花千骨講述了一個世外桃源的村落（花蓮村），降生了一個女嬰，名字叫花千骨，她出生的時候天空中有一道白光劃過，，由於天象的異常，引來了清虛道長，原來是這個女孩的命太硬，不僅剋死了自己的母親，還使周圍的花草樹木全部枯萎，最為重要的一點是她天生帶有香氣，而這種香氣能吸引妖怪。
所以清虛便在房子周圍設下結界，並送給花千骨御魔錦來掩飾香氣，最後囑咐花千骨的父親讓次女嬰16歲之後上蜀山拜師學藝。
十六年過去了，仙界一片祥和安樂，人間卻是妖魔遍地橫行，長留派掌門想要退位，而修行出眾的白子畫是五仙中武功，學識最好的，自然也就成了掌門的不二人選。
長留掌門在上任之前須先下山歷練，在歷練的時候不許使用法術，白子畫在歷練的遇到了他這一生的最愛的人花千骨，第一次與她相見，是她為父親抓藥，遇到妖魔追殺，花千骨跟白子畫一起把妖魔趕走了，在村民的圍攻下，父親最終也死了，花千骨自此成了一個孤女。
因為三天後是花千骨的生日，所以便邀白子畫最後陪她過一個生日，而白子畫最終不忍，留了下來，併為花千骨以後一個人擔心，所以親自為她做了一把木劍，教了她一些防身之術，這或許是出於最初的同情，在花千骨的生日上，千骨做了一碗桃花羹給白子畫，並問白子畫說好不好吃，而白子畫卻說：“好吃”。
三天後白子畫離開了，而花千骨也走上了去蜀山的道路，因為雲翳背叛師門，所以蜀山被滅門，清虛道長臨去世之前讓千骨先接任掌門，待穩定下來之後，把掌門之位傳給雲隱。
而花千骨和白子畫又一次重逢了，在花千骨遇到危險的時候，白子畫又一次救了她，並奪回了栓天鏈。花千骨說自己想要去長留拜師學藝，而白子畫卻說長留不是一般人能進去的，以你的資質是進不去的，（原來白子畫早已知道花千骨是他的生死劫，卻因為不忍殺生，而放了她），所以故意這樣說的。
經過花千骨的努力以及一些人的相助，最終她不僅進入了長留還成為了白子畫的徒弟，與白子畫朝夕相處，因為花千骨是凡胎肉體，一開始還需要吃飯，所以因為不想自己一個人吃飯，所以便邀師傅一起吃，桃花羹是千骨幾次做給師傅的，白子畫非常喜歡，以至於後來在子畫病危的時候，也只想吃桃花羹。
子畫對千骨的愛從來就不是說出來的，而是做出來的，千骨為了師傅不惜盜取十方神器，造成世界各地動盪，並最終成了妖神，即便是這樣，子畫也要跟她一起承擔，將她封印，為她承擔了64根消魂釘，就是不願殺了她，不惜為了她承擔天下的罵名，花千骨對白子畫的愛是不想失去，只願他好。
而白子畫是為了她甘願辜負天下，正如最終花千骨死的時候，白子畫終於說出了他的心裡話，你讓我把你殺了之後你留我做什麼？你想要什麼你說就是了，不管對的錯的我都給你，愛給你，人給你，長留覆滅幹我何事，這些人的生死又幹我何事，我帶你走，去哪裡都好，只要你不要離開我。
白子畫的責任是以天下蒼生為己任，但最終為了花千骨，竟願意放棄這一切，只願跟她遨遊在山水間，與她終生相守，不離不棄，直到最後，花千骨說：“我從來都沒有後悔愛上你，但如果再給我一次機會，我情願不要遇見你”這份愛太辛苦了，無論是對於白子畫還是花千骨，所以白子畫最終最在意的還是花千骨。
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