地方政府隱性債務來源之一是棚戶區改造不合理的籌資所致。在防風險攻堅戰下，中央大力遏制隱性債務增長，並要求地方用5~10年化解存量隱性債務，而新開工棚戶區融資方式也將規範。
近期中央相關部門要求地方申報2019年棚戶區改造計劃時，要求各省市嚴格評估財政承受能力，證明所提的任務計劃在其財政可承受能力範圍之內，堅決遏制隱性債務增量。而對新開工的棚改項目，不得以政府購買服務名義實施建設工程或變相舉債，明確政府融資的，應當依法通過發行地方政府債券來解決。
國家發改委PPP專家張宇表示，目前棚戶區改造多數都是通過政府購買服務方式來籌資，此次叫停了這一模式影響很大，而採用地方政府債券來融資主要目的是遏制隱性債務規模的增加。不過由於棚戶區改造專項債券籌資規模有限，因此完成棚改任務還得依靠其他模式提供資金。
地方政府隱性債務規模大、增長過快引起了高層警惕。從去年5月開始，財政部等部委發文嚴禁通過政府融資平臺公司、政府和社會資本合作（PPP）模式、政府購買服務方式變相舉債，遏制隱性債務規模增長。
根據此前多地披露的隱性債務構成情況，棚戶區改造貸款是重要組成部分。
比如青海省黃南藏族自治州政府公佈的《關於化解政府隱性債務的通知》中，截至今年5月底，當地隱性債務（銀行貸款）規模達24.18億元，棚戶區改造項目貸款佔了近三成。山東省濟南市長清區政府公佈的數據顯示，長清區政府隱性債務4.94億元全部為棚戶區改造銀行貸款。另外44.58億元的當地有關部門、街道形成的政府債務及支出責任中，也主要是棚戶區改造形成的債務。
張宇估算，棚戶區改造九成資金籌集是通過政府購買服務方式。對政府和城投公司而言，棚改購買服務貸款是其除地方政府債券、PPP和城投流動資金貸款之外，唯一可以將資金用於拆遷的方式，而棚改的啟點就是拆遷，沒有拆遷就沒有棚改，因此這也是地方政府和城投公司熱衷利用棚改購買服務貸款解決拆遷資金來源的有效方式。
然而這一方式最終因違反了相關法律核心內容，帶來隱性債務增長，最終被叫停。
早在去年5月，財政部公佈的《關於堅決制止地方以政府購買服務名義違法違規融資的通知》中，明確不得將原材料、燃料、設備、產品等貨物，以及建築物和構築物的新建、改建、擴建及其相關的裝修、拆除、修繕等建設工程作為政府購買服務項目。不過也同時稱黨中央、國務院統一部署的棚戶區改造、易地扶貧搬遷工作中涉及的政府購買服務事項，按照相關規定執行。
雖然上述規定當時給棚戶區改造政府購買服務還留有餘地，但隨著隱性債務治理不斷升級提速，且今年財政部鼓勵地方試點發行地方政府棚戶區改造專項債券，自求棚改項目收益與融資自平衡，棚戶區改造未來融資模式轉向了更為規範和市場化的地方政府棚戶區改造專項債券。
今年不少地方成功發行棚戶區改造專項債券。比如山東成功發行5年期棚戶區改造專項債券482.96億元，覆蓋除青島以外的16個設區市。
山東省住建廳稱，2018年，國家首次試點發行地方政府棚戶區改造專項債券，專門解決棚戶區改造資金缺口問題，有利於規範棚改融資行為，遏制政府隱性債務增量，防範政府債務風險，充分發揮政府規範適度舉債改善群眾住房條件的積極作用。棚戶區改造專項債券納入地方政府債券限額和政府性基金預算管理,有利於建立棚改專項債與項目資產、收益相對應的長效機制,為棚戶區改造重大民生工程提供重要資金支持，將是今後政府實施棚改重要的融資途徑。
來自地方政府網站披露的信息顯示，10月25日，住建部副部長倪虹曾在北京主持召開部分省市座談會，研究2019 年棚改政策，安徽、江西、山東、四川、貴州五省和各省1個城市代表參會。會議提出，棚改要更好體現住房居住屬性，要切實把這件好事辦好。要切實落實好棚改工作的配套支持政策，保持中央財政資金補助水平不降低，有序加大地方政府棚改專項債券發行力度，同時對新開工棚改項目抓緊研究出臺金融敆持政策，要嚴格把好棚改範圍和標準。
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