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首先明確稅務機關是正確的。
根據題主給出的資料，題主採用的是簡易計稅 ，徵收率5%。
如果年末有預收款餘額，本年應繳納增值稅包括兩部分：
⑴已經發生產權轉移確認納稅義務實現的實際應繳增值稅：
應繳增值稅＝銷售額（不含稅）×5%
⑵未確認納稅義務的年末預收款部分：
應預繳增值＝年末預收款餘額÷（1+5%）×3%
預繳增值稅的減除
已預繳的增值稅，在清算已確認納稅義務應繳增值稅時減除 但是如果預收款有餘額，應扣除預收款餘額應預繳3%部分
舉慄：某房地產公司，簡易計稅5% ，2019年1月收到預收房款2000萬，預繳增值稅57.15萬，2019年11月開具增值稅發票8000萬（含稅），年末預收款餘額500萬
全年應繳納增值稅＝8000÷（1+5%）×5%+500÷（1+5%）×3%＝395.28萬
500萬預售款餘額，應預繳14.28萬元的預繳增值稅
12月申報已確認納稅義務的8000÷（1+5%）銷售額，可以減除已預繳57.15-14.28＝42.87萬
12月納稅申報：
當期應繳增值稅＝8000÷（1+5%）×5%－42.87＝338.08
也就是說全年應繳增值稅兩部分：銷售額（不含稅）對應實際應繳5%，預收款餘額（不含稅）對應預繳3%，已預繳的增值稅扣除預售款餘額應預繳部分 在清算確認納稅義務部分應繳增值稅時減除。
因此，如果12月份做納稅申報時，如果要減除全部已預繳稅款，那就要把預收款餘額應預繳部分再補繳，總之，有預收款就要有相應的應預繳增值稅，有確認納稅義務的銷售額，就要有相應的應繳增值稅，兩項合計就是全部應繳增值稅，兩者合計減除以預繳就是實際應納增值稅。
當然，如果年末沒有預收款餘額，全年應繳增值稅＝銷售額×5%
實際繳納＝應繳增值稅－已預繳
新稅視點
再和稅務溝通吧，稅務人員的說法是錯誤的。理由如下：
1、依據營改增相關文件規定，房地產開發企業採取預收款方式銷售自行開發的房地產項目，應在收到預收款時按照3%的預徵率預繳增值稅。應預繳稅款按照以下公式計算：
應預繳稅款=預收款÷（1+適用稅率9%或徵收率5%）×3%。這就是預交3%的依據。
2、貴公司是適用簡易計稅的老項目，依據規定，一般納稅人銷售自行開發的房地產項目適用簡易計稅方法計稅的，應按照規定的納稅義務發生時間，以當期銷售額和5%的徵收率計算當期應納稅額，抵減已預繳稅款後，向主管國稅機關申報納稅。未抵減完的預繳稅款可以結轉下期繼續抵減。
即：應納增值稅額=不含稅銷售收入×5%-已預交增值稅額。
所以說，稅務人員的說法沒有依據。其實這也是很多人的一個錯誤觀點，認為原來已預繳3%，確認銷售收入時直接補2%的差額。
建議就這個問題與稅務人員繼續溝通，相信可以解決。
就適用簡易計稅的老項目增值稅的計算問題，本人曾專門寫過一篇文章，如有興趣，請點擊https://www.toutiao.com/i6772895165032956419/
希望我的回答對你有所幫助。
金典財稅
稅務局這種說法值得商榷
首先，預繳增值稅可以抵減應交增值稅，否則預繳就沒有意義，之所以是預繳，就是因為納稅義務發生時間尚未發生，不具備要繳稅的條件，但是為了稅款均衡入庫，所以先預繳一部分。
其次，預繳稅款後，待納稅義務時間發生以後，該項目按照適用稅率計算應繳稅款，按照題注的描述應該是適用5%徵收率的老項目，一般來說計算出的結果要比預繳的要大，補繳差額部分即可。
一般納稅人銷售自行開發的房地產項目適用簡易計稅方法計稅的，應按照《試點實施辦法》第四十五條規定的納稅義務發生時間，以當期銷售額和5%的徵收率計算當期應納稅額，抵減已預繳稅款後，向主管國稅機關申報納稅。未抵減完的預繳稅款可以結轉下期繼續抵減。
所以，文件規定的很清楚，可以抵減，也必須抵減。但是當地稅務局為什麼這麼說呢？我猜測唯一的理由是他們認為項目之間不能混抵，比如我是A項目預繳的3%，但是在計算B項目的時候這3%不能拿來用，再也想不出其他的理由了。其實我認為這種做法比較教條，一張申報表，根本區分不了也沒有必要區分項目，除了簡易項目和一般項目需要區分一下外，簡易項目之間實在沒有必要摳那麼細了，不允許混抵，項目一一對應，雖然最終計算的結果是一樣的，企業不會因此多交稅，但是卻忽視了企業資金的時間價值，過多過長時間佔用了企業的資金，對企業不利。
