在鎌倉至江戶時代，約1185年到1867年間日本忍者逐步登上歷史舞臺，接受忍術訓練的他們效力於大名，主要執行情報收集和刺殺等秘密任務，德川幕府時其被納入正式編制後進入最興盛的年代。許多傳奇忍者如猿飛佐助、霧隠才蔵、風魔小太郎、服部半蔵等都是這個時代真實出現過的人物。
火影忍者
但各位可別被日本動漫火影所迷惑，認為忍者都是隻要雙手結印口唸咒語就能實現移星換影的大神，因為現實恰恰相反忍者只是個被嚴重高估的群體。雖然忍者常被拿來同日本武士和僧兵作比較，但其實他們有著本質上的區別，日本武士是進退有方講求作戰軍陣嚴謹的實實在在的軍人，日本僧兵也都是由武裝起來的信徒組成的強悍軍隊，而忍者完全不屬於正規部隊這個行列，且對日本戰史的影響也遠不及武士和僧兵。
日本忍者
要說忍者的黃金時代，是在日本的戰國時代，其當初的身份等同於現今的僱傭兵，主要活動就是為完成僱主交付的政治或軍事任務進行偵查、暗殺、破壞和煽動等。當時較為出名的有伊賀、甲賀兩大集團勢力，可在戰國時代真正的主角兒日本武士眼中，忍者只不過是群窮屌絲般的存在而已。
日本忍者文化
當然忍者也有過揚眉吐氣的時候，那就是曾讓稱霸天下的織田信長吃了次虧，上世紀七十年代末，織田信長之子織田信雄領兵攻打伊賀，結果被忍者設陷遭逢慘敗，但兩年後織田信長卷土重來派四萬大軍進攻伊賀，就讓忍者自嘗惡果，連忍者總統令最終也沒能逃過一死。
武僧
據相關史料顯示，武功只是忍者所修行的“忍術”中一小部份，因為除此之外還有食、香、藥、氣、體五種必修科目，俗稱“忍者五道”。當年忍者“猿飛佐助”所使的獨門兵器是支射程在五十米的突火槍，要知道，這可是比當時以火器著稱的明朝軍隊中最好的鳥銃槍射程還要高出一倍。可惜的是後來猿飛佐助因誤入陷阱被殺，他的這把神秘兵器自此也就不知所蹤了，這曾一度被日本軍火史書引為憾事。
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