据说，珍妃不光漂亮活泼，能拉会唱，还最理解光绪，支持光绪，可以说跟光绪志同道合。光绪被压制，生活上受慈禧太后监视，活得很压抑，而与他品味相投的珍妃，无疑成了他郁郁生活里珍贵的心灵归属地，因此，他分外宠爱这位妃子。
珍妃之死
而26岁便开始守寡，连自己儿子的幸福婚姻都会嫉妒的慈禧太后，当然开不惯这两个人整天的恩恩爱爱。况且，她跟光绪不合，而珍妃还敢支持光绪，因此，她把珍妃早视为了眼中钉，早就把她打进了冷宫。慈禧带领光绪西逃前，以怕珍妃在兵荒马乱的年月万一出了什么事丢了皇家的体面为由，决心趁机除掉珍妃这个心头之患。于是她命人把珍妃从冷宫提溜出来，在进行完一番痛斥辱骂后，命令李莲英和另一个太监崔玉贵把珍妃丢进了颐和轩后边的井里。珍妃死前高喊，李谙达救我，这是当时附近的很多太监都听到的，因此，宫里都传言说李莲英亲手把珍妃投进了井里。
光绪皇帝突然驾崩
1908年11月14日下午，年仅38岁的光绪帝突然驾崩，第二天下午，慈禧太后撒手西去，两人的死前后仅仅相差20个小时。慈禧去世时，时任礼部尚书的溥良亲眼看到有太监从慈禧宫中传出了一个盖碗，称是太后赏给万岁爷的塌喇（酸奶），而就在塌喇（酸奶）送去后不久，光绪就去世了。
2008年，在光绪去世一百年之际，研究人员通过现代的法医学手段，对光绪遗体的头发、遗骨、衣服等进行了反复检查、研究和分析，最后在光绪头发上及每件衣服的胃的部位发现了超过正常值至少二十倍的砷含量，而砷化合物也就是俗称的剧毒砒霜。由此专家得出结论，光绪当初是被毒死的。
光绪去世前，慈禧已处于弥留之际，亲手安排毒死光绪不太可能，而能帮她一手安排此事的只有她身边的亲信——李莲英。李莲英操作害死了光绪，在光绪去世的第二年，宫中便开始有这样的传闻，而朝廷中的地档势力更是对此深信不疑。李莲英是慈禧的人，慈禧的意思他不会不执行。
那么珍妃和光绪皇帝真的是李莲英害死的吗？李莲英跟光绪的关系到底如何？
晚清文人王照曾讲诉了这样一个故事。1901年《辛丑条约》签订后，西逃了一年多的慈禧太后带着光绪皇帝返回北京，在走到保定时，一行人停下休息。傍晚的时候，李莲英在安顿好慈禧以后又到光绪皇帝的房间。看到光绪当时的被褥还没有，赶紧跪在地上，抱着光绪的大腿喊：“奴才该死”。立刻回到自己的房间，把自己的被褥拿来给光绪用上。光绪后来回忆西逃时的苦楚时，若没有李谙达，我活不到今天。
从这件事情可以看出来，其实李莲英跟光绪皇帝的关系还算不错，那他会杀害光绪的爱妃珍妃吗？
在《太监谈往录》一书中，一位叫戴寿臣的太监回忆说，当时他的一位同仁王祥亲眼看见珍妃被丢到井里，而王祥跟他讲诉的实情和坊间的传闻不太一样。
王祥说，西太后把珍妃指责痛骂了一顿之后，怕时间耽搁久了，就接连着喊叫快点动手，崔玉贵走上前去，把珍妃扯过来，连携带提地把她丢到井里去。珍妃临危前大声呼唤：“李谙达、李谙达”。从在场太监的讲诉来看，珍妃之死，其实是崔玉贵一手所为，李莲英并没有参与。而珍妃高喊李谙达救我，只是在向李莲英求救，而李莲英当时并不在场。
对于这件事，李家人也一致否认珍妃是李莲英害死的。他们说，西逃的前一天，慈禧太后给李莲英放了一天假，让他回去收拾东西，就在李莲英回家期间，珍妃被害死了。当李莲英得知消息后，痛惜万分。
李莲英是一个八面玲珑的人，他知道虽然现在蒙太后恩宠，但是毕竟慈禧年事已高，他如果仗势欺人，得罪了光绪，等太后百年之后，光绪当了权，自己的脑袋就得搬家了。所以在这场帝后之战中，李莲英表面上站在慈禧的一边，暗地里却在积极修复、维系和光绪的关系，他不可能做出得罪或伤害光绪的事来。即便最后光绪病重，可以不必忌惮，但毕竟他背后还有地档在，慈禧太后此时已经奄奄一息，眼看靠山将倒，李莲英怎么可能在这个时候给自己树敌呢？
