2005年12月，時稱上海東亞足球俱樂部成立，由上海東亞有限公司和上海根寶足球俱樂部基地有限公司共同出資建立。徐根寶擔任公司董事長、俱樂部主席及球隊總教練。俱樂部自東亞時期就非常重視青訓體系建設，培養出了一批上海本土優秀球員。
2006年，球隊首次參加職業聯賽。2007年奪得中國足球乙級聯賽冠軍，成功衝甲。2009年代表上海隊參加全運會男子足球甲組比賽並奪得冠軍。此後東亞集團有意退出。於是徐根寶當年找到朱駿想把球隊和申花合併開價2000萬。但朱駿覺得這幫孩子不值2000萬，拒絕了徐根寶。
由於申花無意合併，為維持球隊運轉，球隊賣出了張琳梵。2012年，東亞衝超成功，申花則成績不佳，朱駿上門，提出要武磊和柏佳駿，被拒。最後經過上海體育局領導協調，柏佳駿和戰怡麟轉會申花，轉會費拖欠了一年。
2012年，頂級聯賽市場已經在恆大拉動下整體成本飛速上漲，徐根寶吃不消了。富力的老闆張力通過楊瀾和吳征夫婦約訪徐根寶，請他幫幫忙，想買武磊。但被拒絕了。到了2013年球隊出路有三種選擇：第一，上港繼續贊助；第二，東亞繼續搞，加大投入；第三，將俱樂部全資轉給上港集團。徐根寶選擇了第三條。
當時有消息稱球隊全資轉讓費用是2億元。徐根寶用了4-5年時間把球隊價值提升了10倍。不知道朱駿當時會不會後悔拒絕了徐根寶。上港接手後在中超聯賽中大筆投入資金，終於在2018年奪得了夢寐以求的冠軍，打破了廣州恆大對中超冠軍的壟斷。武磊也成長為頂級射手並打破了國內球員在頂級聯賽的進球記錄。期待未來幾年上港能繼續保持初心，一往無前。
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