（一）青壯年流失，土地拋荒，社會渙散
當前農村問題在“三農”中比較突出，和我國經濟社會的快速發展相比，越來越顯得滯後和邊緣化。
農民大規模進城打工，農村空心化。留在農村的大部分是老人婦女兒童。王東賓說，張家口地區有的三四百戶人家的村莊，這幾年只剩下了一二十戶，留在村裡的老人生存困難，要合併村莊，建養老院，組織土地復墾。
土地被不同程度拋荒。如貴州湖南一些山區，拋荒地已飛籽成林；內蒙烏盟一些多年棄耕的土地，政府種了防護林。一般認為承包地確權有利於土地經營權流轉和集中種植，但基層幹部普遍反映，承包地確權後，農民反而不願意流轉，因為他們認為土地確了權就是自己的了，轉租出去可能要不回來，所以寧可拋荒。
基層治理渙散，社會失序。集體經濟分散後，村幹部說話沒人聽，無錢辦事、無人辦事、無章理事。青壯年長期在外，家庭破碎，帶來種種社會問題。集體合作觀念淡漠，私有觀念膨脹，精神生活貧乏，大操大辦成風。歪風邪氣抬頭，賭博成風，宗教迷信活動擴張。
勞動力流失導致人才缺乏，影響基層幹部的選拔。很多村基層組織基本靠50-60多歲的人維持，組織管理能力不足。由於基層民主水平所限，村裡留下的能人很容易成為寡頭式人物，把持村集體經濟。
（二）農民打工難致富，貧富分化加劇
在市場化、工業化、城鎮化的大潮面前，農村一家一戶為單位的經營模式呈現高風險和低收入的狀態。我國農村人口占全國總人口45%，而農業增加值只佔GDP的8%，農民收入的提高大部分來自二三產的就業，進城打工。但遇到家人大病、工傷、孩子上學等等情況，就只好舉債，據調查，農戶平均負債率達到30%，打工難以致富。農村貧富分化加劇。
（三）集體組織癱瘓，支農扶貧政策缺少依託
周春光說，由於農村集體組織作用的缺失，國家資源的投入產出比與社會公正性降低了。如國家對農村的土地道路綜合治理有大量投入，搞了不少工程，但工程實施中存在諸多問題。參與競標的施工企業的“工程資質”水分大，普遍存在幕後交易，工程層層轉包、偷工減料，嚴重影響工程質量。當今市場經濟，工程建築領域長期存在管理缺失、有章不循和腐敗問題，這和計劃經濟時期嚴格管理、群眾監督的情況很不同。
在靠近城市的農村，因城市和工業交通建設發生的土地性質用途的變化，馬上引起土地價值的變化。農地徵用補償費隨周邊地價提高，形成超級地租。超級地租收益引起農村內部的矛盾。能否在國家，集體和個人之間實現合理分配，取決於村集體組織的把控能力。很多情況下，這部分利益歸了承包戶，造成貧富不均。
