前言：日益衰敗的德川幕府——組內肅清的大歷史背景
1.拋妻棄家上京都——伊東甲子太郎加盟新選組
2.淚別紅顏笑赴死——總長山南敬助切腹
3.突然暴死的三番隊長——谷氏三兄弟略歷
4.武田觀柳齋被殺的真相
5.五十兩金丟失疑案——冤死的勘定方河合耆三郎
6.殺人之夫而愛人之妻——松原忠司的不幸遭遇
7.其他一些被肅清的隊士
8.悽風血雨油小路——御陵衛士的結成和覆亡
日益衰敗的德川幕府——組內肅清的大歷史背景
禁門之變後的元治元年秋，受京都守護職會津侯松平容保之命東下江戶的近藤勇命藤堂平助到關東發展新隊士，藤堂成功說服了伊東甲子太郎武明，鈴木三樹三郎中良兄弟等人加入新選組。
但是，誰也不會想到，這卻埋下了後來油小路騷動的禍根。
另一方面，朝廷為追究長州藩火焚禁裡的責任，命幕府追討長藩，第一次長州征伐爆發，在戰爭開始的前夜，長州藩命對禁門之變負有主要責任的三家老被命切腹，而向幕府恭順。
不久，長州藩正義派在高杉晉作等人領導下發動政變。將木京梨藤太等操縱藩政的俗論黨一派趕下了臺。名義上恭順幕府，實際繼續謀劃反幕鬥爭，慶應元年五月，十四代將軍德川家茂再次上洛入大坂，謀攻長州，但薩摩為代表的雄藩堅決反對，家茂命永井尚志和小笠原長行兩次下長查問，近藤，伊東等亦隨焉。
本抱勤王之志的伊東甲子太郎，在兩次下長期間內看到了幕府的日益衰微以及新選組的真面目，在此時在他心中已經逐漸形成了脫隊的論理。
調查結果，長州仍然內貯軍備以抗天威，幕府乃決意再戰，慶應元年十一月七日，紀州德川茂承被命為徵長總督，丹後宮津藩主（本莊）松平宗秀為副總督，動員彥根以下二十一藩兵力準備進兵防長。
此時在坂本龍馬的竭力奔走下，慶應二年正月自八一八政變以來一度水火不容的薩長兩藩秘密達成了攻守同盟協定。長州通過薩摩和坂本的海援隊，購入線膛來復槍米涅槍四千三百挺，蓋貝爾後期型三千挺，一舉實行了藩軍備的近代化。名軍事家大村益次郎廢除封建的舊軍事制度，進行近代化的軍制改革。使長州軍的戰鬥力產生了質的轉變。
慶應二年六月，幕府軍四路逼近長州，一路從石見方面攻萩，一路從安藝廣島方向進攻防州的巖國，山口，一路在豐前小倉佈陣，謀渡門司海峽取下關，一路則在幕府海軍的護衛下取屋代島。
幕府大軍壓境。但是長州軍民毫不慌亂，五家（萩藩毛利宗家，德山，清末，長府外加巖國吉川）一心全力迎敵。
六月七日，幕府海軍炮轟屋代島，揭開了長州四境戰爭的序幕。
六月十六日夜，高杉晉作僅以一二百噸級的小艦奇襲停泊在屋代島洋麵的幕府艦隊，幕軍雖有千噸級大艦四艘，卻也落荒而逃。登陸的幕軍竟被兵力相差十倍以下的長軍奇兵隊打退。
六月十四日，藝州口戰役爆發，長軍一千獨抗三倍於已的幕府軍。
幕府軍裝備完全不能和長軍相比，幕府軍鐵炮隊裝備的不是戰國時代的火繩槍，就是沒有來復線的舊式蓋貝爾，射速是米涅槍的五倍以下，射程低一半以上，射擊精度更加不能比。而參加作戰的彥根藩兵，居然動用了祖宗井伊直政，直孝公以來三百年沒有動用過的赤備騎兵。徵長副總督松平宗秀概嘆“防長之徒使全體農夫盡皆使用米涅，蓋貝爾槍”，深感幕府軍備不修，武器落後。稱“如是，槍隊雖眾亦等於無。”
結果戰局可想而知，幸好幕軍號稱精銳的傳習步兵隊壓陣，才勉強和長軍戰成平手。
石見方面，大村益次郎指揮的長軍游擊隊七百獨戰大舉來襲的幕軍五千，長軍利用幕軍身著甲冑行動不便的特點，利用地形和幕軍展開了巧妙的游擊戰，幕軍疲於應付，連連敗退。七月十八日，幕軍火燒石見浜田城，逃往出雲松江方向。
六月十七日，高杉晉作，山縣有朋指揮的以奇兵隊為中心的二千長軍渡過門司海峽，直插豐前小倉，熊本細川，久留米有馬等外樣諸藩參戰者不願力戰，沿岸的幕軍陣地一一被陷，幕府大小船隻被燒百餘艘。七月二十九日，小倉口幕軍總指揮小笠原長行逃向小倉，戰至八月一日，幕軍只得放棄小倉逃向豐前山中。
至此，除藝州口戰平以外，長州在其他戰場上取得了決定性的勝利，自毛利元就以來三百年雄踞西國的長州毛利氏，仍然屹立在防長的土地上。幕府威信頓時掃地。
公武合體派的幕後支持者孝明天皇，早在慶應元年末駕崩，年幼的明治天皇登位。將軍家茂連接敗報，急火攻心，七月二十日病死大坂，年二十一。一橋慶喜繼任十五代將軍，八月末，經過朝廷調解，徵長之戰結束，幕府扳起石頭砸自己的腳。一舉把自己推到了瀕於崩潰的境地。在中岡慎太郎等人的活動之下，西鄉隆盛，大久保一藏等人和巖倉具視，中山忠能等公卿聯手積極進行討幕準備。
幕府江河日下，伊東甲子太郎見機舉事，決意脫離新選組，最後，伊東及其黨羽以組成孝明天皇御陵衛士的名義集體脫隊，另立門戶，因為其屯所在京都東山高臺寺的月真院，故也名高臺寺黨。
慶應三年六月九日，坂本龍馬和後藤象二郎在從長崎出港的土佐藩船“夕顏”中會面，坂本提出“船中八策”，指出只有德川家奉還大政，積極開國推行公議政治才是避免戰爭和救國之道，後藤大為感嘆，在他的策動下，山內容堂於十月三日向慶喜提出大政奉還的建議。
十月十三日，慶喜召集各藩在二條城為此事進行評議，最後，慶喜終於作出了大政奉還的英斷。
坂本龍馬準備萬一慶喜拒絕大政奉還，為避免全面內戰的發生，以自己為犧牲，率海援隊士入城殺死慶喜。大政奉還的消息傳來，龍馬不禁高興地哭泣：
“將軍家終於體察到了在下的心情，終於作出了英明的決斷，作出了英明的決斷。”
“慶喜公萬一有事，在下將以生命保護之，以感謝他為天下萬民做出的公正的處斷！”
但是三天後，他和同志中岡慎太郎，就在京都河原町的近江屋被幕府見回組暗害......
