華大基因是一個專門從事生命科學的科技前沿機構。以學、研、用為主的科研方式。涉及人類、醫學、農業、畜牧、瀕危動物保護等分子遺傳層面的科技研究。
1999年
9月9日，北京華大基因研究中心成立。
2000年
6月26日，克林頓與布萊爾共同宣佈由美國、英國、德國、日本、法國和中國六國16箇中心共同承擔的人類基因組”工作框架圖”繪製完成。江澤民同志接見了人類基因組計劃科學家。
2001年
1月21日， "杭州華大基因研發中心"在杭州市西湖湖畔成立。
10月12日，中科院、國家計委、科技部聯合宣佈：中國率先在世界上完成了水稻(秈稻)基因組的"工作框架圖"和數據庫。
2002年
華大基因牽頭中華協作組，承擔10%國際人類基因組單體型圖計劃。2005年10月27日，該計劃成果以封面文章形式發表在《自然》上。
2002年4月5日，美國《科學》雜誌以封面文章的形式發表中國水稻(秈稻)基因組工作框架圖學術論文。
2003年
華大基因在國內第一個破譯四株SARS病毒全基因組序列，在全球首個公佈SARS診斷試劑盒。
4月，中科院宣佈在華大基因基礎上組建北京基因組研究所。
5月，華大向全國防治非典型肺炎指揮部捐贈30萬人份SARS病毒診斷試劑盒。
2004年
5月21日，禽流感病毒基因組測序，同時開發出了相應的檢測試劑盒。
12月30日 印度洋發生海嘯，代表中國政府、由華大方瑞派出了一支海嘯遇難人員DNA鑑定救援組趕赴泰國海嘯災區參與救援。
2005年
2月1日，水稻基因組計劃"精細圖"研究成果論文文章發表在《PLoSBiology》2005年第3卷第2期上。
10月27日，國際人類單體型圖計劃成果以封面文章的發表在英國雜誌《自然》上。被《Science》評為2005年全球十大科學進展第一位。
2006年
10月18日，DNA雙螺旋結構發現者之一、享有"DNA 之父"稱譽的諾貝爾獎獲得者詹姆斯.沃森教授來到我單位參觀訪問。
2007年
2月，華大健康（現華大醫學）事業部正式成立。
6月19日，深圳華大基因研究院成立。
10月11日，深圳華大基因研究院完成繪製“第一個中國人基因組圖譜” ，並在《自然》封面文章發表。
12月，《科學》雜誌報道“第一個中國人基因圖譜”工作。
2008年
1月22日，“千人基因組計劃”正式啟動。2010年10月28日在《自然》發表。
2009年
1月，華大農業植物平臺成立。
3月20日，香港華大成立。
2010年
1月，華大基因購買了Illumina公司的128臺HiSeq 2000測序儀，成為全球測序通量最大的基因組中心。
1月11日，武漢華大成立。
3月4日，《自然》封面發表“人體腸道菌群元基因組參考基因集的構建工作”，12月17日，入選《科學》雜誌“本十年卓見”。
4月27日，美洲華大在波士頓成立。
5月17日，歐洲華大在丹麥哥本哈根成立。
年底，日本華大在神戶成立。
2011年
1月10日，國家發展改革委正式批覆同意依託深圳華大基因研究院組建深圳國家基因庫。
9月1日，天津華大成立。
10月，華大基因學院成立。華大基因學院致力於國際化開放辦學，建立“以項目帶學科 、帶產業、帶人才”的新型培養方式。
11月，華大啟動“百萬基因組計劃”,由“百萬動物”“百萬植物”和“百萬人基因組計劃”三部分組成。
11月11日，上海華大成立。
2012年
2月17日，華大-加州大學戴維斯分校聯合基因中心成立。
4月，華大科技正式成立。
7月12日，華大基因和生物醫學中心（BioMed Central）宣佈其共同創辦的生物學期刊《GigaScience》首刊正式發行。
9月27日，華大基因-費城兒童醫院聯合基因組學中心成立。
2013年
3月18日，華大基因成功收購人類全基因組精準測序的創新領導者Complete Genomics。
2014年
6月30日，華大基因測序儀及胎兒染色體非整倍體檢測試劑盒獲國家食品藥品監督管理總局批准上市。這是國家食品藥品監督管理總局首次批准註冊的第二代基因測序診斷產品。
2015年
2015年12月18日，證監會公佈華大基因擬創業板上市《申報稿》，該公司上市保薦券商為中信證券（600030）。
2016年
2016年2月23日BGI宣佈在阿里雲計算平臺部署的服務產品BGI Online國內beta版本正式上線。 [1]
2017年
2017年11月8日，華大基因入選時代影響力·中國商業案例TOP30。
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