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近日，Chan Zuckerberg Biohub（CZ Biohub）和Chan Zuckerberg Initiative（CZI）宣佈啟動IDseq，它是一個開源的雲分析平臺，有潛力改變世界範圍內人們檢測和應對傳染病爆發的能力。在德國柏林舉行的蓋茨大挑戰會議（Gates Grand Challenges meeting）上，Biohub的聯合總裁兼加州大學舊金山分校（UCSF）的生物化學和生物物理學教授Joseph DeRisi博士宣佈了這一消息。
CZ Biohub是家獨立的非營利性醫學研究機構，它與加州大學伯克利分校 (UC Berkeley)、斯坦福大學(Stanford University) 和UCSF有合作關係。該組織的目標是綜合科學，技術和人的能力來治癒、預防或管理人們一生中的所有疾病。CZI則是Facebook創始人Mark Zuckerberg及妻子Priscilla Chan博士在2015年12月創立的慈善組織，彙集了世界一流的工程、資金、影響力、政策等資源。CZI的重點領域包括支持基礎生物醫學研究，以及通過個體化學習來支持教育等。
IDseq最初是DeRisi博士在UCSF實驗室的一個研究項目，它能快速分析特定樣本中病原體的海量基因組數據，無論樣本是細菌、病毒，真菌還是寄生蟲。通過識別引起疾病的病原體，IDseq可以提供具有可行性的報告，描述在世界各地的實驗室和診所中所發生的具體實際情況。“病原體不會受地理邊界限制，” DeRisi博士介紹說：“在一個社區中出現的傳染病可能會影響到周邊的國家和地區。全球衛生界需要能夠快速共享數據，用來跟蹤疾病暴發或新出現疾病的情況。通過IDseq，我們希望能促進由數據驅動的決策，幫助人們更好地管理抗生素、調整免疫資源優先級，以及決定病媒控制和監測工作。”
IDseq已經在現實中證明了檢測疾病的能力。在最近的一個試點項目中，孟加拉國兒童健康研究基金會的Senjuti Saha博士利用IDseq，確定了在孟加拉國最大的兒科醫院患者的脊髓液中存在蚊蟲媒介的病毒性基孔肯雅熱（chikungunya disease，亦稱“屈公熱”）。根據這些信息，後續測試確定了同一時期的病例也患有神經侵襲性基孔肯雅熱，這些患者之前曾被標記為“神秘病例”。“這令人大開眼界，”Saha博士說：“以前認為，基孔肯雅熱只在非常罕見的情況下是神經侵襲性的。但IDseq提供的數據則表明不然，它幫助醫護人員理解了原因未知的大腦感染。這將能夠為決策者提供信息，並啟動適當的循證案件管理。”
“IDseq的最終願景是讓它成為全球實時病原體檢測的儀表板。這是史無前例的創舉，它可能是我們在治癒、預防或控制所有疾病的能力方面向前邁出的重要一步。這些正是我們在創辦Biohub時所構思的進步類型。” Chan博士評價說，她與丈夫Mark Zuckerberg兩年前共同承諾投入6億美元用於建立Biohub。
為了更廣泛地使用IDseq和有價值的進行實地反饋，比爾和梅琳達蓋茨基金會（Bill & Melinda Gates Foundation）近日宣佈將為全球衛生工作者提供新的資助機會。獲獎者將獲得DeRisi博士及其在Biohub的傳染病團隊的分子生物學和生物信息學培訓，免費訪問和使用CZI支持的IDseq平臺的權利，以及在他們自己的國家開始工作所需的必要設備和用品。這些合作伙伴關係將為產品開發提供有價值的反饋，幫助IDSeq最終公開供全球衛生工作者使用。
“IDseq快速的雲分析平臺和病原體基因組測序功能可以為全世界的實驗室和診所提供支持，這將能讓該技術實現其承諾的潛力，也能幫助確定新生兒和嬰兒的未知傳染病原因，”比爾和梅琳達蓋茨基金會的發現與轉化科學主任Chris Karp博士說：“我們從一線專業人員手中學到的知識將為下一代的準備工作提供信息，幫助直接投資上游發現平臺，用於新型疫苗和其他干預措施。”
“IDseq是推動全球健康的有力武器，”CZI科學主管Cori Bargmann博士說：“通過揭示全球病原體分佈的趨勢，我們可以幫助疾病管理和政策決策，最終可以挽救數千人的生命。”
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