三天後，高臺寺黨的頭目伊東甲子太郎被近藤勇誘殺於油小路，並藉機伏擊了前來的高臺寺黨徒，是為油小路事件，是慶應年間新選組一系列內部肅清的最高潮。
壬生新選組舊屯所的附近的光緣寺，同新選有關聯的墓共有一排三基。
右：（山南敬助），（河合耆三郎），（施山多喜人），（石川三郎）
中間：大石造酒藏
左：（松原忠司），櫻井勇之進，（小川信太郎），市川鐮吉，（田內知），（田中寅藏），加藤熊，矢口健一，（佐野七五三之介），（中村五郎），（茨木司），（富川十郎）等人。
另外該寺過去帳中還有（野口健司），（葛山武八郎），（谷三十郎），（藤堂平助），（服部武雄），（毛內監物），（伊東甲子太郎），家川延吉，大石良輔九人之名。
以上打括號的隊士，都屬於因各種理由被肅清者，據永倉新八〈同志連名記〉和古賀茂作《新選組隊士總覽》，這個人數大概到三十九名左右。
從浪士隊結成當初的殿內家裡一派肅清，到新選組結成初期的芹澤新見派肅清。一直到油小路事件，可以說新選的歷史就是肅清的歷史。友人伊東紫鈴香殿曾雲：“新選內部每一次大的肅清，就是新選組歷史新的一個部分的開始。”是的，芹澤鴨的死標誌著近藤、土方的抬頭，那麼慶應年間新選組的“大肅清時代”，就標誌著壬生狼和日暮西山的德川幕府一樣，走向了滅亡的命運。
拋妻棄家上京都——伊東甲子太郎加盟新選組
伊東甲子太郎，天保六年生於常陸，本姓鈴木，名武明，其父是為志築本堂藩的鄉目付，伊東是家中的長子，幼年父親得罪了藩家老而被流放，伊東只能寄住在祖母方的櫻井家，和弟弟鈴木三樹三郎一齊在當地的的寺子屋接受教育。稍長師於水戶金子健四郎學神道無念流，後又入北辰一刀流伊東精一的道場習武。師父後他受遺命做了伊東家的婿養子繼承伊東家名。改姓伊東而成為道場的若先生。他是長於文武兩道的武人，工於和歌，有《殘置言之葉草》一卷存世。因為其家鄉在常州，自然在思想上受國學和後期水戶學相當大的影響，在政治立場上不可避免地成為激進的尊王論者，性格正直溫厚。沒有照片遺世，從畫像上看，確是身長膚白的偉丈夫。
元治元年十月五日，前尾張藩主德川慶勝被正式定為徵長總督，朝廷欲以將軍家茂上京親征，守護職會津侯松平容保遂命近藤勇以陪臣身份江戶參府，將情勢達於幕閣。兩個月前藤堂平助受近藤勇的內命——“西國浪人風氣柔惰不足用，當徵東國之同志來京共事”而先行出發。藤堂第一個想到的就是舊友伊東。
然而藤堂自己為什麼會做出這個選擇，是有自己的算盤的。
新選組雖是佐幕派第一等的武鬥集團。但是這並不代表隊士個個都持佐幕思想，不少隊士入隊的理由不過是為了維持京都治安——換言之就是剿除使睿慮不安的逆賊罷了。不管怎麼講還是為了勤王，對於事幕他們市毫沒有興趣，更對近藤的佐幕傾向大為不滿，再加上對近藤土方專權的嫉恨，想搞倒二人的隊士大有人在。藤堂平助宜虎就是其中一個人。
藤堂是近藤試衛館時代的舊部，從名字上看似乎和伊勢津藩的藤堂氏有關係，事實的確有藩主藤堂和泉守落胤的說法（雜話，如果這個是真的話，他祖宗藤堂高虎是換了七個主君的無節義名人，幕末伏見鳥羽之戰的時候藤堂藩兵也背棄德川家歷代的厚恩倒戈相向，再看看平助自己的所作所為，可見藤堂家整個是一無情義無節操的無賴家族）。他文久三年隨眾上洛以來參加了新選歷次的大活動，是近藤勇手下重鎮之一。
他一見伊東就張開如簧之舌極力勸誘老朋友入隊，什麼好男兒當到京都去幹一番勤王大業啦，新選表面雖是佐幕派，其實是在背後剪除朝廷怨敵的尊王組織啦，說的伊東心花怒放，最後點出正題：
“近來見近藤的態度，他一心作為德川家的爪牙而奔走，全無勤王之意，我想除掉近藤擁立貴殿為隊長，將當組改建成純粹的勤王組織。”
伊東同藤堂一拍即合，九月近藤來江戶，他又與近藤討論尊攘之事，並同同志篠原泰之進，弟弟鈴木三樹三郎等商量此事，終於決定上洛，同時入組的還有加納道之助，服部武雄，佐野七五三之介，內海次郎，中島登（隨便一提，這個中島後來倒是跟著新選主力轉戰奧羽箱館，最後活到了明治時代，為紀念新選組死去的隊士們而作畫象留世，現存28張）等人。十月十五日，伊東等二十八名新參隊士從江戶出發，伊東於此時正式將通稱改為甲子太郎。於十一月初抵洛。
此時，伊東在江戶的妻子聽說新選組的種種暴行，大驚，心知夫君徜若參加這種組織，定將性命不保。急忙以“母病危速歸”的理由將伊東召回江戶，伊東一回來，卻見高堂好好的，問於妻子，妻子具以實告。伊東勃然大怒：
“我這此上京是為了報國，早已不計身命，你為自己的私情捏造這種消息騙我回來，真是不賢之至，我還要你何用。”於是當即表明和妻子脫離關係而回京了。
也許從伊東入隊的那一刻起，他人生的悲劇就開始了吧。
第二年慶應元年在山南敬助自決後，新選組進行了大改編。
總長：近藤勇
副長，土方歲三
參謀：伊東甲子太郎
組長（依次為一到十番，一組轄平隊士十人）
沖田總司
永倉新八
齋藤 一
松原忠司
武田觀柳齋
井上源三郎
谷 三十郎
藤堂平助
鈴木三樹三郎
原田 左之助
伍長（一組有伍長二人）
島田魁，川島勝司，林信太郎，奧澤榮助，前野五郎，阿部十郎，葛山武八郎，伊東鐵五郎，近藤芳助，久米部正親，加納道之助，中西升，小原幸造，富山彌兵衛，中村小三郎，池田小太郎，橋本皆助，茨木司，他二名
