據日媒報道，根據日本農林水產省 12 月 23 日發佈估算稱，日美貿易協議生效將使日本國內農業生產最多減少約 1100 億日元
（100 日元約合 6.4 元人民幣）。
據悉，本次估算以 33 個品種為對象，預估了來自美國的廉價農產品流入令日本本國產品價格下跌的損失，估算牛肉生產減少額為 237 億至 474 億日元、奶酪等乳製品減少 161 億至 246 億日元、豬肉減少 109 億至 217 億日元、橙子等柑橘類減少 19 億至 39 億日元，預計整體減少額為 603 億至 1096 億日元。
據稱，日美貿易協議生效後，日本將對價值大約 70 億美元的美國農產品減免關稅，涉及減免關稅的產品有牛肉、豬肉、奶酪和葡萄酒等；日本對美出口方面，空調零部件、燃料電池和眼鏡等關稅將在協議生效後立即取消。
日美貿易協議生效後，日本市場上從美國進口的牛肉、豬肉等一些食品價格有望下降，但日本農戶將因低價美國產品的流入而面臨更加嚴酷的市場競爭。
此外，美國並未取消日本汽車及相關零部件的關稅，該協議被日在野黨批評為“不平等協議”。實際上，日美關於汽車和汽車零部件的關稅減免還在磋商中，美國總統特朗普尚未就明年 11 月總統選舉前與日本展開取消汽車關稅談判表態。