刘易斯·汉密尔顿在被雨水侵扰的排位赛里拿下日本大奖赛杆位，而塞巴斯蒂安·维特尔因法拉利赌博失败只能从第九位起步。
台风让周六铃鹿的天气难以预料，但大雨直到Q3开始后才姗姗来迟。法拉利原本豪赌绿灯一亮起赛道的湿滑成都足够使用半雨胎。事实证明，意大利车队判断失误，导致塞巴斯蒂安·维特尔和基米·莱科宁不得不回到维修区，换上干地轮胎后出场。
此时，其他进入Q3的车手则已经做出计时圈。汉密尔顿以1分27.760秒拿到准杆位，领先队友瓦尔特利·博塔斯0.299秒，而红牛的马克斯·维斯塔潘以近一秒之差列第三。
率先换上Supersoft轮胎回到赛道上的莱科宁跑出1分29.521秒，位列荷兰人身后。稍后做计时圈的维特尔，不慎在第二计时段出错，仅仅位列第九。德国人千赶万赶回到维修区更换一套轮胎后再次出场，但此时雨水加大，使得赛道立即变得湿滑，宣告了他没有机会提高个人单圈时间。
第一次尝试完成后，汉密尔顿同样换上新轮胎，打算“在大雨下降前”再做一次冲刺，但因为雨水来得太快而没有成功。不过，他的杆位已经无法动摇，并且将领先争冠对手四排起步。英国人摘下个人第80个杆位，而梅赛德斯也本赛季第六次包揽头排。
法拉利的阴沟翻船，让中游集团得以捡到机会。原本速度稳居全场第四快的印度力量，却在关键时刻没能发挥出自己的优势。最终，第三排被哈斯的罗曼·格罗斯让和红牛二队的布兰登·哈特利拿下。
新西兰人领先队友皮埃尔·加斯利0.06秒，取得F1生涯最高发车位。法国人则稍稍领先同胞埃斯特班·奥康。塞尔吉奥·佩雷兹没有做出有代表性的时间，将同维特尔同排起步。
Q2开始之后，赛道部分路段零星飘下雨滴，但车手们还是能用干地轮胎。不过，时间过半后，雨势逐渐变大，使得淘汰顺序由第一个计时圈决定。
结果，查尔斯·莱克勒克的时间与第十名的布兰登·哈特利仅仅相差0.016秒，遗憾地无缘前十名发车位。当格罗斯让晋级时，他的队友凯文·马格努森落后0.5秒，只能从第六排起步。
不过，丹麦人领先中游集团对手卡洛斯·塞恩斯和威廉姆斯车手兰斯·斯特罗尔。加拿大人在Q1第二次冲刺时提高了一秒，并且趁着马库斯·埃里克森打转后撞墙提前退出，闯关成功。
丹尼尔·里卡多在Q2准备出场时，赛车在维修区通道里就突然失去动力，被赶到现场的机械师们推回车房，但无法重返赛道，只能名列第15位。
Q1结束时，尼科·霍肯伯格在个人第二计时圈进步了0.2秒，虽然可以排在俄罗斯人谢尔盖·希洛钦身前，但不足以越过斯特罗尔设下的及格线。
迈凯伦成本排位赛全场最慢的赛车。费尔南多·阿隆索相差希洛钦达到0.2秒，他的队友斯托弗·范多恩更是慢到0.6秒。若非马库斯·埃里克森不慎在7号弯冲出打转后撞坏尾翼，比利时人将在排位赛垫底。