諸士取調役，督察：篠原泰之進，山崎丞，新井忠雄，蘆谷升，尾形俊太郎
勘定方：河合耆三郎
下列為各文武學藝的師範
劍術：沖田總司，池田小太郎，永倉新八，田中寅藏，新井忠雄，吉村貫一郎，齋藤一
柔術：篠原泰之進，松原忠司，梁田佐太郎
文學：伊東甲子太郎，尾形俊太郎，毛內監物，武田觀柳齋，斯波雄藏
炮術：清原清，阿部十郎
馬術：安富才助
槍術：谷三十郎
由此可見，伊東一黨中，他本人基本獲得了和死去的山南相當的位置，黨羽加納，篠原，服部，中西諸人皆被拔為幹部。伊東黨和近藤，土方黨對決的構圖基本形成。
淚別紅顏笑赴死——總長山南敬助切腹
山南敬助，名知信，通說仙台伊達脫藩。但是仙台藩的武士名簿中並無此人。故其出身實為可疑。
生於天保五年，同近藤勇同年，是北辰一刀流免許皆傳的劍道達人。但後來又再入近藤勇的天然理心流師門，文久元年八月二十九日參加了近藤勇的天然理心流四代目披露野試合，同沖田總司同為試衛館的準師範代，可謂是近藤自試衛館時代以來的譜代重鎮。在組內的人望，武術，學問都是一等地高。據說在隨浪士隊上京時他心情澎湃，曾作詩一首；
牢落天涯志不空
盡忠今有一刀中
何妨萬里艱險路
早向皇州好建功
不過他的性格也是相當的剛烈，上洛時，浪士隊六番隊長村上俊五郎對近藤黨人態度不恭，於是和山南發生爭執，若非山岡鐵舟等人努力調解，村上幾被殺死。在小說漫畫中山南多以溫厚的形象出現，他性格的這一面大概不為人知吧。
浪士隊分裂後，山南隨近藤，芹澤一派留洛，第一次編成時同土方歲三同擔副長職務。按常理他應該在自己的本職工作上能有所成就，但是他除了參加過芹澤黨肅清及大坂角力取毆鬥事件外沒有其他的更多事蹟，池田屋事件，禁門之變幾次對新選來說非常重大的事件，都看不到山南的身影。
山南的受冷落是有其原因的，首先雖然山南是近藤黨的譜代舊參，但是論親密畢竟不能和從小和近藤混大的土方歲三比，所以近藤會重用何人，自不必說。另外由於土方作為近藤的首輔，勞苦功高，就象豐臣秀吉從小培養，戰功累累的加藤清正看不起藥商家庭出身，只會耍陰謀詭計的小西行長一樣。土方非常鄙視無功而身居高位的山南敬助。山南也認為土方奸佞媚主，對之咬牙切齒，兩人矛盾越來越深。
另外，山南也並非佐幕論者，他對近藤奉行的佐幕政策也頗有微詞，伊東甲子太郎入隊後，二人共同的理想使山南與其一見如故。更使近藤對山南的猜疑日深，終於，西本願寺本陣遷移成為了二人決裂的導火線。
近藤之所以選擇西本願寺為新屯所有兩個原因，其一，自關東新隊士入隊後，壬生屯所地面便顯狹小，而作為真宗本願寺派的全國總本山西本願寺，堂塔眾多房間寬闊，適合屯住大隊人馬。另外西本願寺據說和長州尊攘派過往頗密，禁門之變的時候也有長州潰兵逃入寺中躲藏，近藤覺得有對其進行調查的必要。
但是山南認為近藤“名為屯所轉換，實為藉機探察西本願寺的動靜，更兼向僧人示以暴力，這真是卑劣的行徑。”而近藤根本不把山南的意見當回事，山南的怒火一下子爆發了。
“我負有副長的責任，您卻不能納我一言，這全是土方的奸媚所致！”
不久......
新選組辭退之儀
副長有間敷儀與覺候得共，新選組最近之成和承服仕兼間敷覺侯條，右辭退之儀申上候而，江戶歸住奉條殘候事
山南敬助
以上是慶應二年二月二十一日，山南在出走之前留下的辭職懇願書。他一個人離開了屯所，出奔到九霄雲外去了。
近藤急命沖田總司快馬將山南追回，沖田在京都東二十公里的近江大津追到了山南，把他帶回了屯所。軟禁在前川邸。
伊東甲子太郎和永倉新八先後來探望山南，他們知道山南處境非常危險，勸他再次逃走，山南已經做好了最壞的打算，謝絕了二人的好意。
不久，近藤勇，土方歲三，沖田總司和齋藤一陸續到達前川邸。在山南之前列坐，近藤便說:
“貴殿的行為已經違反了局中法度，依法你應割腹自咎。”
山南毫髮不驚，慷慨道：
“這沒有什麼困難的。”
山南馬上要切腹的消息一傳出，壬生屯所的房東八木源之丞急忙和當時還是個少年的八木為三郎老人去島原去尋找平時和山南交情最深的藝妓明裡。將她帶到了前川邸。
明裡敲著移門的格子，高聲喊道：“山南先生！山南先生！”
移門的帳子拉開了，只見山南端坐正中，面色發青，淚眼朦朧，二人相顧無言，惟有淚千行，旁人沒有一個不落淚的。
不久，島原的人和新選組隊士硬是把悲傷欲絕的明裡生生架走，帳子也啪地一下合上了。
為三郎呆呆地看著窗子，直到日暮西山，當到應該上燈的時候，父親源之丞從島原回來了。
“父親，山南先生......”
源之丞長嘆一口氣：
“他已經切腹了......。”
據永倉新八的回憶，當切腹的時辰來臨時，山南既然和明裡死別，覺得了無牽掛，乃悽然一笑：
“可以安心地去了。”
他拔出脅差，在腹中橫拉一刀，再返刀豎切為十文字狀。這種切腹方法也稱無念腹，是因為蒙冤不服時所作的切腹方法。這時，土方歲三進入房中，山南笑道
“來晚了，九尾狐”
話音剛落，擔任介錯的摯友沖田總司刀光一閃，山南的首級咚地一下砸在地板上。近藤不禁感嘆道。
“壯哉，和大石內藏助臨終時一般無二！”
一個月後，沖田總司在給佐藤彥五郎的信中，報告了山南的死訊：
“段段御溫情下之山南兄，已於上月二十一日過世......”
