用 Numba 加速 Python 代码,变得像 C++ 一样快



目录

介绍为什么选择 Numba?Numba 是如何工作的?使用 Numba 的基本功能(只需要加上 @jit!)@vectorize 装饰器在 GPU 上运行函数扩展阅读参考


1.介绍

Numba 是 python 的即时(Just-in-time)编译器,即当您调用 python 函数时,您的全部或部分代码就会被转换为“即时”执行的机器码,它将以您的本地机器码速度运行!它由 Anaconda 公司赞助,并得到了许多其他组织的支持。

在 Numba 的帮助下,您可以加速所有计算负载比较大的 python 函数(例如循环)。它还支持 numpy 库!所以,您也可以在您的计算中使用 numpy,并加快整体计算,因为 python 中的循环非常慢。 您还可以使用 python 标准库中的 math 库的许多函数,如 sqrt 等。有关所有兼容函数的完整列表,请查看 此处。

2.为什么选择Numba?



那么,当有像 cython 和 Pypy 之类的许多其他编译器时,为什么要选择 numba?

原因很简单,这样您就不必离开写 python 代码的舒适区。是的,就是这样,您根本不需要为了获得一些的加速来改变您的代码,这与您从类似的具有类型定义的 cython 代码获得的加速相当。那不是很好吗?

您只需要添加一个熟悉的 python 功能,即添加一个包装器(一个装饰器)到您的函数上。类的装饰器也在开发中了。

所以,您只需要添加一个装饰器就可以了。例如:


from numba import jit
@jit
def function(x):
# your loop or numerically intensive computations
return x


这仍然看起来像一个原生 python 代码,不是吗?

3.如何使用Numba?

“question mark neon signage” by Emily Morter on Unsplash


Numba 使用 LLVM 编译器基础结构 将原生 python 代码转换成优化的机器码。使用 numba 运行代码的速度可与 C/C++ 或 Fortran 中的类似代码相媲美。

以下是代码的编译方式:

首先,Python 函数被传入,优化并转换为 numba 的中间表达,然后在类型推断(type inference)之后,就像 numpy 的类型推断(所以 python float 是一个 float64),它被转换为 LLVM 可解释代码。 然后将此代码提供给 LLVM 的即时编译器以生成机器码。

您可以根据需要在运行时或导入时 生成 机器码,导入需要在 CPU(默认)或 GPU 上进行。


4.使用Numba的基本功能(只需要加上@jit!)

Photo by Charles Etoroma on Unsplash


小菜一碟!

为了获得最佳性能,numba 实际上建议在您的 jit 装饰器中加上 nopython=True 参数,加上后就不会使用 Python 解释器了。或者您也可以使用 @njit。如果您加上 nopython=True的装饰器失败并报错,您可以用简单的 @jit 装饰器来编译您的部分代码,对于它能够编译的代码,将它们转换为函数,并编译成机器码。然后将其余部分代码提供给 python 解释器。

所以,您只需要这样做:


from numba import njit, jit
@njit # or @jit(nopython=True)
def function(a, b):
# your loop or numerically intensive computations
return result


当使用 @jit 时,请确保您的代码有 numba 可以编译的内容,比如包含库(numpy)和它支持的函数的计算密集型循环。否则它将不会编译任何东西,并且您的代码将比没有使用 numba 时更慢,因为存在 numba 内部代码检查的额外开销。

还有更好的一点是,numba 会对首次作为机器码使用后的函数进行缓存。 因此,在第一次使用之后它将更快,因为它不需要再次编译这些代码,如果您使用的是和之前相同的参数类型。

如果您的代码是 可并行化 的,您也可以传递 parallel=True 作为参数,但它必须与 nopython=True 一起使用,目前这只适用于CPU。

您还可以指定希望函数具有的函数签名,但是这样就不会对您提供的任何其他类型的参数进行编译。 例如:


from numba import jit, int32
@jit(int32(int32, int32))
def function(a, b):
# your loop or numerically intensive computations
return result
# or if you haven't imported type names
# you can pass them as string
@jit('int32(int32, int32)')
def function(a, b):
# your loop or numerically intensive computations
return result


现在您的函数只能接收两个 int32 类型的参数并返回一个 int32 类型的值。 通过这种方式,您可以更好地控制您的函数。 如果需要,您甚至可以传递多个函数签名。




您还可以使用numba提供的其他装饰器:


@vectorize:允许将标量参数作为 numpy 的 ufuncs 使用,@guvectorize:生成 NumPy 广义上的 ufuncs,@stencil:定义一个函数使其成为 stencil 类型操作的核函数@jitclass:用于 jit 类,@cfunc:声明一个函数用于本地回调(被C/C++等调用),@overload:注册您自己的函数实现,以便在 nopython 模式下使用,例如: @overload(scipy.special.j0)。


Numba 还有Ahead of time(AOT)编译,它生成不依赖于 Numba 的已编译扩展模块。 但:

它只允许常规函数(ufuncs 就不行),您必须指定函数签名。并且您只能指定一种签名,如果需要指定多个签名,需要使用不同的名字。


它还根据您的CPU架构系列生成通用代码。

5.@vectorize装饰器



“gray solar panel lot” by American Public Power Association on Unsplash


通过使用 @vectorize 装饰器,您可以对仅能对标量操作的函数进行转换,例如,如果您使用的是仅适用于标量的 python 的 math 库,则转换后就可以用于数组。 这提供了类似于 numpy 数组运算(ufuncs)的速度。 例如:


@vectorize
def func(a, b):
# Some operation on scalars
return result


您还可以将 target 参数传递给此装饰器,该装饰器使 target 参数为 parallel 时用于并行化代码,为 cuda 时用于在 cudaGPU 上运行代码。


@vectorize(target="parallel")
def func(a, b):
# Some operation on scalars
return result


使 target=“parallel” 或 “cuda” 进行矢量化通常比 numpy 实现的代码运行得更快,只要您的代码具有足够的计算密度或者数组足够大。如果不是,那么由于创建线程以及将元素分配到不同线程需要额外的开销,因此可能耗时更长。所以运算量应该足够大,才能获得明显的加速。


这个视频讲述了一个用 Numba 加速用于计算流体动力学的Navier Stokes方程的例子:

6.在GPU上运行函数



“time-lapsed of street lights” by Marc Sendra martorell on Unsplash

您也可以像装饰器一样传递 @jit 来运行 cuda/GPU 上的函数。 为此您必须从 numba 库中导入 cuda。 但是要在 GPU 上运行代码并不像之前那么容易。为了在 GPU 上的数百甚至数千个线程上运行函数,需要先做一些初始计算。 实际上,您必须声明并管理网格,块和线程的层次结构。这并不那么难。

要在GPU上执行函数,您必须定义一个叫做核函数设备函数的函数。首先让我们来看核函数

关于核函数要记住一些要点:

a)核函数在被调用时要显式声明其线程层次结构,即块的数量和每块的线程数量。您可以编译一次核函数,然后用不同的块和网格大小多次调用它。

b)核函数没有返回值。因此,要么必须对原始数组进行更改,要么传递另一个数组来存储结果。为了计算标量,您必须传递单元素数组。


# Defining a kernel function
from numba import cuda
@cuda.jit
def func(a, result):
# Some cuda related computation, then
# your computationally intensive code.
# (Your answer is stored in 'result')


因此,要启动核函数,您必须传入两个参数:

每块的线程数,块的数量。


例如:

threadsperblock = 32
blockspergrid = (array.size + (threadsperblock - 1)) // threadsperblock
func[blockspergrid, threadsperblock](array)


每个线程中的核函数必须知道它在哪个线程中,以便了解它负责数组的哪些元素。Numba 只需调用一次即可轻松获得这些元素的位置。

@cuda.jit
def func(a, result):
pos = cuda.grid(1) # For 1D array
# x, y = cuda.grid(2) # For 2D array
if pos < a.shape[0]:
result[pos] = a[pos] * (some computation)


为了节省将 numpy 数组复制到指定设备,然后又将结果存储到 numpy 数组中所浪费的时间,Numba 提供了一些 函数 来声明并将数组送到指定设备,如:numba.cuda.device_array,numba.cuda。 device_array_like,numba.cuda.to_device 等函数来节省不必要的复制到 cpu 的时间(除非必要)。

另一方面,设备函数只能从设备内部(通过核函数或其他设备函数)调用。 比较好的一点是,您可以从设备函数中返


from numba import cuda
@cuda.jit(device=True)
def device_function(a, b):
return a + b


您还应该在这里查看 Numba 的 cuda 库支持的功能。

Numba 在其 cuda 库中也有自己的 原子操作,随机数生成器,共享内存实现(以加快数据的访问)等功能。

ctypes/cffi/cython 的互用性:

cffi – 在 nopython 模式下支持调用 CFFI 函数。ctypes – 在 nopython 模式下支持调用 ctypes 包装函数。Cython 导出的函数是 可调用 的。


7.扩展阅读


https://nbviewer.jupyter.org/github/ContinuumIO/gtc2017-numba/tree/master/https://devblogs.nvidia.com/seven-things-numba/https://devblogs.nvidia.com/numba-python-cuda-acceleration/https://jakevdp.github.io/blog/2015/02/24/optimizing-python-with-numpy-and-numba/https://www.youtube.com/watch?v=1AwG0T4gaO0


8.参考


http://numba.pydata.org/numba-doc/latest/user/index.htmlhttps://github.com/ContinuumIO/gtc2018-numbahttp://stephanhoyer.com/2015/04/09/numba-vs-cython-how-to-choose/


★每日教程干货、行业资讯和有趣内容,欢迎VX公众AI算力!