馬來西亞認為，其周邊安全環境十分複雜，當前不僅面臨與他國的領土爭端等傳統安全領域的問題，還面臨恐怖主義、毒品走私等非傳統安全領域的問題。馬六甲海峽作為世界性的戰略要道，加之豐富的自然資源，決定了馬來西亞始終是外國勢力爭奪的目標。
馬來西亞國土被南海分割為西馬（馬來半島）和東馬（沙巴及砂拉越）兩個部分，為捍衛海上主權及其所謂的“專屬經濟區”內的油氣和漁業資源利益，必然會與他國產生矛盾。此外，恐怖主義、毒品走私、非法移民、海洋資源爭奪和海盜等問題也影響著馬來西亞的安全與穩定。
馬來西亞第18任武裝部隊總司令祖基弗裡·賓・默罕默德・辛將軍，在2011年6月發佈的“一號命令”中詳細闡述了馬來西亞的安全環境：“全球地緣政治及地區形勢的持續發展變化引發了對安全觀和國防戰略的重新詮釋。”雖然當今東南亞的局勢尚屬平靜，但是也存在著隨時可能引發衝突的內部因素和外部因素。
近年來、隨著中國和印度等亞洲大國的崛起，它們對東南亞地區的關注程度日益提升，其影響已經不僅僅侷限於經濟領域，還涉及到軍事領域。相關各國旨在爭奪南中國海資源而提出的領土要求被重新提起，馬六甲海峽商船的通行安全問題也成為外部勢力軍事幹預的藉口。除此之外，非軍事安全威脅也日益凸顯，如跨國犯罪、公共安全、恐怖主義、自然災害、影響國家政治穩定的社會動盪等等。
為此，馬來西亞制定了長遠防務戰略的基本方針，以南海為主要戰略目標，優先考慮海軍和空軍的建設發展，加強兩個軍種在南海的機動作戰能力。作為南海爭端的利益方．馬來西亞一直在處心積慮地對南沙群島部分島礁實施軍事佔領。自1983年以來，馬來西亞武裝佔據彈丸礁、光星仔礁、南海礁、榆亞暗沙和簸箕礁5個南沙島礁，建設了以彈丸礁海軍站為母站的一系列軍事設施，以加強對這一海域的管控。1981年成立的海軍特種部隊，專門負責保衛其“專屬經濟區”等戰略要地。與此同時，馬來西亞軍方還抓緊擴建蘭卡威、納聞、哥打基納巴盧等海空軍基地，加強海、空軍的協同作戰能力。
為實現軍隊的現代化．2009年馬來西亞軍方開始實施“馬來西亞武裝部隊四維戰略發展計劃”。該戰略計劃有三個核心：聯合部隊，信息優勢，水下、水面、地面、空中和信息領域的多維度。馬來西亞軍隊希望政府在“第十個五年計劃”（2011～－2015年）裡能為“馬來西亞武裝部隊四維戰略發展計劃”的實施提供大部分資金，並希望更好地解決三軍協同及合成問題。馬來西亞皇家海軍規模有限，作為一支小型化部隊，它必須通過革新以保持競爭力。
目前，馬來西亞皇家海軍正謀求創建一個由水面艦艇、飛機、潛艇和高素質軍人構成的綜合系統，但是所擁有的資源卻十分有限。為保持先進性，馬來西亞皇家海軍只能積少成多，而不能重複建設。總體而言，馬來西亞皇家海軍面臨著兩大挑戰：一是如何通過創新手段的應用來實現持續進步；二是如何通過技術更新，不斷提高現有艦艇的戰備水平和作戰效能，以滿足未來聯合作戰的需要。最近三年，馬來西亞皇家海軍實施的改革項目之一，就是將其現有艦隊升級為“未來艦隊”。馬來西亞皇家海軍“未來艦隊”將包括新增的2艘“傑巴特”級護衛艦、18艘新一代巡邏艦、3艘多功能支援艦、3艘輔助艦、2艘潛艇、6架“超級山貓”直升機和多架海上巡邏機。事實上，馬來西亞皇家海軍潛艇部隊從20世紀80年代就開始籌建，但是因為政府撥款的退緩粍費20多年直到2009年才開始列裝，因此馬來西亞皇家海軍“未來艦隊”的建成也將遙遙無期。
總之，馬來西亞皇家海軍未來的發展方向就是建設一支少而精的多功能艦隊，使其有能力阻止其他國家對馬來西亞海洋利益的侵犯，有效保障馬來西亞的海上安全。
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