沖田總司對好友的死非常哀痛，但顧於近藤的關係，他也只能用這種方法了寄託哀思。伊東也非常傷心，乃詠歌四首吊之
＊「春風に 吹き誘われて 山桜 ちりてぞ人に おしまるるかな」＊
＊「吹風に しぼまんよりも 山桜ちりて後なき 花ぞいさまし」＊
＊「皇の 守りともなれ 黒髪の 亂れたる世に 死ぬる身なれば」＊
＊「雨風に よしさらすとも いとうべき 常に涙の 袖をしぼれば」＊
山南敬助可以說是近藤，土方專斷隊務路線下的第一個犧牲品，但是他的死並沒有觸動近藤，只是慶應年間新選組內部肅清的一個前奏罷了。
突然暴死的三番隊長——谷氏三兄弟略歷
谷三十郎，新選組七番隊長，備中松山板倉藩士，因為觸怒藩主而被流放，他和兄弟谷萬太郎，谷昌武三人來到大坂開設道場。他在文久三年新選組創立伊始時入隊，因長於槍術，不久則被拔為副長助勤，其末弟谷昌武有舊主板倉侯落胤的說法，近藤聞之便收為養子，即近藤周平。他們二人在池田屋襲擊時隨近藤一番突入池田屋而立下功名。
第一次長州征伐以後，原來寄住在長州藩的勤王浪人見形勢不妙盡皆四散，其中土佐勤王黨的大利鼎吉，浜田辰彌（即田中光顯），橋本鐵豬（大橋慎三）等人潛入大坂，寄住在大坂南瓦町的同黨本多大內藏（化名石藏屋政右衛門）的店鋪裡，他們圖謀在大坂縱火，乘亂奪取大坂城以為勤王基地。但是他們的密謀被備中浪士谷川辰吉所知，他將情報報告給了當時留守在大坂谷家道場的谷萬太郎。
萬太郎召集門人正木直太郎，高野十郎，再把在京的哥哥三十郎找來，於慶應元年正月八日襲擊大利等人的住處。當時宅中只有大利鼎吉和本多大內藏二人，本多見形勢不妙連忙逃走了，大利拔刀應戰，斬傷了三十郎的腳和正木直太郎的手腕。但終因寡不敵眾而被殺。維新以後明治政府贈大利為正五位上。
二日後，谷萬太郎和正木直太郎二人聯名寫信給近藤勇報告了事件的情況，近藤急忙派人搜捕其同黨，但是他們早已逃往大和十津川方向了。
此後，近藤勇在大坂下寺町萬福寺設立大坂分屯所，以萬太郎為隊長，轄隊士二十餘人，負責大坂方面的警備工作。
谷三兄弟仗著和近藤的關係和幾次搜捕勤王黨的大功，一時在隊內驕橫一時，但是田內知切腹事件讓谷三十郎名聲一時大損。
田內知出身何藩不明，是近藤下江戶招募的新隊士之一。他在八條村附近租了間房給他的情人住，但他的情人竟和水戶藩士某通姦，慶應二年三月的一天，她正和那水戶藩士飲酒作樂，不巧田內過來了，她只好讓那水戶藩士先躲起來，但是田內發現了桌上的酒餚，頓時知道發生了什麼事，大聲盤問那女人有誰來過了，這時那水戶藩士突然殺出，先一刀斬傷了田內的肩部，再返刀傷其足，拉著那女人逃走了。
田內無法，只能託人去通報隊部，不久兩三個隊士趕來用駕籠把他抬回了屯所，最終，田內以“士道不覺悟”的罪名不得不引咎切腹。為他介錯的正是谷三十郎。
三十郎介錯的第一刀斬落了田內的一塊頭皮，第二刀斬傷了他的下巴，都沒有砍到致命的部位，在旁邊的齋藤一實在看不下去，只得代勞斬落了田內的首級。
一個月後，四月一日，三十郎暴死在祗園石段下的街頭，人莫知其死因。作家子母澤寬在《新選組物語》中引用篠原泰之進子泰親的說法，稱是近藤指使齋藤一所為，但是並沒有決定性的史料證實這個說法，依筆者的看法三十郎或許是被勤王浪人暗殺了也說不定啊。
至於谷萬太郎，明治以後還在大坂經營道場，兼為商人做保鏢，明治十九年六月沒，年五十一。
近藤勇的不肖養子近藤周平呢，池田屋事件以後就沒有什麼突出事蹟了，慶應元年局內建制改編時被列為平隊士，慶應四年伏見鳥羽之戰後一度失蹤。維新以後曾經來到武州多摩近藤勇的故鄉探訪養父的家屬，晚年在山陽電鐵擔任下級職員，明治三十四年十二月病死，年五十三。他們兩位比起長兄來，無疑是非常幸運的。
武田觀柳齋被殺的真相
曾經在新選組內炙手可熱的軍師人物——六番隊長武田觀柳齋，最後死在了齋藤一的手裡。
武田觀柳齋，出雲人氏，家業本是行醫。他則是新選組最早的一批隊士之一。因為他曾經學習過長沼流軍學，所以被當作隊裡唯一的軍師受到重用。自他入隊後，其每月二三次離開駐地，對平隊士進行訓練指導，在訓練之時有資格騎馬的除了他就是近藤勇，這大大增加了他的傲氣，他對普通隊士的態度也非常惡劣，有時在近藤面前也拿架子。隊內凡是提起他，都沒有什麼好口碑。
但是他的地位仍舊不動，這主要是歸功於他修習的長沼流軍學。
長沼流軍學是長沼澹齋在寬文年間所創的一集和漢軍事思想之大成的軍學門派。早在天明八年，會津藩就將該流軍學列入藩士人人必須修習的藩校課程中。眾所周知新選組是在會津藩主京都守護職松平容保的節制之下，所以他們自然也非常重視該流軍學。
長沼流軍學到底算是怎麼樣的一種兵法呢？我們就從其經典《兵要錄》中第六卷練兵二一章中鐵炮隊的編成法入手，以一角知之全貌。
“銃隊編法有二等，一等之法，以銃手五人為一伍，以騎士一名為伍長......或以五伍為一隊，十伍為一隊，組頭一名，謂之銃頭，即俗名之鐵炮大將是也，以武功之士任之。”
“銃頭指揮伍長，伍長則驅使諸銃手，行軍時則以伍長為前驅，率銃手五人先行，臨陣則以銃手五人單列一排，伍長在後指揮。”
“弓手之編法同於銃隊，數佔全隊三分之一。”
“另一等編法以銃手或為三伍，或為四伍為一隊。伍長或為二名，或為三名，以銃手中技藝精熟之人任之，俗名之小頭是也。”
“銃頭一名，以武功之士任之。”
“弓手之編法同於銃隊，數佔全隊三分之一。”
從中可見，其鐵炮隊或以六人（鐵炮五，騎兵一）為基本單位，由一個隊長指揮五個單位（30人），或十五個單位（90人），也可以15——20人為一隊，以一隊長指揮。根據實際情況靈活運用。
尤其值得注意的是其一支鐵炮隊中三分之一是弓兵，這種混編方法被稱為“弓，鐵炮隊”，由此可見，長沼流軍學是典型的中世軍事學。
