有的寶可夢擁有由於性別而造成的外貌差異。與尼多蘭和尼多朗這類差異不同，這些外貌差異在第四世代才被加入。
這個效果與兩性異形類似，在所有的這類寶可夢身上都能看見。
在《鑽石／珍珠／白金》中，通往水脈市的閘門裡，山梨博士的助手會給主角升級寶可夢圖鑑來查看遊戲中的性別差異（此外還可以查詢形態差異）。
第五世代新增寶可夢的性別差異更加明顯，這些寶可夢的兩個性別有各自的繪圖和形象數據空位，性別差異在寶可夢立體圖鑑ＢＷ也被稱為形態。
第六世代新增寶可夢的性別差異更甚於第五世代，不同性別的超能妙喵不僅外形擁有差異，特性和學會的招式也有差別，性別差異甚至比某些寶可夢的形態差異還要大。
烈咬陸鯊是唯一一隻有性別差異的準傳說的寶可夢。
擁有性別差異的寶可夢，其超級進化和地區形態卻沒有差異。
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