1.千手扉间
千手扉间可以说是木叶村中最早的科学家，他不仅实力强大，而且还开发出了许多强大的禁术，比如影分身之术，秽土转生、飞雷神之术、互乘起爆符等等，里面的很多忍术可以说都改变了忍界的历史，也成为了很多强大忍者的招牌忍术。比如影分身之术就是漩涡鸣人最常用的忍术，波风水门靠着飞雷神成为了四代火影，秽土转生在第四次忍界大战中也发挥了十分重要的作用。
2.大蛇丸
大蛇丸也是继千手扉间之后，木叶村的有一名杰出科学家。不过相比于千手扉间专门研究忍术的开发和创造，大蛇丸研究的重点则是在生命学。虽然他也对于忍术的研究也很拿手，还研究出了咒印，但是他最大的成就就是将自己改造成了不老不死之身。在《博人传》中已经不老不死的他又开始研究人造人，博人的同伴巳月就是他的手笔。
3.药师兜
药师兜可以说是大蛇丸的得意门生了，他从大蛇丸那里学到了很多。在当初大蛇丸当初被佐助吸收之后，他便开始了自主独立的研究生涯，他先是将之前大蛇丸以及他手下的种种特殊能力都移植了过来，并且还成功的学会了仙人模式。他从大蛇丸那里学到的秽土转生让他成为了第四次忍界大战的发起者之一。
4.二代土影
二代土影虽然出场次数不多，但是他绝对是一个可以媲美大蛇丸的科学家。他开发出了尘遁这种血继淘汰，并且将它传授给了自己的学生大野木，另外在他身上出了尘遁以外，还有很多十分神秘的特殊忍术，比如他的隐身能力，还有他的分裂能力这些能力在作品中只有他一个人使用过，想必其中也有他自己开发出来的。
5.方助先生
方助可以说是科学界中一颗冉冉升起的新星了，在《博人传》中，方助先生开发出了一种可以大幅图提高忍者作战能力的工具——科学忍具。使用科学忍具无须修行，无须查克拉便能轻松使用出各种各样的忍术，可以说改变了忍界的历史。想必在之后的忍界中，科学忍具将会成为大部分忍者执行任务时候标准配置。
6.因陀罗
因陀罗是忍者始祖六道仙人大筒木羽衣的长子，继承了六道仙人天赋的他可以说是忍界中第一个科学家，也是对忍界贡献最大的科学家。为什么呢？因为印和忍术就是他发明的。如果没有他，忍者们之间战斗或许完全都是靠体术来战斗，可以说他在科研事业方面的成就完爆了二代火影千手扉间和大蛇丸。
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