天文十八年四月織田信長和岳父齋藤道三初會善德寺的時候，信長隨身的五百鐵炮隊，正確的說一半是弓兵隊。
豐臣秀吉侵略朝鮮的時候，先以弓，鐵炮隊混編隊行於騎兵隊前面，當部隊和敵軍先陣相距數町時，以鐵炮隊成二列橫隊輪換對敵射擊，當敵軍進入弓箭有效打擊範圍內時弓隊也接上和鐵炮隊一起射敵。來彌補鐵炮打火裝彈間的時間差。當敵軍衝到陣前，弓，鐵炮隊左右散開，中間的長槍隊向前突入，騎兵再乘機突擊敵軍，這是當時日軍作戰的一種普遍形式。
這種作戰方法在後來的關原會戰，大坂兩陣裡也被普遍運用到，長沼流軍學正是那個時代軍事思想的產物。但是正如素名精銳的井伊赤備在第二次徵長之役藝州口戰鬥中折戟沉沙一樣，到了近代，這些中世紀的軍學戰術自然要被滾滾的歷史洪流淘汰。
要提到日本近代最早一批學習西洋炮術的人，肯定不能漏下高島秋帆這個名字，其父是有名的炮術家高島四郎兵衛，秋帆是長崎町年寄，有權出入出島荷蘭商館，所以他能夠有機會接觸到最新式的西洋炮術。天保二年他師從荷蘭商館館長師習西洋炮術。併購入十六磅莫魯澤魯炮一門，玻瓦伊斯魯炮一門，蓋貝爾槍一百三十五支，以及槍械製造機械技術書籍，進行洋式炮術的研究。
日本自戰國時代以來運用的繆斯凱特火繩槍天氣適應性差，一旦碰見陰溼天氣就難以正常運用。而蓋貝爾槍是打火石擊發的滑膛槍，天氣適應性大大優於火繩槍，射程是舊式火繩槍的兩倍以上，並且可以安裝刺刀，解決了鐵炮隊近戰不利的問題。
天保十三年五月九日，高島秋帆受幕府邀請在江戶赤冢的德丸原進行槍炮作戰的演習，據早稻田大學所藏的繪圖看，其一隊分四組，每個分組又分二列，輪流射擊。射擊時前排半跪射擊，後列直立，槍身靠在左肩，並上刺刀。這與長沼流軍學的那種弓鐵混合，指揮複雜的中世紀軍學相比，其威力差距有如成人和幼兒之比。尤其是第二次徵長之役，面對使用先進的來復槍，巧妙的游擊戰術的長州軍，幕府諸藩軍一敗塗地。所以在慶應三年，幕府最終聘請了法國軍事顧問團來傳習陸軍技術，他們訓練出來的幕府傳習步兵隊是幕府最精銳的陸軍部隊，是後來戊辰內戰中幕府軍的絕對主力。
新選組也意識到武田的舊式軍學已經不能滿足於新形勢下的需要了。於是他在隊內的影響力大大降低，於是他只能改投在伊東武明一派門下，但是伊東也知道這人的素性，不去理他。於是在隊內地位全失的武田只能另謀出路，於是他開始密通薩摩藩。
眾所周知，慶應二年一月二十一日在坂本龍馬等人的努力下薩長已經秘密訂立了盟約。薩摩徹底從公武合體派變成了討幕派，所以對於新選來說，武田的行為已經構成了通敵罪。但是，紙是包不住火的。
在慶應二年九月一個月黑風高的夜晚，著名男色家武田的前BL對象，有美青年隊士之名的馬越三郎奉近藤勇的命令去誓願寺辦事。在回來的路上經過京都薩摩藩邸的邊門，他看見一個戴黑頭巾的人從裡面竄了出來，他仔細一看，竟然發現他就是武田觀柳齋。馬越見事態可疑，就慢慢跟在武田的後面，發現他在路邊酒店喝了些酒便走回駐地去了。馬越連忙趕在他前面回到駐地把事情報告給了近藤勇。
近藤馬上感覺到武田已經不可靠，準備要除掉他，在當月二十八日，他把武田叫來談話。
“聽說您要離開我們投靠薩摩，這我沒有辦法，無論如何請喝了酒再走吧。”
武田大吃一驚，知道事情不對了，連忙辯說自己對當組忠心無二，出入薩摩那裡是為了打聽情報，近藤沒說什麼，只是讓他喝酒，武田那裡有心情喝酒，於是連忙告退，近藤就讓齋藤一和篠原泰之進兩個護送他去伏見的薩摩藩邸。武田知道這是要除掉自己，但他僥倖地認為篠原是自己的朋友，應該不會拿我怎麼樣，到時合他同力做掉齋藤，於是答應下來。但是近藤早已經對篠原說過：
“武田是圖謀惡逆之徒，我已經安排齋藤誅殺他，你雖然和武田有交情，但我想你應該不會因私廢公。”
篠原也答應了下來，所以武田已經走上了通向陰曹地府的不歸路。
當三人走到賀茂川畔竹田街道的錢取橋前的時候，齋藤突然拔刀，一個大袈裟向武田背後斬去，以動作迅猛劍道強勁的而聞名的齋藤的必殺一擊下，武田一點反應的機會也沒有。篠原上前補了一刀，但未將他殺死，最後還是由齋藤上前完成了最後一擊。並大笑道
“這個只會說大話的傢伙。”
於是，新選組內負責策劃指揮的軍學者就這麼消失了，此後新選組就開始了洋式的軍事訓練，但是因為隊士們長期受舊軍事學的影響，他們對新式訓練非常不適應。於是在伏見鳥羽，甲州勝沼戰爭中。隊內洋式訓練不熟的弊病就完全暴露了出來。
十兩金丟失疑案——冤死的勘定方河合耆三郎
河合耆三郎，出身播州高砂的鹽商家庭。因為想成為武士而入隊。因為商人的家庭背景，故長於算盤帳目之事，一向被用為隊內的會計，他亦粗通武藝，參加了池田屋襲擊，事後得到了十五兩金得褒賞。
慶應二年二月二日，他在工作時發現帳上少了金五十兩，不禁大驚，按照隊法這是掉腦袋的事，他急忙託家人送錢上洛，不巧的是近藤勇時在大坂辦公，眠花宿柳需要用錢，土方歲三便命河合取金，從而發現帳目不對，河合懇求寬限十日，但是十日後錢終歸沒有送到，二月十九日，河合因“私吞公款”而被處死。
據死刑執行人平隊士沼尻小文吾的回憶，是時河合臨刑錢口中反反覆覆地叨唸：“播磨送錢的人已經不會來了......播磨送錢的人已經不會來了......。”死狀極為悽慘。
三日後，河閤家送金的人才感趕到了京都，但是事情已經不能挽回，河合的父親聞此悲報，連忙上洛來到屯所，請見近藤，近藤拒不接見，反命隊士將他趕了回去，河合父親只得大哭而歸。
積善之家必有餘慶，積不善者必有餘殃，近藤勇的遺女瓊子，和近藤的外甥近藤勇五郎結婚，生下了近藤勇惟一的嫡系血脈近藤久太郎，但瓊子終因難產而死，久太郎在日俄戰爭中被徵入伍，浪死遼東，使近藤勇完全絕後。這大概是對積惡太甚的近藤勇冥冥間的報應吧。
