由於《風雲》本傳故事當中，聶風、步驚雲等一干主角的少年事蹟沒有太多詳述，馬榮成和丹青兩人因而以《風雲小說》的方式來補完。至《十二驚惶》篇暫時做個結束後，便開始思考一部「若風雲轉生到現代、甚至是近未來的世界中，會是怎樣的情況？」，因此《風雲新傳-神武紀》小說系列就以這樣的概念下誕生了。故事描寫在2047年的香港，一個疑似步驚雲轉世的少年阿鐵，因為養父霍天之死、天道盟主求道和神秘男子怒修羅的追殺，使得屬於他的驚世生命覺醒；遇上一個前世與他為摯友的再世聶風，兩人同樣都失去十歲之前的記憶，便要找出他們是否為風雲的轉世；深入步驚雲之墓揭開風雲生死之謎；接受無名遺留的龍元之血，讓他們更進化為風雲真身；前往紐約尋找半邊神，揭開神武紀的另一面紗『邪武紀』和有關他們身世的殘酷答案等。
基本上丹青寫科幻題材的劇本幾乎是一成不變，都是同一套的故事架構：主角一開始就是被操控在一個安排好的人生裡，由一個不是親人的親人養大，佈局者忽然在他平凡的人生中，佈下許多陰謀要殺害主角，更殺害其親人讓主角產生報仇心態，目的就是要這個主角提升到一定的程度，足以完成他的陰謀；而撫養主角的親人都是佈局者派去的間諜，最後這個間諜因為對主角產生感情，反過來幫助主角而壯烈犧牲。從早期的《神王》、《黑豹列傳》的無名豹篇、到《神武紀》小說版亦然如此。
雖然故事的格局好猜，原著仍是相當精采的，除了現代風雲兩人外，還有一個再世劍聖龍廿三：步驚雲的外冷內熱、聶風的仁慈與眾生平等、劍聖對劍和聖靈劍法的執著都在這三人身上重現。而聶風的青梅竹馬卓藍，以計算機網絡的方式取代《風雲》當中的書信，成為現代版的第二夢。白秀作為人造幻妖Ｘ的身分，對阿鐵的愛甘願犧牲生命；沉默十數年的阿鐵因為霍天之死，首次開口的一句『阿爸』震撼天地間；以及再世風雲與百多個風雲複製人大戰的場景等等。這些橋段若能有朝一日改編成漫畫版，是許多天下死士們的期望。
在《天下畫集》第四百期時，馬榮成試著以別冊方式，附錄《神武紀》的試刊漫畫來探測市場反應（注1）。改編相當忠於原著，從蘇聯間諜部隊在2026年的中國天山，挖掘出步驚雲的絕世好劍；怒修羅以凶神惡煞的形象初次登場，一舉格殺數十條生命，帶出「天涯粉碎，海角枯乾，絕世劍現，風雲再起」的詩句。時間轉到2047年的香港，算命仙林伯算出阿鐵的命格特殊，幾百年前有一個與他相同氣質和命運之人。最後林伯慘遭神武使封口，從神武使的口中透露出阿鐵即將轉世為步驚雲，作為序章的結尾。當時這本別冊已經有小說版重要人物的草稿圖，如聶風、卓藍、白秀、求道、霍天等人。甚至也預告了《風雲新傳-神武紀》漫畫即將創刊，卻遲遲未有消息。
2004年，天下二線書的銷售和口碑，在讀者間皆不佳：例如結束很草率的《雪山飛狐》和評價不高的《暴力中毒》等書。尤其是《雪山飛狐》一書犯了之前《倚天屠龍紀》的毛病，重要橋段往往是以大量文字為主，搭配一幅圖畫帶過。如果只是要看這種圖文小說，那還倒不如不要改編，回頭看原著是最原汁原味。可是天下的改編卻又相當兩極，如果不是前者那種強求忠於原著的圖文插畫法，就是重新設計一個新的世界觀，人物名稱只是掛名和原著毫無關係。例如連讀者看了都流淚的《英雄無淚》，玩反覆入魔、計中計中計無限輪迴的《七種武器》皆是失敗例子等。因此當馬榮成宣佈，正式將小說《風雲新傳-神武紀》漫畫化時，讓許多讀者又喜又懼：喜的是馬仔終於決定拿出這部期待以久的科幻版風雲；懼的是馬仔不知會如何改編這部作品，不管是以天下過去的兩種偏頗的改編作風，都不能讓讀者滿意。然而從另一方面想，這部《風雲新傳-神武紀》畢竟是他與丹青合力製作的，應該不至於會連自己的作品都毫無顧忌的惡搞吧。
《風雲新傳-神武紀》創刊號上市後，讓讀者稍微放了心。故事直接從阿鐵與展覽館的絕世好劍和天邪戰鑑兩物接觸，腦中開始出現不哭死神步驚雲的影像和記憶；而阿鐵的養父霍天從潦倒的劍手變成警衛，是為了將劍館挑戰的橋段省去。雖和原著有差異和簡化，讓阿鐵的覺醒缺少些震撼性，至少走向上仍未改變：阿鐵初展悲痛莫名和霍家劍法、全球出現『死神迴歸』的訊息、聶風如同領悟自己的前世天命般出現在阿鐵面前等等，讓再世風雲在2047年的未來故事，起了個不錯的開頭。而新角色則是有彷佛是天池十二煞的轉世型腳色『天道十二煞』：童夢（童皇）、鬼影紙（紙探花）、狗王等人，更多添一份神武紀漫畫版當中的《風雲》色彩。
