印度尼西亚来自希腊文，意为“水中岛国”。另一种说法是，16世纪末荷兰侵占这里后，称这些岛屿为“荷属东印度”。19世纪末，德国民族学者巴斯廷才把印度尼西亚作为地理名称首先使用。一批留学荷兰的印尼学生正式倡仪以印度尼西亚作为他们的国名，并将自己所建立的民族主义组织命名为“印度尼西亚协会”。
1928年印度尼西亚青年代表大会决议：“印度尼西亚是一个国家，一个民族。”从那时起，印度尼西亚就作为国名使用了。1945年8月17日，成立印度尼西亚共和国。1949年11月改为印度尼西亚联邦共和国，属于荷印联盟。1950年8月，正式宣布成立“印度尼西亚共和国。”