河合是商人之子，用度不窘，沒有理由去貪汙公款，並且他性格並不貪婪。故五十兩的丟失我認為大有可疑之處，下面我就對真正的下手人是誰發表一下看法。
據規定，隊中能進勘定方辦公室的隊士身份室有限制的，起碼是副長助勤以上方可入內，那麼可以進入勘定辦公處的人只有總長副長，參謀和各分隊隊長。其中，近藤在大坂，伊東兄弟以及藤堂品行端正，不可能做這種事，土方，沖田，井上，原田四人是近藤親信，也沒有理由去拿錢，齋藤永倉二人基本屬於腦子裡除了一本太刀以外什麼也沒有的人，谷三十郎的末弟就是近藤養子近藤周平，他算是近藤親類，也可以排除嫌疑。松原忠司也是良善之輩。惟一品行不端的只有武田觀柳齋，他對近藤極盡奉承拍馬之能事，背後對一般隊士驕橫跋扈不可一世，又是組內最出名的眾道家，河合據八木為三郎老人的回憶河合也是相貌端正的美男子，估計河合是被武田相中，而他並非男色者，而被武田懷恨在心而暗害了吧。
殺人之夫而愛人之妻——松原忠司的不幸遭遇
幕末社會非常混亂，不但浪人在街頭隨便砍人的事件時有發生。僅僅為一兩句不遜之言殺傷生命的事情也是非常地普遍。
比如在慶應元年夏，一名一橋家的家臣和一名女子在島原住吉社前和新選組某隊士發生口角，最後那一橋家臣竟被殺死。
松原忠司，浪士隊時代入隊的舊隊士，慶應元年改編的時候被任四番隊長。是一名性格正直善良，勇力過人的壯士。文久三年8.18政變的時候，會津藩會同薩摩，澱兩藩守護京都御所禁門。新選組也隨同會津藩參與這個任務。是時，松原手拄長刀，頭扎白缽卷，行於隊列之前，慷慨陳言：
“方今之勢危如累卵，天下有志之士不可不知！”
當時松原威武兇悍的樣子，就和當年武藏坊辯慶一樣。人們便給他起了個“今辯慶”的綽號。
慶應年間某夜，松原去祗園遊玩，同相好的藝人經過四條大橋的時候，一名武士上前斥責道：
“當前國難在即，你卻和藝人醉醺醺地混在一起，象什麼樣子！”
松原當時已經醉了酒，無法做出正常判斷，一怒之下將此人殺死了。
他當夜酒醒以後，對自己的所做所為非常後悔，急忙從死者處搜得死者得姓氏住址，得知他姓安西，住在壬生的天神橫町，他於是將死者的屍體帶到其家中。
這個安西是個貧苦的浪士，家裡除了年輕的妻子以外，還有一個生病的二歲幼兒。松原便說：
“在四條河原我看見他被五六個浪人圍攻，我出手相救已經來不及了，真是非常地對不起。”
松原見那人的妻子非常悲傷，便留下了錢而離開。後來松原經常出入安西家照顧母子二人，還帶孩子去看病，後來那孩子終究病死了，松原為安慰那女子，和她的來往越發密切。不久事情就被土方歲三知道了，他便將松原找來談話。
“因為喜歡別人的妻子，便殺死其丈夫把她據為己有，這是不是武士應該有的行為，我希望你能好好想想。”
松原馬上平伏於地，淚流滿面地說：
“土方先生，在下受您所疑，全因在下之不德，此事在下會妥當處理。真是非常地抱歉。”
然後松原馬上回到住處，拔出脅差意圖自盡，剛好被篠原泰之進看見，篠原大聲喊著：“這可不行。”一邊將他的刀奪下。
松原最後由於“隊務不精勤”的理由被降為平隊士。
慶應二年五月，松原連續兩天沒有歸隊，隊部馬上派人尋找，最後終於在天神橫町的安西宅找到了松原和那女子的屍體。
“......松原用柔術將那女人掐死，自己切腹而亡......”這是八木為三郎老人的回憶當時情況的遺談。
其他一些被肅清的隊士
瀨山瀧人，真田次郎。
此二人是土方歲三下江戶招募的二十名新隊士之一，因和“町家之婦密通”。終遭切腹。
禁門之變後，新選組自認京都安堵無事，鬆懈了鬥志。象近藤，土方等人都在外擁有名為“休息所”的妾宅，白天在屯所道貌岸然地辦公，晚上則在此於美人懷中優哉遊哉。而一般平隊士是不允許外宿的。
近藤勇寵愛島原木津屋的太夫深雪，土方歲三在京坂的花街柳巷裡是有名的主顧。經常收到兩地風塵女子的成打情書，我們從文久三年十一月他寫給故鄉佐藤彥五郎的信中，可以窺見其獵豔戰果之一斑。據其言，京坂兩地“報國有志”的婦人（其實就是被他引上的......嘿嘿）：島原有花君太夫；天神，祗園等地有藝妓三人；北野有名為君菊、小樂的舞妓；大坂新町有若鶴太夫等二三人；新地又有澤山......“筆紙難盡”。沖田總司據說和某町醫的女兒有戀情，並有落胤云云，但是呢，真偽難辨，筆者這裡其一篇幅有限，二資料不足，所以就不作考證了。永倉新八呢，他和島原龜屋的藝妓小常有染，並於慶應三年七月生一女名磯，但小常終難產而死。
維新以後，永倉歸參舊屬松前藩，入嗣藩醫杉村家，改名杉村義衛，遊歷京坂各故地，奇蹟地和女兒再會，其時她已經是藝名為尾上小龜的著名女優了。
言歸正傳，隊中高級幹部生活放縱，嚴重影響了隊士的士氣和戰鬥力，並且加深了一般隊士和幹部的對立矛盾，給了伊東黨分裂謀逆的可乘之機。松本良順（幕府官醫，在幕府傳習軍醫時就學於荷蘭軍醫學家彭貝門下，是日本軍醫學的奠基者之一，彼於元治年間近藤歸府之時同近藤交契頗深，筆者注）在診察組內病員時指出組內患三種病為多，一感冒，二食傷，三就是花柳梅毒，可見其危害之大。
佐野牧太郎，芝田彥太郎
此二人皆為平隊士，前者於慶應元年七月二十五日劫奪富商錢財，事露被斬。後者同一橋家臣原口某以當組的名義向商人敲詐錢財，事敗於慶應二年六月二十三日切腹。
活躍於池田屋襲擊偵察工作的淺野薰也以同樣理由而被沖田總司殺死。
以上是幾個因不法而被肅清的例子，但是類似事件也決非偶然。
長州藩的勢力被徹底逐出京都以後，在京的公武合體派諸侯的家來們都以為京都已經是自己的天下，其中一些人自然會做出一些不安分的事情。慶應元年八月八日，洛東蹴上村的“奴茶屋”被薩摩藩士橋口四郎和隈本莊助搶劫，新選組在接報後以武田觀柳齋領轄下隊士六人前去處理，雙方發生毆鬥，結果橋口被殺，隈本重傷被擒，押到屯所錄了口供後送還薩州處理。
