與馬化騰同一個寢室的許晨曄回憶說：“那個時候我跟他在一起，平時就是背英文單詞，早上一起跑步，繞校園跑一圈。有一段時間，他還突然對氣功發生過興趣。”
深圳大學是一所1983年才成立的大學，幾乎沒有什麼傳統，它坐落在南山半島，校園裡種植了大量荔枝樹，所以也被稱為“荔園”。那時，校園外是農田和幾座錯落築建的農舍。馬化騰和許晨曄在跑步的時候一定不會料到，20多年後，他們能有機會在校園北面建一座39層高的騰訊大廈，從位於頂層的辦公室可以日日俯瞰校園，追憶已經逝去的青春。
他們的另外一個同學陳一丹則考進了化學系。在大學期間，陳一丹變得非常活躍，他競選上了化學系的學生會主席，還是校學生會委員會副主任。畢業典禮上，他被選為畢業生代表發言。“他講得很激昂，好像畢業就是上前線一樣。”馬化騰說。
從大學二年級開始，馬化騰把很多精力花在了C語言的學習上。這是1972年由美國的丹尼斯·雷切爾設計發明的高級程序設計語言，它具有繪圖能力強、可移植性好等優勢，並具備很強的數據處理能力，是世界上最流行、使用最廣泛的程序設計語言之一。在操作系統和系統使用程序以及需要對硬件進行操作的場合，C語言明顯優於其他高級語言。馬化騰日後對我說：“我們最終是靠C打天下的。”他還說：“在技術上，我的算法不是太強，那需要數學很強的人才可以。但是我做應用比較強，就是我知道如何把一個產品實現出來。”相對於馬化騰，他的同班同學、“冬瓜”張志東則更精於算法。
馬化騰在計算機上的天分，很快就顯現了出來。
在大學裡，對於所有學習編程的年輕人來說，公共計算機機房是較量技術的不二賽場。他們常常在一臺計算機裡編寫一個病毒程序，將硬盤鎖死，令別人無法啟動，而自己則可以任意地打開，或者，有另外一個高手能夠破譯出別人設計的程序，這無疑是一件很酷的事情。在同學們的記憶中，馬化騰是一個編寫病毒程序的高手：“他經常把機房計算機的硬盤鎖死，連管理員都打不開。後來只要一發生這樣的情況，馬化騰肯定是第一個被叫過去的‘嫌疑犯’。”
除了C語言編程之外，馬化騰在技術上的另外一個強項是圖形化界面的程序編寫。
當時的計算機採用的是DOS程序，微軟的Windows還沒有進入國內，馬化騰能夠在DOS系統下做出類似Windows的圖形化界面。“當時國內還很少有人做這樣的嘗試，我在書上找到一些基本元素，然後在上面不斷搭建，形成了自己的圖形化界面技術。”
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