1990年，僑居在烏干達的圖西族難民組織盧旺達愛國陣線與胡圖族政府軍爆發內戰。在周邊國家的調停和壓力下，1993年8月，盧旺達政府和愛國陣線在坦桑尼亞北部城市阿魯沙簽署旨在結束內戰的和平協定。即將到來的和平令盧旺達政府高層中的極端勢力感到恐懼，他們逐漸對朱韋納爾·哈比亞利馬納總統感到不滿，認為他在與愛國陣線的談判中讓步太多。
1994年4月6日，載著盧旺達總統朱韋納爾·哈比亞利馬納和布隆迪總統西普里安·恩塔里亞米拉的飛機在盧旺達首都基加利附近被擊落，兩位總統同時罹難。該事件立即在盧旺達全國範圍內引發了胡圖族人針對圖西族人的血腥報復。7日，由胡圖族士兵組成的總統衛隊殺害了盧旺達女總理、圖西族人烏維林吉伊姆扎納和3名部長。
在當地媒體和電臺的煽動下，此後3個月裡，先後約有80萬至100萬人慘死在胡圖族士兵、民兵、平民的槍支、彎刀和削尖的木棒之下，絕大部分受害者是圖西族人，也包括一些同情圖西族的胡圖族人，盧旺達全國1/8的人口消失，另外還有25萬至50萬盧旺達婦女和女孩遭到強姦。
同年7月，盧旺達愛國陣線與鄰國烏干達的軍隊反攻進入盧旺達首都基加利，擊敗了胡圖族政府。200萬胡圖族人，其中一些屠殺參與者，由於害怕遭到圖西族報復，逃到鄰國布隆迪、坦桑尼亞、烏干達和扎伊爾。數千人由於霍亂和痢疾死於難民營。
比利時政府以10名比利時維和軍人遭到殺害為由，撤出了全部在盧旺達的部隊，並帶走了所有的武器。
聯合國在盧旺達種族大屠殺事件中表現消極。大屠殺發生的第四天，聯合國安理會通過投票，決定象徵性地在盧旺達保留260名維和人員，職責僅僅是調停停火和提供人道主義援助。在盧旺達種族大屠殺持續了近一個半月後，聯合國才決定將聯合國駐盧旺達援助團人數增加到5500人，擴大其行動授權，並說服其他國家參與救援。
法國在基伏湖附近建立了野戰醫院，嘗試收容難民。加拿大、以色列、荷蘭和愛爾蘭也提供了一些援助。紅十字會、無國界醫生等國際救援組織無懼炮火，到達當地，拯救平民百姓。紅十字國際委員會在大屠殺發生前呼籲相關各方盡一切努力阻止大屠殺發生，並在大屠殺發生期間力求保持中立色彩，設立醫院，運送物資，減少平民傷亡。
據估計，在紅十字國際委員會的請求下，總共有7萬人獲救。屠殺過去後，數萬名流離失所者得到紅十字國際委員會救助，並通過“重建家庭聯繫”項目澄清在盧旺達屠殺中失蹤人員的命運，在1994年到1998年期間，約有48000名兒童與家人重聚。
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