扁鹊将毕生的所学和行医实践经验写进了多部著作。然而能够流传下来的却仅有《难经》一部，其余全部失传。
2013年四川成都在修建地铁三号线时发现了一座春秋战国时期的古墓，古墓出土的文物不多，但基本都是竹简。令人震惊的是，这一批竹简上面的记载基本都是医术；经过仔细的辩解，专家知道这就是失传的“扁鹊医书”；包括《敝昔医论》、《脉死侯》、《六十病方》等9部扁鹊医书。
扁鹊的医道成就
扁鹊最早总结创出望、闻、问、切的诊断疾病的方法。诊视疾病中，已经应用四诊，当时扁鹊称它们为望色、听声、写影和切脉。
四诊中扁鹊尤擅长望诊和切诊。
《史记》记载扁鹊是最早应用脉诊于临床的医生。扁鹊脉诊及其理论可从虢国太子这一病例的诊断中体现出来，当时虢国太子已昏迷不醒，扁鹊通过脉诊判断为“尸厥”，他认为患者的阴阳脉失调，阳脉下陷，阴脉上冲，即阴阳脉不调，导致全身脉象紊乱，故患者表现如死状，其实患者并未真正死亡，除脉诊外，他还观察到患者鼻翼微动，大腿的体表仍然温暖，用砭针疗法救活。
在《史记•扁鹊列传》扁鹊见蔡桓公的故事可见，扁鹊的望诊技术出神入化，真是“望而知之谓之神”的神医了。
扁鹊见齐桓侯时，通过望诊判断出桓侯有病，但是病情尚浅，病位还只是在体表媵理的部位。他劝齐桓侯接受治疗，如不治则病情将会加深。桓侯因自我感觉良好，拒绝治疗。不久，扁鹊再度晋见桓侯时，指出其病情已加重，病位已进展到血脉，再次劝说其接受治疗，以免病情更加发展。桓侯仍然拒绝治疗，心中不悦，认为扁鹊在炫耀自己，并以此牟利。当扁鹊第三次晋见他时，认为病情已恶化，病位进入到内部肠胃，如不及时治疗，终将难治。桓侯仍不予理睬。最后一次，扁鹊通过望诊，判断桓侯病情危重，已进入到骨髓深处，病入膏肓，无法救治。齐桓侯不久即发病，终于不治而死。
扁鹊当时已经能很好应用望诊，而且诊断水平相当高。《难经》云：“望而知之谓之神，闻而知之谓之圣，问而知之谓之工，切而知之谓之巧气 四诊以“望”为第一。扁鹊的望诊技术出神入化，被后人誉为“医祖”。
扁鹊行医之“六不治”
骄恣不论于理，一不治百也；
轻身重财，二不治也；
衣食不能适，三不治也；
阴阳并度，脏气不定，四不治也；
形赢不能服药，五不治也；
信巫不信医，六不治也。
“不治”不是“不能治”“不给治”而是“不好治”“治不好”。在《史记》里指出“有此一者，则重难治也”从这里可以看出，作为医生并没有完全放弃的意思，而是说“重难治”所以我们应该将“不治”正确的理解为“不好治”。不应该理解为“不可治”、“不能治”甚至“不给治”。
《素问汤液醪醴论》指出：“病为本，工为标，标本不得，邪气不服，此之谓也。” 这里所说的“病为本”，应该就是指以病人为本；“工为标”，即医生为标。明确提出在医患关系中，患方所处的重要地位。如果病人对治疗缺乏主动性，或拒绝治疗，或不遵医嘱，或把一切责任都推给医生，就属于本末倒置。现在常说的三分治七分养。医生只能起到三分，七分要靠患者自己调整。
扁鹊十分重视预防医学
魏文王问名医扁鹊说：“你们家兄弟三人，都精于医术，到底哪一位最好呢?”扁鹊答：“大哥医术最好，二哥医术次之，我最差。”文王再问：“那么为什么你最出名呢?”扁鹊答说：“我大哥治病，是治病于病情发作之前，由于一般人不知道他己率先能铲除病因，所以他的名气无法传出去，只有我们家的人才知道，我二哥治病，是治病于病情初起之时，一般人以为他只能治轻微的小病，所以他的名气只及于本乡里。而我扁鹊治病是治病于病情严重之时，一般人都看到我在经脉上来放血，在皮肤上敷药等大手术，所以以为我的医术高明，名气因此响遍全国。”
扁鹊学派的基本特点及其影响
在中医史上，扁鹊学派和黄帝学派的地位和影响，经历了"戏剧性"的盛衰剧变，战国秦汉时期，扁鹊学派占压倒性优势；魏晋南北朝时期，扁鹊学派和黄帝学派旗鼓相当；隋唐之后，扁鹊学派的地位和影响一落千丈，黄帝学派逐渐"一统医坛"。
扁鹊学派是战国、秦汉时期影响最大、声誉最高的学派。它有本学派医经和医方。《黄帝扁鹊之脉书〉（指《史记•仓公传》所引《黄帝之脉书》、《上经》、《下经》、《五色诊》、《奇咳术》、《揆度》、《阴阳外变》、《药论》、《石神》、《接阴阳禁书》等十部）是战国时期扁鹊派著作；《扁鹊内•外经》是其派医经；《扁鹊俞附方》是其派经方。古籍中所见署名“扁鹊”、“子义”、“吴普”、“李当之”的本草，都是扁鹊派的本草著作。今传之《难经》、《中藏经》，不是发挥《内经》奥旨之作，而是扁鹊学派东汉和六朝时期的著作。《汉书•方技略》医经总论使用了扁鹊派传统术语，反映了扁鹊派某些独有的医学观，是以概括扁鹊学派医经为主而撰写的。《褚氏遺书》、《扁鹊心书》是宋代扁鹊派著作。其派人物有汉代著名医家淳于意、华佗、涪翁、程高、郭玉，南北朝世医徐氏（七世十一人，如徐文伯、徐嗣伯、徐之才等）及以“第三扁鹊”自命的南宋窦材等。
