中科院廣泛開展合作 助力基因測序科學攻關

央廣網科技9月17日消息(記者 王蕾)近日,聯想為中國科學院提供整體HPC解決方案,建設高性能計算中心,滿足中科院對高性能計算力的需求,助力基因測序科學研究穩步向前。

“分析生物大數據,高性能的計算機群對我們來說是很重要的,沒有高性能的計算機群支撐的話,整個工作沒辦法開展。”中科院遺傳發育所基因組分析平臺首席技術專家梁承志教授在介紹日常工作中說道。

生物研究領域的主要研究方向是基因組學和生物信息學,目標是把基因組中的信息解析出來。每個生命的基因組上都有遺傳物質,並通過基因組傳承下去,因此,對於生物研究來說,重要的信息都在基因組裡。

中科院廣泛開展合作 助力基因測序科學攻關

中科院遺傳發育所基因組分析平臺首席技術專家梁承志教授

生物科學的發展對技術依賴性非常高,最新的高通量技術可以把生命的過程轉變成數據和信息。“生命系統在數字化以後,我對這些數據進行分析,在分析的過程中發現其中的一些規律。有了這些規律,我們就可以得到一些新的知識,用這些知識來指導我們的日常生活。”梁承志說道。

為了讓記者更好的理解,梁承志介紹了兩個主要方向和目標,對於精準醫學領域來說,通過對基因組的瞭解,以及個人生命過程的瞭解,得到新的知識來指導如何使用個性化的藥物來解決癌症或其它疾病的治療問題,或通過不同人不同食譜的改變,指導人們的日常生活,以此來提高健康水平。在糧食育種領域中,則通過大數據的分析來產生育種相關的新知識、新方法、新理論,可以指導日常的育種工作,提高育種效率。

生物大數據有“三高”特點:高複雜性、高不確定性,高維度。數據維度高就導致了計算量的複雜,因此需要高性能集群進行幫助。梁承志介紹說,計算的瓶頸很多,生物系統基於本身的複雜程度和多層次,分析時對數據的傳輸速度要求比較高,所以計算系統對存儲硬件的要求就比較高,分析時既考慮計算又考慮存儲。他表示,“如果沒有高性能集群支撐的話,對數據的分析無法實現,因為數據量太大,對存儲和計算都有很高的要求。而聯想高性能計算(HPC)集群的使用,可以提高我們的數據分析速度和工作效率。”

據瞭解,中科院有較為豐富的HPC集群使用經驗,但因為早期的設備故障率高、穩定性較差,計算性能無法滿足中科院的日常科研需求,並且原有機房空調設備老化,耗電量較高,無法支持更多的新購IT設備的散熱需求,高性能計算系統升級迫在眉睫。聯想通過為中科院搭建了採用Intel最新產品的HPC平臺,在滿足雲計算方面需求的同時,也為科研攻關提供計算力支持。

中科院廣泛開展合作 助力基因測序科學攻關

中科院高性能計算中心

聯想數據中心業務集團中國區政府行業銷售總監邰能波表示,聯想DSS高端並行存儲所提供的存儲總容量將近3個PB,是中科院原有的存儲系統的約3倍容量,DSS高端並行存儲的聚合帶寬可達到10GB/s,是中科院原有的存儲系統性能的2倍。此外,整體交付的模塊化機房高效節能,實際PUE約1.5,為中科院節省了大量電費。

聯想數據中心業務集團中國區方案營銷總監李煒介紹說,HPC誕生的第一個基礎應用就是科研。國產的與進口的高性能集群之間的差異,在硬件領域,基本上已經補全,但是在軟件領域,國產的高性能計算機群相對還是弱一些。目前,中國已經有世界級的硬件公司,還需要與世界級的工業軟件公司一起配合,才可能做出更好的產品。


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