首先，动物当然是没有停止进化的。进化是一个缓慢的过程，是会随着环境的改变和动物自身的繁衍而进行下去的。自然选择跟人工选择不一样，人为对一些动物的繁殖进行干预，可以在较短的时间内繁育出人类想要的特点。
比如狗狗、猫咪、兔子、牛、养、鸡、鸭等各种宠物和牲畜，人类用人工选择的方式对有着自己偏好特色（比如希望这种猪更胖，希望那种兔子毛更长）的个体进行繁育，能在数代以后形成一种较为稳定的遗传，这是一种人为干预下，朝着人类意愿方向走的“进化”。
自然选择下的野生动物没有人类进行特意的选择性繁育，演化的速度就没有这么快了，但是道理是差不多的。这个道理简单来讲就是，拥有这个特点的个体逃过了天敌的捕猎或环境的不利影响，它就会繁殖下去；而拥有那个特点的个体没有逃脱天敌捕猎或者环境的不利影响，它就会死去。
举几个例子，秃鹫为什么是秃的呢，很久以前它们的祖先可能有着一头浓密的秀发，但是后来因为主要吃腐肉，头会伸进腐烂的动物身体内，那些有头发的个体就会因为常年清理不到自己的头（鸟类清理羽毛主要靠喙，够不着自己的头），从而滋生细菌掉光了头发，或者干脆感染了病菌或寄生虫而死掉。
巧了，这时候有一只天生秃头的鸟出现了，它就不用担心滋生细菌的问题，因为没有能藏污纳垢的头发，还能在太阳的照射下帮助杀菌。它就很顺利的活了下去，并把秃头基因传给了自己的某几只后代，这些秃头后代又繁殖出秃头后代，导致若干年后大家一起秃头。
又比如竹节虫、枯叶蛾这种拥有拟态本领的动物，可能它们祖先也没有这种能力，偶尔出现颜色跟周围环境很像的个体，就能比其他同伴更安全的生存下去，逃避天敌的捕猎，从而将这种本领一代代遗传下去，直到变成现在的样子。
还比如大洋洲一些岛屿上的中小型鸟类，它们不用迁徙，也没多少地栖型的天敌，这种情况下，飞行对于它们来说就成为了一种很没必要的移动方式，反正就在这岛上哪儿也不去，每天溜达着就够了，地上很容易找到食物，飞到天上反而更危险（有猛禽），而且飞行本身就是一件比较昂贵的移动方式，消耗的能量比步行要大很多，所以它们干脆就放弃了飞行能力，一代一代的逐渐都不会飞了。
不过也有例外，有些动物的外形确实已经很久没有显著改变了，也就是人们说的“活化石”。它们很长一段时间内都没有显著变化，不是失去了进化能力，而是因为不需要。这些动物在很久以前就已经达到了能够适应周边环境起伏波动的一种平衡状态，环境的改变对它们来说影响并不大，所以不需要进行太大的改变就能存活下去，谁没事儿老折腾自己啊，何况改变也是有风险的，所以它们就一直活到现在，很久没有明显的变化了。
所以说那些所谓的“活化石”动物停止了进化是不太准确的，只能说它们的演化在很长一段时间内进入了缓慢或者停滞阶段，一旦环境发生了超出它们能够适应的范围并且不是即死变化（彗星撞地球），给它们留出繁衍的时间，它们会重新开始进化，或者彻底灭绝。
自然环境就是这样，哪怕是已经在改变了，动物们也不会像人工繁殖那么快那么坚定的确定自己进化的方向，但是只要动物还在繁衍，自然环境还在改变，进化就不会停止。
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