督察整改是中央環境保護督察重要環節，也是深入推進生態環境保護工作的關鍵舉措。
5月29日，新疆維吾爾自治區（含新疆生產建設兵團）對外公開中央環保督察整改方案（下稱《方案》），共計118項整改任務。其中，針對督察指出的“有的地方存在損害生態環境問題”，《方案》明確堅決清理退出自然保護區內違法違規項目，加強自然保護區規範化建設和管理，推進礦山地質環境恢復和綜合治理，開展地下水超採綜合治理，不斷築牢國家生態安全屏障。
2017年8月11日至9月11日，中央第八環境保護督察組對新疆維吾爾自治區、新疆生產建設兵團開展了環境保護督察，2018年1月2日向自治區、兵團反饋了督察意見。
督察意見指出，新疆部分地區存在生態破壞問題，自治區共有29個自治區級以上自然保護區，其中國家級15個。截至督察時，17個自治區級以上自然保護區中存在礦產開發、石油開採、漁業養殖、旅遊開發等違法違規項目共152個。
對此《方案》明確由各自然保護區行政主管部門及所在地州市黨委、政府（行署）作為責任單位，2020年底前將依法依規取締退出自然保護區中存在的礦產開發、石油開採、漁業養殖、旅遊開發等違法違規項目。
具體整改措施包括：
喀納斯國家級自然保護區：2019年6月底前對保護區內存在的27個手續不全的公安、消防等設施，民生基礎設施，林業管護設施，保護區工作站設施，旅遊設施，依法依規進行清理整頓。
新疆天山中部鞏乃斯山地草甸類草地自然保護區：2018年9月底前依法依規清退與保護區保護無關的旅遊設施等違法違規建設項目。
新疆奇台荒漠類草地自然保護區：立即關停額河引水工程沙石料場，2018年9月底前完成保護區內已關停採礦點和探礦點的生態修復。
塔里木胡楊自然保護區：2019年底前全面清退保護區內75處能源設施，其中，中石化36處，中石油39處，拆除所有建築設施，對所有油井完成封井，進行生態修復。
艾比湖溼地國家級自然保護區：2018年底前徹底清理保護區內漁業養殖活動，堅決拆除違法違規建築設施，進行生態修復。
托木爾峰國家級自然保護區：2018年底前全面拆除第一師電力公司玉爾滾煤礦炸藥庫、第一師五團畜牧連老連部、溫宿縣塔格拉克平臺子景區牛羊藥浴池、犛牛圈、羊圈，並開展生態恢復治理，對關停的溫宿縣小臺蘭煤礦、兵團一師塔河礦業公司玉兒袞煤礦開展生態環境恢復治理。
西天山自然保護區：2018年底前遷出保護區內旅遊經營戶，拆除旅遊設施並恢復植被。
鞏留野核桃自然保護區：2018年底前，依據批覆的《野核桃自然保護區總體規劃》，拆除違法違規設施，進行生態修復。
阿爾泰兩河源自然保護區：2019年底前清退保護區內78個探礦點，拆除保護區內庫爾木圖區域遺留的非法採金設備，完成地質修復工程。
天池博格達峰自然保護區：立即停止保護區內農業開發，2018年底前清退保護區內12處能源設施、37處居民點、26處旅遊設施、23處其他人工設施，拆除與保護無關的建築設施，進行生態修復。
塔什庫爾幹野生動物自然保護區：2019年底前清退保護區內22家採礦企業、130家探礦企業、2家其他企業、1家旅遊企業，拆除與保護無關的建築設施，進行生態修復。
沙雅縣塔里木河上游溼地自然保護區：2020年底前，依法有序退出自然保護區範圍內中石油、中石化下屬公司建設的100口油氣井，進行生態修復。
伊犁黑蜂自然保護區：2018年9月底前完成保護區範圍和功能區劃分後，分類分批開展保護區內礦業權清理並實施生態恢復。2020年底前，全面完成保護區內礦業權清理，恢復受破壞的生態環境。
羅布泊野駱駝國家級自然保護區：按照“全部關閉，立即拆除，儘快完成生態環境恢復”的工作要求，2018年6月底前，完成保護區內哈密市25家礦山企業、巴州14個違法違規項目、巴州22處違法違規開採點位礦山生態環境整治和恢復治理工作。
阿爾金山國家級自然保護區： 對保護區內9個採礦許可證全部依法註銷，拆除生產生活設施，2018年底前完成地質環境恢復治理。
中崑崙自然保護區：對保護區內8個採礦許可證全部依法註銷，拆除生產生活設施，2018年底前完成地質環境恢復治理。
帕米爾高原溼地自然保護區：對保護區內喀什華偉礦業有限公司鐵礦的採礦證依法註銷，拆除生產生活設施，2018年底前完成地質環境恢復治理。
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