此事使薩州深恨新選行事不講情面，畢竟當時自八一八政變以來的薩會同盟尚未破裂。這大概也是薩摩終於最後和會津分道揚鑣的一個微小的側面吧。
不久，薩州浪人富川彌兵衛便加入了新選組，他明顯是薩州潛伏在新選內部的細作，日後伊東分裂之際，此人牽線搭橋，立功非小。
田中寅藏
此人何時入隊不明，加賀前田脫藩，慶應元年改組時被拔為劍術師範。此人身手了得，據說和沖田總司能力相當，被稱為隊中屈指的擊劍者。品行剛直端正。
但他因為主張過激的攘夷論，被目為內通長州藩，終於因為這個莫須有的罪名在當年三月十五日切腹，年二七。
他是否真是內通長州呢？沒有證據。我估計他還是伊東——近藤土方路線鬥爭中的犧牲品。
他的辭世句是“當四方山花開時，萩將飄蕩在武藏的原野。”萩明顯指毛利宗家，可見他預言了長州藩必將征伐東國推翻幕府。但是呢，這僅僅說明了他和長州尊攘派心情的共鳴，光就這個說他內通長州，明顯是不足為據的。
悽風血雨油小路——御陵衛士的結成和覆亡
讓我們把眼光放到幕府二次徵長前夕。
高杉晉作驅逐保守派奪回藩政後大力擴組軍備，引起幕府的猜疑，慶應元年十一月，幕府大目付永井尚志下長查問，近藤勇改名近藤內藏介，同伊東甲子太郎，山崎丞，前田一郎，蘆谷升，新井忠雄，尾形俊太郎，服部武雄八人隨永井下長。慶應二年五月，近藤，伊東等人再從小笠原長行下長訊問。
隨幕府訊問使下長的伊東甲子太郎，親眼目睹了幕府的衰頹無能，更兼他和長州尊王派的思想發生共鳴，從而對堅持佐幕路線的近藤越發反感。慶應二年長州之行，伊東和篠原泰之進與近藤，尾形俊太郎等分別行動。他和小笠原長行和同行諸人面談，主張對長寬典。近藤等在三月十二日先行回京，而伊東直到二十七日才回到京都，在路中多和篠原泰之進談論幕府的惡政，堅定了自己尊王的政治立場。
慶應二年初夏，第二次長州征伐爆發（情況見前），幕軍在士氣高漲，裝備先進的長軍反攻下節節敗退。七月二十日，年方花季的將軍德川家茂病死大坂。
家茂在幕末混迷的政局中為打開難局努力奔走，的確是位聰明之主，但是艱險的局勢對於年僅二十一歲的他來說，實在過於沉重了......
家茂在嘉永安政期將軍繼嗣活動中的對手一橋慶喜繼任為十五代將軍。八月末在朝廷的調停下幕長戰停火，幕府在二次徵長中全面失敗，威風掃地。
伊東甲子太郎見此良機，立即準備早日從新選組分裂脫離，以便貫徹自己的勤王大志。
他通過薩摩內奸富川彌十郎會見大久保一藏（利通），暗結薩摩，以便舉事。
慶應二年九月二十六日，在三條大橋制札事件後不久，伊東會同篠原泰之進會見近藤，向近藤提出自己帶隊分離新選組，結成孝明天皇御陵衛士，以便接近薩長尊王派探聽其內情的提案，近藤知道伊東想搞什麼鬼，堅決不同意。次日，不死心的伊東再同近藤會談是事，二人各執己見互不相讓。正如篠原泰之進在日記中言：“二人（近藤土方）終不知德川遲早倒臺，更不解勤王之趣意。”最後，近藤還是同意了伊東的提案。
此後，伊東為脫隊事求得尊王派同志的理解，離開京都下九州，連會真木外記，水野溪雲齋等人。解除了自己的嫌疑，為以後共同舉事作好準備。
第二年，慶應三年三月十日，伊東一黨在泉湧寺塔頭戒光寺長老湛然法師的努力下，就任禁裡御陵衛士。就屬山陵奉行戶田大和守，先屯五條大橋附近的長圓寺。三月十一日伊東和新井忠雄從九州回京，二日後再會近藤談分離事，近藤知道伊東去向已決，沒有阻攔。十五日就分離事同京都町奉行大久保主膳，會津藩公用人野村直臣會談，得到確認，六月八日伊東一黨移屯東山高臺寺月真院。故他們又被稱為高臺寺黨。
至此，伊東甲子太郎徹底走向了近藤土方一派的對立面。
其名單如下
伊東甲子太郎
鈴木三樹三郎
篠原泰之進
服部武雄
新井忠雄
藤堂平助
阿部十郎
加納道之助
清原清
富山彌兵衛
橋本皆助
毛內監物
中西升
內海次郎
齋藤一
慶應三年六月十日，幕府正式將近藤以下的隊士編入幕府見回組，近藤為見回組與頭格，土方為肝煎格，沖田總司以下副長助勤六人為見回組格，調役六人為見回組並，拔為幕臣。使隊士中反對佐幕路線者非常不滿。茨木司就是其中一人。
彼見為平隊士，參加了三條大橋高札事件（徵長失敗後，幕府立下三條大橋旁書有長州罪行的木牌多次被志士拔掉扔下河去，新選組受命監視，於慶應二年九月十一日同正在拔牌的土佐浪人藤崎吉五郎、松島和助、宮川助五郎、澤田甚兵衛、安藤謙治、岡山禎六、早川安太郎、中山謙太郎八人發生打鬥，殺一人，縛一人），和原田左之助連手斬殺了土州方的藤崎吉五郎。他不滿於近藤的佐幕政策，和佐野七五三之助，中村五郎，富川十郎，高野良右衛門，松本俊藏，同主稅，小幡勝之進，町田克見，中村三彌等人朋比結黨，準備同伊東聯合，伊東認為現在不宜輕舉妄動，茨木不聽。六月十三日，茨木赴會津藩邸，稱自己志在勤王，不仕二主，乞請脫隊，近藤接報後，認為是伊東奸計，堅決反對茨木脫隊。當夜茨木外宿一晚，次十四日通過西村兼文（西本願寺寺務武士，《壬生浪士始末記》作者）會見了伊東。伊東力言不可再赴會津藩邸，認為茨木現在處境相當危險，應該及早隱遁避禍，以待時機，茨木不聽。上午十時，茨木十人再赴會津邸，會津將茨木，佐野，富川，中村五郎地名首謀獨居一室，告以公用人諏訪常吉不在，等公用人回來了再處理是事，茨木一直等到傍晚，新選組在人號“斬人的鍬次郎”的強手大石鍬次郎帶領下急襲守護職邸，殺死茨木四人，對外說是因為會津侯誠懇勸說之下大感愧疚，於士道之故自裁。
另外，近藤在高臺寺黨內也埋伏下了內應，他就是播磨明石浪人齋藤一。
此人大家都比較熟悉（某部漫畫之故嘛，活活），早年經歷不明，第一次編成的時候任副長助勤，第二次編成任三番隊長。戊辰戰爭時改名山口次郎，同土方歲三一起參加了會津母成峠攻防戰，後來土方同大鳥圭介，松平定敬等人撤離會津以後，齋藤作為會津殘餘隊士的指揮官活躍於若松城守城戰中，從新選的結成到滅亡為止一直是隊內的重要幹部。
