經院哲學中的實驗科學主義和唯名論——
經院哲學的培根認為要從實驗和觀察中獲取事物的科學知識，實驗科學是獲得知識的唯一方法。
世界充滿著先入之見，如權威、習慣、空言、缺乏自我批判，這些都是不重視唯物論的例子，都是由於不重視科學實驗造成的謬誤。
真正的學問嚐嚐要和那些無教養而順從習慣的大部分人的思維觀念做鬥爭，在這鬥爭中慢慢取得進步。學問最大的敵人就是那種以為學問已經完結的見解，即崇拜權威，喪失自我思考，認為別人得出的就是對的。
人定要學習關於源泉的東西，若真想了解自然，探索自然，就必須用物理學和天文學中的先進設備和工具來進行精確的實驗，即通過實證科學來驗證。否則一切不是空談就是唯心。
但培根的實證科學主義並不徹底，因為他補充說：除了用人類的科學能夠認識的自然的因果性外，還有超自然的創造者神的因果性。除了外在的經驗外，還有受著神的靈感支配的內部經驗，它的頂點就是靈魂信仰。信仰是第一的東西。
中世紀經院哲學的爭論：亞里士多德所說的類概念，究竟是作為現實實體存在呢？抑或只存在於我們的思考之中呢？又或者依附於感性事物中而存在呢？
對此，實驗論者認為類概念（即普遍）從時間上說，都是根源性的而且是實在的東西，因而是真實的實體，個別事物僅是它的單純屬性或偶有性。普遍先於個別事物而存在。
而唯名論的觀點卻與此相反，認為普遍存在於個別事物之後，類概念只不過是人類為了表示類似者而作出的“命名”，不過是人類悟性的抽象物，真正存在的是個別事物。
唯名論的代表人物羅塞林那說：色自體不存在，存在的只是有色的物體。智慧自體不存在，存在的只是有智慧的人。我們應該多關心具體的現實感性事物，即個體，而不是把更多精力用到關於神或類概念的求索之中。
而後來的威廉奧坎認為只有個別事物才是實在的東西，類概念只存在於我們的思維中。他指出普遍的概念只存在於從事思維的精神中，並不做實體的存在表達。以此推出，神的存在和神的性質，不能用理性證明。一般的安寧和社會秩序，是國家的任務和使命。而的人精神和信仰則隸屬於教會，隸屬於上帝，由此，政教應該分離。
文藝復興、自然科學的崛起——
15-16世紀，自然科學宣佈獨立，而哲學也跟著脫離神學，這意味著科學和哲學的研究跳出了經院哲學的圍堵和界限，開闢出了它自己的獨立世界，甚至發展為宗教的對抗者。
這個時期，羅馬教皇的精神獨裁被打破，古希臘的文明被重新喚起，一個新時代開始呈現出生氣勃勃的發展態勢，藝術、科學、哲學、醫學等學科進展飛速，各種自由學說、啟蒙精神、反禁慾主義、人文精神和非凡創造開始湧現。人們的思想得到了前所未有的解放和發散，他們開始突破舊的思維和視界，一個偉大的變革時代已然來臨。這就是西方偉大的文藝復興時期。
文藝復興使得人們的思維和視野大大擴大，開始認識到自由和個性解放的重要，人類開始自我覺醒，進而形成了瀰漫整個歐洲的人文主義潮流。即強調人本身的價值，用人的解放對抗封建的束縛，對抗中世紀基督教的人生觀、世界觀，把人性和自然從宗教的絕對權威中解放出來。用世俗的東西代替宗教的教會中的東西，用科學替代神學。由此展開了長達200年的文藝和科學復興之路。（如果中國那時，也發展和重視科學，那現在該有多強大呀！中國的哲學思維中，為何一直沒有科學的地位，大家可以多看看馮友蘭先生的著作，肯定會有所啟發。）
宗教改革中的兩個偉大人物——
既然人類在很多方面都打開了自己，那麼，最大的教團天主教的封建制度也應該被打破和重塑。因此，必須進行宗教改革。在此過程中，出現了兩個傑出人物，一個是德國的馬丁·路德，另一個是法國的加爾文。
馬丁·路德的宗教改革
公元1517—公元1546年，馬丁·路德堅決抗議羅馬天主教會，發動了一場宗教改革運動。後來由此形成的宗教派別被稱為路德宗。
馬丁·路德
他所發起並領導的宗教改革運動席捲整個歐洲，永久性地結束了羅馬天主教會對於西歐的封建神權統治。這是一場在宗教外衣掩飾下發動的反對封建統治和羅馬教會神權統治的政治運動，遺憾的是其大部分成果淪為了封建諸侯利用的工具。
1、政治上打擊了天主教會的神權統治，剝奪了教會在各國的政治、經濟權益，各國王權得到加強，有利於民族國家的發展。
2、經濟上確立了適應資產階級需要的倫理規範和生活方式，奪取了大量原屬教會的財產，有利於資本主義經濟的發展。
3、精神文化方面
①打破了天主教會精神壟斷，使人們的思想得到解放，發展了人文主義。
②幫助新教徒閱讀《聖經》，發展本民族文化，各國普遍重視教育，興辦學校，增加包括自然科學在內的學習科目，促進了西歐各國民族文化和教育事業的發展；
③傳播了資產階級的意識形態。為早期資產階級革命提供了旗幟，沉重打擊了天主教會在歐洲的神權統治。
加爾文教派的形成
約翰·加爾文（1509年7月10日—1564年5月27日），法國著名的宗教改革家、神學家、基督教新教的重要派別加爾文教派（在法國稱胡格諾派）創始人。人稱日內瓦的教皇。
加爾文教派亦稱“長老會”、“加爾文宗”、“加爾文派”。是基督教的新教三個原始宗派之一，泛指完全遵守約翰·加爾文《歸正神學》及其長老制的改革派宗教團體。
約翰·加爾文
16世紀歐洲宗教改革運動時期產生於瑞士，並傳佈於蘇格蘭、荷蘭等地，為尼德蘭革命和17世紀英國資產階級革命提供了理論依據，推動了資本主義的發展。17世紀後該宗隨歐洲移民和殖民擴張傳播至北美、南非、亞洲和南美等地，獲得了更大的發展。加爾文宗宣稱人因信仰得救，《聖經》是信仰的唯一泉源。主張上帝預定說，認為人的得救與否，皆由上帝預定，與各人本身是否努力無關。加爾文教派不相信聖餐禮儀中存在耶穌的真體血，但認為有耶穌體血的德能。摒棄祭臺、聖像和祭禮等舊禮制。實行長老制，主張由教徒推選長老與牧師共同治理教會。
此教派主要傳佈於瑞士、法國、荷蘭、英國和北美等地。鴉片戰爭後傳入中國。 截至2010年，加爾文主義基督徒推定在5500萬至8500萬人，是基督教的第四大教派及新教的第二大宗派。包括加入或未加入歸正派教會世界共融的歸正會2000萬到2500萬人，以及共融的長老宗教會4000萬到5000萬人、公理宗教會500萬人。僅次於天主教和東正教。
天主教對加爾文教派實施的大屠殺
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