从扁鹊身上，我们不仅可以看出早期医学的医、药不同源的特征，而且还可以进而明确祖国医学的基本源头是黄老学派。黄老思想作为完整的道医学，在扁鹊时代，还是完整的，但是后来，医学的源头只剰下了 “黄”，而不见了 “老、神治一脉不再为人所知。
扁鹊学派的源头之一是禁咒
黄帝学派是不主张禁咒的。《素问•五脏别论》曰：“拘于鬼神者，不可与言至德”。在扁鹊学派存在并兴旺时期的战国秦汉之际，医巫尚未分离，医学仍把巫术当成自身的一个组成部分，直至唐代都是如此。长桑君传扁鹊“我有禁方”，阳庆传淳于意十种医书中，也有《接阴阳禁书》 以后南北朝时世医徐氏的医术，也有巫术成份。《中藏经》中也可见“阳中之阳为高真，阴中之阴为幽鬼”，“上通三寸曰阳之神路，下通三寸曰阴之鬼程”。
长桑君，道教仙人。据传说，长桑君曾传扁鹊医术，是扁鹊的师父。扁鹊年轻时为舍长，长桑君寄宿在舍内，扁鹊觉长桑君非同一般的人，便恭敬礼貌待长桑君十余年。一日，长桑君悄悄地将扁鹊叫到一旁，对扁鹊说：我有医道方面的秘方，我现在老了，想传授与你，希望你不要外传。扁鹊答应他后，他拿出怀里的药对扁鹊说：你服用此药后三十日，可以洞察一切。并将珍藏的秘方全部给了扁鹊后，忽然隐身化形不见了。扁鹊按照长桑君给他说的方法服药后三十日，果然就能看清楚病人的五脏六船病因所在。以此诊病而成为名医了。禁咒既为“不可外传”的“禁方”，故后世只闻其名，不明其理。至于扁鹊本人虽然身怀绝技，也不曾为此绝学张目，也在情理之中。
本草源头是“五苦六辛”
“五苦六辛”出自《汉书•方技略》，是扁鹊学派本草学的重要理论，其义今已不传，《内经》亦无此说。张子和根据攻邪理论及汗吐下三法的运用经验，结合药物性味，阐释为：“五者，五脏也，脏者里也；六者，腑也，腑者表也。病在里属阴分，宜以苦寒之药涌之泄之，病在表属阳分，宜以辛温之剂发之汗之，此五苦六辛之意也。”并结合五积六聚、表热里寒、用药方法等具体临床运用说明这一理论。《儒门事亲》举吐药29味，汗药40味，下药30味，《本草纲目》参照此录入，对后人影响较大。但有相当比例的药物在历代本草著作中，均未载它们的汗吐下功用，后世医家习惯上也未把它们作汗吐下药对待。据史料记载，阳庆传淳于意之书有《药论》，扁鹊弟子有《子仪本草》，华佗弟子有《李当之本草》、《吴普本草》，现均不存，仅《吴普本草》部分佚文保存在《证类本草》、《本草纲目》中。张子和引用这些药物时，均申明“以本草考之”，“以本草校之”，必有所书。既然《神农本草》无记载，则极可能在扁鹊学派本草中这些药物均被认为有汗吐下效用。
决生死
敢于准确预测患者的生死，是扁鹊学派的重要学术特征。淳于意自述：“即尝已为人治，诊病决死生，有验精良”，在其《诊籍》 25例医案中也贯穿“决死生”思想。华佗治督邮徐毅、军吏梅平、广陵太守等案，均有决死生之预测。《脉经•第五》有“扁鹊诊诸反逆要诀”的篇目，也反映了这种学术特征。
扁鹊学派自唐以后已渐衰微，但仍承学有人。南宋初，窦材著《扁鹊心书》自称为“第三扁鹊”。李伯聪先生认为窦材是最后一位扁鹊派医家，《扁鹊心书》是最后一部扁鹊派的著作，扁鹊派发展的历史也至此而宣告终结。但据其他学者研究，张子和应是黄、扁两大学派交融的重要人物，而且从某种意义上说，张子和更多地传承了扁鹊学派的理论及治疗方法。
而《内经》中却回避甚至批评这种理论。《素问•阴阳类论》中，“雷公曰：问短期，黄帝不应。”《素问•疏五过论》："死日有期，医不能明，不问所发，唯言死日，亦为粗工，此治之五过也。”
扁鹊学派自唐以后已渐衰微，但仍承学有人。南宋初，窦材著《扁鹊心书》自称为“第三扁鹊”。李伯聪先生认为窦材是最后一位扁鹊派医家，《扁鹊心书》是最后一部扁鹊派的著作，扁鹊派发展的历史也至此而宣告终结。但据其他学者研究，张子和应是黄、扁两大学派交融的重要人物，而且从某种意义上说，张子和更多地传承了扁鹊学派的理论及治疗方法。
