王等诸王的权力，使军政大权掌握在中央；设立内阁，选文职官员参与机要，后设内阁首辅，行宰相职能（明朝废除了宰相），设内阁大学士，兼六部尚书；使用锦衣卫，设东厂由宦官掌管；迁都。
明成祖朱棣永乐四年（1406年），明令迁都北平，次年五月正式开始北平城的修建。
修建北平，从全国征集能工巧匠，大规模营建北平宫殿，历时13年，到1420年建成。都城规模宏大，分内城、皇城和紫禁城三部分，宫殿雄伟壮丽，现在的北京故宫基本上是当时兴建的。
为了转运粮食和便于调动军队，还疏通了大运河。由于长期的战争，此前大运河缺乏日常的维护，运河河道事故频发。修治运河，征调了数万民工，据《漕河图志》记载，“定役夫，自通州至仪真瓜州，凡四万七千四人”。
一切准备就绪后，于1421年正式迁都北平，改北平为北京，南京为留都以稳定南方。从此，北京成为明朝政治、经济和文化的中心。
明成祖为什么要迁都呢？主要原因有三个方面。
一、加强对北方和东北的控制。都城在南京离北方远，不利于制止漠北蒙古贵族残余势力的南扰，迁都北平就是把都城迁往前线。
二、北平是燕王朱棣的王府旧地，长期据守经营，有坚实的基础，有利于他的统治。
三、北平是金和元朝的故都所在地，其地理位置有利于控制全国，宋代以后成为战略制高点，特别是便于对东北和北方的管理。
以北平为都城，最大的问题是水资源和供给问题，当时的工部尚书主管修竣了运河，保证了迁都后的保障问题。
历史上对都城的选择主要经历了三个重要时期，隋唐以前在关中平原寻找都城，长期以长安为都，因为关中的经济地位和政治地位起了决定作用，成为战略制高点；第二个时期，由于中央王朝对江南财富的依赖及民族关系的复杂性，两宋时期的都城在大运河沿线选址，如北宋的汴梁（今开封），南宋的临安（今天杭州），在运河边；第三个时期是元明清三朝定都北平，明成祖朱棣迁都北平后改为北京，从此，北京成为新的战略制高点。
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