伊東在分裂之後積極進行討幕準備工作，連下鎮西，中國，濃尾各地聯絡同志，藤堂平助和濃州無賴水野彌太郎約定如若舉事則水野提供農兵。當然，伊東的一系列舉動都通過齋藤洩露給了近藤，而伊東對此一點也不知道。齋藤還向伊東提出以自己化裝乞丐暗殺近藤的建議，伊東深以為然。命齋藤決行此事，齋藤化裝成乞丐面會近藤，近藤和土方，沖田一起聽取了齋藤的報告。土方立時大怒：
“我要在月真院的裡山架起大炮，門口布上小銃隊，一口氣端掉這些傢伙！”
近藤淺淺一笑，制住了土方：
“對付這些鼠輩何必如此，我自有手段將他們一網打盡。”
十一月十五日，伊東和藤堂會見了寄住在京都河原町通近江屋的坂本龍馬，中岡慎太郎，告以幕府可能對他們不利的消息。但是二人沒有聽從伊東的忠告。
當夜，近江屋事件發生，二人倒在血泊中。
當時暗殺者在現場留下了刀鞘，伊東稱是原田左之助之物。
十九日大久保利通致信巖倉具視，提到坂本事時說：“近日京師暴動候由，第一近（藤）勇所為察申侯也。”
據舊隊士結城無二三的回憶，十四日近藤曾經緊急召集隊士議事，他從原田左之助那裡聽說近藤要暗殺坂本。舊會津藩士永岡清治則回憶當天他和父親權之助，親戚山本覺馬將三善長道作刀交給近藤，當晚回去時在油小路遇見了兩名同僚，在他們那裡聽說了近藤要殺坂本，中岡的消息。
後來近藤在流山陣中被捕，就是因為土佐方面的人認定近藤是殺害坂本的元兇，極力主張處死近藤，以至近藤被斬於板橋。
但是明治二年箱館戰爭結束後，據舊見回組員，舊幕軍衝鋒隊副隊長今井信郎所言，真正的兇手是見回組組長小太刀的達人佐佐木支三郎、今井和渡邊吉太郎，桂隼之助等七人參與了這次暗殺行動。雖然如此，筆者認為坂本的死決未什麼簡單，如加以探討考證是很有意思的，限於主題篇幅，這裡不再展開研究。
十一月十八日，近藤將伊東招到自己的休息所，據說先前伊東曾經以向長州派間諜的費用為理由向近藤借錢，近藤以付錢為理由請伊東來取。
兩天前，齋藤一偷了伊東抽屜裡的五十兩金，一去不歸，篠原泰之進和服部武雄勸諫伊東道：
“齋藤在兩天前拿了錢就逃走了，足見他是近藤的奸細，今天近藤是不是有陰謀還不知道，所以請您慎重行事。”
伊東笑了笑，沒有把他們的話放在心上，大步流星地出了屯所門。
近藤在休息所大擺酒席，土方歲三，山崎丞，原田左之助等一一出席，伊東毫無顧忌地同近藤等歡宴，一直到半夜十點，伊東不勝酒力告歸。（呵呵，光明正大，心地單純善良大概是伊東先生的性格魅力吧。但是.......）
這頓酒席，大概就是近藤看在昔日隊友的面子上給伊東開的臨行酒罷。
伊東從東走入木津屋橋通，道南側是以前火災留下的殘牆斷壁。近藤乃暗伏殺手於其中。待伊東一近，早就準備好的大石鍬次郎從牆縫裡一槍刺出，刺穿了伊東的肩膀。
另一隊士勝藏拔刀而出，一刀把伊東斬成重傷，伊東強忍劇痛，拔出愛刀志津兼氏，將勝藏斬倒。
伊東氣息奄奄地走到了油小路本光寺門前，五六名殺手持刀迫近，伊東知難免一死，乃高呼：“奸賊！”被亂刀斬殺，年三十三。
不久，二三個油小路的住民敲開了御陵衛士屯所大門。
“伊東先生和土佐藩的人吵了起來，暴徒將先生斬傷，他們一共有五六個人，先生的腳被暴徒斬傷了，他讓你們趕快用駕籠把他抬回來。”
高臺寺黨的黨徒們面面相覲，心知伊東是遭了近藤的暗算，此時，鈴木三樹三郎起來說道：
“我一個人去就可以了，萬一我遭了毒手，請諸君日後一定替我報仇。”
服部武雄顯然不同意：
“對方是新選組，怎麼可以這樣大意？”
爭論到最後，篠原泰之進說：“此戰敵眾我寡，如果穿著甲冑戰死在路上，後人一定回以為我們膽小，就穿著普通衣服過去就可以了。”
大家一致贊同篠原的意見，於是命人準備駕籠，篠原泰之進同鈴木，服部，加納，毛內，藤堂和富山彌兵衛急赴出事地點。
另外一方面，近藤接到伊東已死的報告後，立即命令永倉新八和原田左之助帶隊士二十人埋伏在油小路。準備伏擊伊東的殘黨。
永倉等人一一就位，不久，只見淡淡的月光下，一束燈光照在伊東的屍體上。
來者是伊東生前相好的藝妓，輪違屋的花香太夫，她見伊東已死，不禁大驚：
“啊！伊東先生，已經......”
她感到五內俱裂，哭著跑了回去，永倉乃道於原田：
“這一定是伊東的人派來探風聲的，不要大意。”
果然不久鈴木七人抬著駕籠跑了過來，一見伊東已經死了，只能一邊嘆氣，一邊把屍體放進駕籠。這時，加納覺得苗頭不對，急忙大叫：
“小心，有敵人！”
話音剛落，永倉等人拔刀殺出，藤堂第一個應戰，服部，毛內背門柱應敵，篠原泰之進和富山對付東邊的敵人，鈴木和加納對付西邊的敵人。藤堂被敵人包圍，此時永倉新八趕到，原來近藤沒有忘記當年試衛館的舊情，特地讓永倉放他一馬。但是隊士三浦常三郎從背後追來，背斬藤堂一刀，藤堂轉身斬傷三浦，終於力盡討死。毛內被亂刀斬殺。服部武雄揮動長劍，力傷數人，終被斬殺。加納，鈴木，富山殺出重圍，藏在薩摩藩邸，篠原泰之進也幾不能脫虎口。
伊東等四名死難者的屍體擺在大街上四天無人敢收，西村兼文找到近藤，談起伊東的事，近藤貓哭耗子般地哀嘆道。
“下手的據說是土佐藩的傢伙，這些違背士道的東西現在已經不知逃到那裡去了。我和伊東君情同手足，不會置之不理。他們還有十來名同志，他們來談以後，我會考慮這些事情的。”
十一月二十日，伊東等被害者被葬在佛光寺通西的一座淨土宗寺院裡，慶應四年三月改葬在泉湧寺的塔頭戒光院。之後阿部十郎等殘黨雖然狙擊過近藤並重傷之，但也成不了什麼氣候了。
一個月後的慶應四年正月，鳥羽伏見戰役爆發......至此，新選組正式踏上了解體和流亡的道路。
閱讀更多 崇明慶爺 的文章