至第二期、第三期大體上按著原著的脈絡進行，如神舞之秘是怒修羅必須殺掉阿鐵的原因；怒修羅背後的笑三笑出現，以及一切的始作俑者半邊神和神武紀計劃等等。然而第四期應該到了再世風雲進入步驚雲之墓的橋段時，最終Boss的半邊神卻提前出現在阿鐵和聶風兩人面前，並且告訴這兩人皆為風雲複製人。照道理說《風雲新傳-神武紀》原著主要環繞著再世風雲的身世之謎和神武紀計劃打轉，當這一切都揭開後，故事也等於將要結束了；為什麼才第四期，馬榮成就提前公佈出來？這是有原因的．．．．
原來，讀者都被騙了
第五期之後開始，故事重心偏往再世聶風的好友：無極身上發展。在神武刀能量運轉下，無極、童夢和卓藍回到了2007年的過去，而這三人更成為促使半邊神和神武紀計劃的催生者。早在第三期後面幾頁，從笑三笑的口中得知他之所以能夠知道半邊神的部署，讓怒修羅早一步行動，阻止阿鐵蛻變成步驚雲，這一切是一個叫做『無極』的少年告訴他的。
從這裡的鋪陳對比第五期後的橋段，我們知道其實馬榮成已經有意思讓這個看似配角的無極，成為《神武紀》的主導人物：先有無極啟動神武刀上的時間齒輪、童夢的蠱惑和金屬巨蟒的訊息下，讓四十年前的天才科學家陸驚天成為邪惡的半邊神。而無極因緣際會遇上高人笑三笑，並且傳輸力量給殺手地獄（日後的怒修羅），能夠使他在2047年有足夠能力，與再世風雲兩人合力擊殺機械人半邊神。馬仔製造了一個「雞生蛋、蛋生雞」的無限循環創造漫畫版的神武紀故事，異於原著小說的「虛幻的2047神武紀，真實的2587邪武紀」。
然而這個時空設定上卻有極大的混亂和不少BUG：若說無極造就了神武紀計劃和半邊神的誕生，那麼按照歷史脈絡進行下去，就會出現故事一開始的2047年。但是第七期最後一頁卻說無極在過去改寫了某些部分，導致2047年的未來所有一切事物都將被毀滅，那麼無極所造成的無限循環也根本不成立。另外半邊神於再世風雲面前說他在南極找到時間齒輪，並在附近的風雲墓穴中，挖出絕世好劍及雪飲刀，所以才能從刀劍上的風雲之血複製出他們兩人。可是金屬巨蟒來自未來的紀錄卻告訴陸驚天，他不會立刻在南極得到時間齒輪，而是從無極手上奪取；另外在第九期原本應該在南極的絕世好劍及雪飲刀，卻說早已深埋在在煉獄島上很久，是由無極所挖出來的。而無極體內的麒麟力量又是何來，這些馬仔都沒有解釋清楚
馬仔在頭幾期後紀談到《風雲新傳-神武紀》的改編：為了符合漫畫的風格，提出一個『再創作』理念，所以會更動原著橋段而成為更好的作品。這理念乍聽來有趣，然而在《神武紀》漫畫版的實踐上，是很不知所謂的。除了在短短九期內就出現上述所提的嚴重bug外，還有再世風雲地位的邊緣化：在故事移轉到無極身上時，在他們身上的描寫逐漸減少，沒有像原著小說般讓風雲的性格在他兩人身上出現和成長，甚至淪落為只有著風雲長相和武功的「人形廣告牌」。原來再世風雲的出現，只是為了幫新主角無極抬轎的作用。實際上馬仔是藉由《風雲》作為招牌吸引讀者，來順利開一本新書系列罷了。
《神武紀》漫畫版，無疑地挽救了天下二線書的惡名，讓馬仔狠很地出了一口長氣。然而這部作品時則歸功於馬榮成的主編和水墨繪圖，以及風雲這個字多年來建立的名望和銷售保證，作為拯救天下二線書市場的最後壓箱寶，故事本身並無特色可言。
可惜馬仔卻渾然不覺，見到《神武紀》的銷售不錯，以為是捨棄《風雲》的招牌，完全讓無極擔當真正主角的時候﹔更是放心只掛名監製，完全交由周勝主編的結果，到了《神武紀II》，終於讓他嚐到天下一貫的老梗模式在故事中爆走，導致銷售量慘跌等窘況．．．．．
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