董卓進京後，聽說蔡邕很有才學，派人去請蔡邕。蔡邕不願在董卓手下做官，婉言謝絕。董卓大為生氣，再派人去威脅蔡邕：“你如果不出來，當心要滅你的九族！”
蔡邕害怕了，只得應命而來。董卓見了他，很高興。在一個月之內，連升三次官，拜為侍中。
王允設計殺死董卓及其黨羽後，一面犒賞軍士，一面設宴招待百官，以示慶賀。大家都很高興，獨有蔡邕唉聲嘆氣，表現得異常傷痛。
王允站起來，氣憤地呵斥蔡邕：“董卓逆賊，今日伏誅，國家的大幸。你是漢臣，卻不為國家慶賀，反為董賊哀傷，是何道理？”
蔡邕慌忙伏地請罪道：“邕豈肯背國而向卓？只因一時知遇之恩，不免為之哀痛。自知罪大，請讓我續成漢史，來贖我的罪過吧。”眾官愛惜蔡邕的才學，都勸王允寬恕他。
王允沉吟不語。太傅馬日磾低聲說：“蔡邕很有才氣。如果讓他寫完漢史，也是大好事。況且他孝行素著，倘若殺害他，恐世人望。”
王允道：“如今國運衰微，朝政錯亂，如果讓他續成漢史，我們將會受到誹謗的。”
馬日磾退回坐席，悄悄對左右兩位文官說：“王允這樣做是沒有好結果的。殺害無辜的人，廢除國史的編寫，能長治久安嗎？”
王允不聽眾人勸告，下令逮捕蔡邕，投入獄中。不久，蔡邕被處死。眾官都暗暗替蔡邕可惜。
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