張居正死後初期，明神宗尚能保持對朝政的興趣，在位期間有東林黨爭、國本之爭等重大事件，對外有朝鮮之役與薩爾滸之戰。萬曆一朝成為明朝由盛轉衰的轉折期。
國本之爭主要圍繞著皇長子朱常洛與福王朱常洵。明神宗遲遲不立太子， 令群臣憂心如焚。直到1601年，朱常洛才被封為太子，朱常洵被封為福王。但是福王遲遲不離京就任藩王。直到梃擊案發生，輿論對鄭貴妃不利後，福王才離京就藩。 明神宗於國本之爭對大臣極度不滿，自1587年後，就開始連續不上朝作為報復，僅處理一些重要事件。 自1588年後，早朝也經常看不到他，整日在深宮中不理政事。
東林黨源於顧
長期怠政的明神宗朱翊鈞
憲成組辦的東林書院。東林黨爭起因是內閣缺人，顧憲成極力主張頗有政績的淮揚巡撫李三才入閣，結果被反對李三才入閣的勢力抹黑漫罵，東林黨因此興起，朝中其它各黨便集中火力攻擊東林黨。閹黨專權後，東林黨更受到嚴重打擊，直到崇禎年間東林黨才重新被啟用。 由於明神宗不理朝政，缺官現象非常嚴重。1602年，南北兩京共缺尚書三名，侍郎十名；各地缺巡撫三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名。 明神宗委頓於上，百官黨爭於下，明廷完全陷入空轉之中。官僚隊伍中黨派林立，互相傾軋，如東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨等名目眾多，但其所議議題卻不是如何改良朝政，只是人事佈局而已。在東北，由於深受明神宗信任的遼東總兵李成梁後期腐化墮落，大肆謊報軍情，騙取軍功封賞，軍事打擊目標上偏袒努爾哈赤勢力，致使明末邊患嚴重，並最終導致清朝入主中國。因此《明史》言：“論者謂：明之亡，實亡於神宗。”
在軍事方面，萬曆朝以萬曆三大徵最為功勳卓著，三戰皆勝以鞏固明朝邊疆、守護朝鮮王朝，但也消耗了明朝國庫存銀。 1617年，努爾哈赤以“七大恨”反明，兩年後在薩爾滸之戰中大敗明軍，明朝對後金從此轉為戰略防禦。
1620年，明神宗駕崩。 其長子朱常洛登基，為光宗，明光宗僅在位一個月，八月二十九日，又因服用李可灼的紅丸，九月一日五更時猝死。明熹宗繼位，改元天啟。
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