第一個：柱間交給佐助的忍術
在動漫後期，斑擺脫穢土轉生的控制之後，其實力已經接近於無敵。當時初代火影和二代火影都被控制的無法行動。而這個時候，佐助來到戰場，準備去迎戰斑。此時，柱間叫住了佐助。
柱間叫住佐助並給了佐助一個術，在劇情中，柱間並沒有表明此術是何種忍術。而佐助最終也沒能用處此術。因為佐助在對陣斑的時候，被斑近乎秒殺了，直接進入了瀕死狀態。此術到底是什麼術呢？因此成謎。
第二個：千手一族的去向
在柱間和斑的回憶當中，宇智波一族和千手一族雖然一開始是勢不兩立，但是卻在後來一同創建了木葉村。這樣說來，千手一族和宇智波一族都是創始家族，應該都會留在村子裡。
但是，在火影后來的劇情中，只提到了宇智波一族而沒有提到千手一族。宇智波一族被鼬等人滅族也算是一種交代，但是千手一族的去向就成了謎。如此龐大的家族理應不會平白無故消失才對。
第三個：蠍的最後一個卷軸
蠍作為一個天才傀儡師，其生命中的最後一戰是明顯防水的。在此戰役中，蠍一共用了三種卷軸，第三個卷軸就是“百機抄演',這個忍術可是曾滅掉一整個國家，而第四個卷軸肯定更是無敵才對。但是卻因為防水死去。
因此蠍的最後一個卷軸也成了謎，蠍已死，相信在《博人傳》中這個坑也填不上了。難道，此卷軸是“傀儡使用說明書”？
第四個：穢土轉生的bug
在劇情中，“穢土轉生”雖然非常厲害，但是卻也有致命的BUG，例如鼬的萬花筒，明明被佐助已經挖了去了，但是卻穢土轉生之後依舊能使用萬花筒，眼睛彷彿還在。然而，斑穢土轉生之後，卻沒有了輪迴眼，還要和帶土搶。這就非常矛盾了。
第五個：鼬的神器
還有個坑就是鼬的神器了，鼬的十拳劍和八尺鏡都是神器，非常強大。在劇情中，也是說過兩件神器在鼬的眼中。但是佐助卻沒能繼承兩件神器。這兩件神器也就下落不不明瞭。
這五個坑至今沒能填上，然而火影卻已經完結了。估計也很難再填起來了，畢竟一些角色已經死去。現在也是沒人能回答的上來了（除了岸本之外？)。
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