用生物菌發酵有機肥料之前，需先把準備施用的各種化學肥料(速效氮肥、過磷酸鈣、硫酸鉀、硫酸鈣、硫酸亞鐵、鋅肥、硼肥、硫黃等)和有機肥(雞糞、植物秸稈或其他動物糞便等)摻混均勻，然後用250~500克生物菌如
地力旺加50~100克紅糖，兌水30~45千克細緻噴灑，堆集發酵腐熟15~30天，即可製成生物菌有機肥。施用生物菌有機肥有諸多好處:
①生物菌噴灑入動物糞便和各種肥料中後，可迅速繁育，發生大量的有益活體生物菌，能刺激根系的生長髮育，促進紮根，使番茄根系發達。並能在根系周圍形成菌層，抑制並殺滅土壤中的有害菌類(真菌、細菌、植物病毒)，顯著減少土傳病害發生。大量的有益生物菌還能釋放已經被土壤固定的肥料元素，供根系吸收利用，減少肥料施用量，提高肥料利用率。
②生物菌繁育過程中會吸收大量的速效無機氮、磷、鉀等肥料元素，把無機氮等肥料元素變成菌體，轉化成有機質，生物菌在繁育過程中新的菌體不斷髮生，老的菌體不斷死亡，變成腐殖質(即胡敏酸、富里酸和胡敏素)。從而把速效無機態肥料元素轉化成有機態緩釋肥。可顯著減少植物體中的亞硝酸和亞硝酸鹽的含量，利於提高產品質量。
③腐殖質對士壤性狀和植物的生長狀況有多方面的影響。它具有較強的黏著性能，能夠把分散的士粒黏結成團粒，促進團粒結構的形成，增加土壤的孔隙度，改善土壤的理化性狀，調節土壤的水氣比例，使土壤的三相(固相、液相、氣相)比例和理化性狀更趨合理。從而提高土壤的保水保肥能力，改善了土壤的通氣性能，進一步促進土壤微生物的活動，並使土性變暖。
它不但能不斷地分解釋放氮、磷、鉀、鈣、鎂、硫等礦質元素和水分供番茄根系吸收利用，促進生長髮育；還能釋放大量的二氧化碳，為番茄葉片光合作用提供原料，促進光合效能的提高。
腐殖質在土壤中呈有機膠體狀，帶有負電荷，能吸附陽離子，如NH4+、K+、Ca2+等，提高土壤保肥能力。
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