用 Python Pandas 處理億級數據

用 Python Pandas 處理億級數據

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在數據分析領域,最熱門的莫過於Python和R語言,此前有一篇文章《別老扯什麼Hadoop了,你的數據根本不夠大》指出:只有在超過5TB數據量的規模下,Hadoop才是一個合理的技術選擇。這次拿到近億條日誌數據,千萬級數據已經是關係型數據庫的查詢分析瓶頸,之前使用過Hadoop對大量文本進行分類,這次決定採用Python來處理數據:

硬件環境

  • CPU:3.5 GHz Intel Core i7
  • 內存:32 GB HDDR 3 1600 MHz
  • 硬盤:3 TB Fusion Drive


數據分析工具

  • Python:2.7.6
  • Pandas:0.15.0
  • IPython notebook:2.0.0


源數據如下表所示:

TableSizeDesc

ServiceLogs98,706,832 rows x 14 columns8.77 GB交易日誌數據,每個交易會話可以有多條交易ServiceCodes286 rows × 8 columns20 KB交易分類的字典表


數據讀取

啟動IPython notebook,加載pylab環境:

ipython notebook --pylab=inline


Pandas提供了IO工具可以將大文件分塊讀取,測試了一下性能,完整加載9800萬條數據也只需要263秒左右,還是相當不錯了。

import pandas as pdreader = pd.read_csv('data/servicelogs', iterator=True)try: df = reader.get_chunk(100000000)except StopIteration: print "Iteration is stopped."


1百萬條1千萬條1億條

ServiceLogs1 s17 s263 s


使用不同分塊大小來讀取再調用 pandas.concat 連接DataFrame,chunkSize設置在1000萬條左右速度優化比較明顯。

loop = TruechunkSize = 100000chunks = []while loop: try: chunk = reader.get_chunk(chunkSize) chunks.append(chunk) except StopIteration: loop = False print "Iteration is stopped."df = pd.concat(chunks, ignore_index=True)


下面是統計數據,Read Time是數據讀取時間,Total Time是讀取和Pandas進行concat操作的時間,根據數據總量來看,對5~50個DataFrame對象進行合併,性能表現比較好。

Chunk SizeRead Time (s)Total Time (s)Performance100,000224.418173261.358521

200,000232.076794256.674154

1,000,000213.128481234.934142√ √2,000,000208.410618230.006299√ √ √5,000,000209.460829230.939319√ √ √10,000,000207.082081228.135672√ √ √ √20,000,000209.628596230.775713√ √ √50,000,000222.910643242.405967

100,000,000263.574246263.574246



用 Python Pandas 處理億級數據



如果使用Spark提供的Python Shell,同樣編寫Pandas加載數據,時間會短25秒左右,看來Spark對Python的內存使用都有優化。

數據清洗

Pandas提供了 DataFrame.describe 方法查看數據摘要,包括數據查看(默認共輸出首尾60行數據)和行列統計。由於源數據通常包含一些空值甚至空列,會影響數據分析的時間和效率,在預覽了數據摘要後,需要對這些無效數據進行處理。

首先調用 DataFrame.isnull() 方法查看數據表中哪些為空值,與它相反的方法是 DataFrame.notnull() ,Pandas會將表中所有數據進行null計算,以True/False作為結果進行填充,如下圖所示:


用 Python Pandas 處理億級數據



Pandas的非空計算速度很快,9800萬數據也只需要28.7秒。得到初步信息之後,可以對錶中空列進行移除操作。嘗試了按列名依次計算獲取非空列,和 DataFrame.dropna() 兩種方式,時間分別為367.0秒和345.3秒,但檢查時發現 dropna() 之後所有的行都沒有了,查了Pandas手冊,原來不加參數的情況下, dropna() 會移除所有包含空值的行。如果只想移除全部為空值的列,需要加上 axis 和 how 兩個參數:

df.dropna(axis=1, how='all')


共移除了14列中的6列,時間也只消耗了85.9秒。

接下來是處理剩餘行中的空值,經過測試,在 DataFrame.replace() 中使用空字符串,要比默認的空值NaN節省一些空間;但對整個CSV文件來說,空列只是多存了一個“,”,所以移除的9800萬 x 6列也只省下了200M的空間。進一步的數據清洗還是在移除無用數據和合並上。

對數據列的丟棄,除無效值和需求規定之外,一些表自身的冗餘列也需要在這個環節清理,比如說表中的流水號是某兩個字段拼接、類型描述等,通過對這些數據的丟棄,新的數據文件大小為4.73GB,足足減少了4.04G!

數據處理

使用 DataFrame.dtypes 可以查看每列的數據類型,Pandas默認可以讀出int和float64,其它的都處理為object,需要轉換格式的一般為日期時間。DataFrame.astype() 方法可對整個DataFrame或某一列進行數據格式轉換,支持Python和NumPy的數據類型。

df['Name'] = df['Name'].astype(np.datetime64)


對數據聚合,我測試了 DataFrame.groupby 和 DataFrame.pivot_table 以及 pandas.merge ,groupby 9800萬行 x 3列的時間為99秒,連接表為26秒,生成透視表的速度更快,僅需5秒。

df.groupby(['NO','TIME','SVID']).count() # 分組fullData = pd.merge(df, trancodeData)[['NO','SVID','TIME','CLASS','TYPE']] # 連接actions = fullData.pivot_table('SVID', columns='TYPE', aggfunc='count') # 透視表


根據透視表生成的交易/查詢比例餅圖:


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將日誌時間加入透視表並輸出每天的交易/查詢比例圖:

total_actions = fullData.pivot_table('SVID', index='TIME', columns='TYPE', aggfunc='count')total_actions.plot(subplots=False, figsize=(18,6), kind='area')



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除此之外,Pandas提供的DataFrame查詢統計功能速度表現也非常優秀,7秒以內就可以查詢生成所有類型為交易的數據子表:

tranData = fullData[fullData['Type'] == 'Transaction']


該子表的大小為 [10250666 rows x 5 columns]。在此已經完成了數據處理的一些基本場景。實驗結果足以說明,在非“>5TB”數據的情況下,Python的表現已經能讓擅長使用統計分析語言的數據分析師遊刃有餘


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