在EPC項目中，設計工作分為四個階段，即項目前期階段、投標階段、實施階段和後期服務階段。 由於各階段的設計任務、目的和要求不同，其控制要點也不一樣。
一、項目前期
EPC總承包商設計管理的重點是主動為業主提供前期項目可行性研究、融資貸款安排與初步方案設計等服務。
該階段設計控制的重點是傾聽業主的想法，瞭解業主的需求，選擇設計分包商，利用業內成熟的技術，滿足EPC合同要求的工藝，提供符合業主需求的產品等。
通過對特定工藝、施工方法、設備產品的統籌規劃，為下一步項目投標或議標，增強自身的優勢和競爭力。
二、項目投標階段
EPC總承包商設計管理的重點是根據項目的性質和技術要求，按照業主要求，提出初步設計方案，編制工程量清單，提交項目預算書；並與採購方案、施工方案進行反覆的協調、比較、調整、優化，以求取得最佳功能性、經濟性、可靠性的初步設計方案，增強投標或議標的競爭力。
在激烈的市場競爭中，業主對EPC項目一般都採用總價包乾的形式進行招標，故投標或議標總價是決定項目成敗的關鍵。在勘察設計深度和時間受限的前提條件下，如何編制合理、準確、詳細、適用的工作量清單，是EPC總承包商在該階段設計管理的核心。
這就要求設計人員認真研究EPC合同中的“業主要求”，研讀招標文件和技術標準、規範，充分了解業主的意圖，對設計方案進行多方比選，嚴格把握關鍵技術標準，收集市場信息，深入瞭解當地實際的技術、經濟水平，並進行必要的現場踏勘。
在方案比較和材料設備選用上，在滿足業主的基本要求下必須注意技術與經濟的最佳結合。在價格上，要通過技術比較、經濟分析等手段，在符合業主要求的前提下提出合理報價。
三、項目實施階段
EPC總承包商設計管理的重點是
在確保設計進度、質量、控制投資的前提下，完成施工圖設計。在EPC總承包項目中，設計又分為兩步：一是初步設計完成後，要由業主工程師對項目功能及技術進行審查，通過設計審查對工藝流程和設計方案提出修改意見，審查通過後才進行施工圖設計；
二是在進行專業設計時，EPC總承包商應提供擬定設備的主要技術參數和應用範圍等支撐文件供審查。對於工程實施過程中出現設計條件的變化以及現場施工提出的技術變更，根據可行性論證和技術性、經濟性方案評估，履行設計變更手續，在工程竣工時提交設計資料的最終版本。
在該階段的設計一般採取限額設計，即按照批准的投資估算控制初步設計，按照批准的初步設計總概算控制施工圖設計，同時各設計專業在保證達到使用功能的前提下，按照分配的投資限額控制設計，嚴格控制因初步設計和施工圖設計不合理導致的變更，確保總投資限額不被突破。
限額設計通過投資分解和工程量控制，將審定的投資額和工程量先行分解到各個專業，然後再分解到各單位工程和分部工程，實現對設計規模、設計標準、工程數量和概預算指標等各方面的控制，以達到對工程投資的控制與管理。
四、工程後期
EPC總承包商設計管理的重點是完成工程竣工文件的準備和審核，操作手冊編寫、準備預試車和試車方案，編制備品備件清單，配合進行有關技術、管理、維護的人員培訓，指導試車和維修工作，配合EPC總承包商進行工程竣工驗收、結算、移交等。
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