從聖經的教導來看，禱告時應當運用的方法會有很多，但以下數點是極其重要的，我們應當在禱告中很好地應用。
1、警醒禱告
耶穌提醒門徒說：“總要警醒禱告，免得入了迷惑，你們心靈固然願意，肉體卻軟弱了。”（太26：41）我們所面對的試探很多，因為“仇敵魔鬼，如同吼叫的獅子，遍地遊行，尋找可吞吃的人”（彼後5：8）。因此，我們需要警醒，倘若不夠警醒，我們就會在魔鬼的陷害下中止禱告。主耶穌提醒門徒的時候，門徒正處於這種情況之中，他們在耶穌面前呼呼大睡，卻不願意禱告。沒有警醒，就無法禱告，我們要切記這點。
2、隨處禱告
保羅在《提摩太前書》2章8節說：“我願男人無忿怒，無爭論，舉起聖潔的手，隨處禱告。”這豈止是對男人的勸勉，這些屬靈的原則不也適應女人嗎？禱告是重要的，所以應當成為我們一刻都不忘記學習的功課，那就需要我們“隨處禱告”。或許有人會問，隨處禱告合適嗎？會不會影響他人、影響工作呢？保羅在另外一處經文中告訴了我們答案，隨處禱告就是“隨時多方禱告”（弗6：18），並不拘泥於形式。
3、恆切禱告
使徒保羅提醒我們說：“你們要恆切禱告，在此警醒感恩。”（西4：2）禱告不能一曝十寒，而要持之以恆，無論環境如何，心境如何，都要堅持禱告。有些時候，我們的禱告並無任何果效，祈求得不著垂聽，讚美看不到悅納，即便如此，依然應當堅持不懈地禱告。主耶穌設比喻說，一個寡婦需要不義之官為她伸冤，但他卻不予受理，後終因寡婦的堅持而予以受理。這個比喻的目的“是要人常常禱告，不可灰心”。
4、禁食禱告
5、同心禱告
俗話說：“三人一條心，黃土變成金。”又說：“人心齊，泰山移。”由此可見同心合意的重要性。對禱告而言，也是如此。倘若能有眾多的肢體在一起同心禱告，其效果一定很好。耶穌說：“若是你們中間有兩個人在地上同心合意的求什麼事，我在天上的父必為他們成全。”（太18：19）五旬節聖靈降臨之先，有120餘人在“馬可樓”上同心合意地禱告，從某種意義上講，這也是聖靈降臨的一個重要的因素。
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