1965年印尼發生政變事件，時任總統蘇加諾被迫下臺，印尼軍方蘇哈托上臺。該年9月30日印尼馬上發生惡性屠殺事件，印尼當地華人遭受非人待遇。許多華人被剝奪經濟權利，華人被從城市趕往惡劣的鄉村。甚至華人都不能使用中華的稱號，只能使用支那。
殘害印尼華人的蘇哈托，在1965年9月30日後上臺，進行了長達三十幾年的統治。
蘇哈托執政後規定華人不能使用中華族的這個稱號，只能cina（支那）這個稱號，華人在印尼也不能擁有漢字和漢語，所有中文學習都被迫關閉。有許多華人因為膚色不如印尼本地人那樣黝黑而備受歧視。
圖為艾地
當時備受印尼華人支持的印共也被取締，印共艾地也被抓獲，並在同年被印尼官方殺害。偉人還為他寫了一首悼念詩歌《卜算子·悼艾地》“疏枝立寒窗， 笑在百花前。奈何笑容難為久，春來反凋殘。殘固不堪殘，何須自尋煩？花落自有花開日，蓄芳待來年。”
1965年9月30日被蘇哈托領導的印尼軍隊迫害華人，華人被抓。華人與印尼原住民之間的矛盾最早見於荷蘭殖民地的時期。印尼獨立前，殖民政府採用“分而治之”的管治策略令佔少數的華人較有優勢，打壓大多數的原住民，引起雙方矛盾。在1965年9月30日後印尼人掌握大權，蘇哈托對付華人。
1965年9月30日後印尼蘇哈托挑撥大雅人與華人，謊稱華人殺害大雅人長老，使得華人被大雅人殺害。美國中央情報局曾把這段悲劇稱為“20世紀最慘的集體謀殺”。
1965年9月30日後華人在印尼遭到不公平待遇，華人不能有華人名字，不能不準開辦華人學校，不得進入政府部門工作，不得使用中華和中國這樣的字眼。
之後中國啟動史上最大規模的撤僑活動，大量華僑歸國，9萬多旅居印尼的華僑回國，廣東福建等地建有歸僑農場。
而現在的印尼官方對於此歷史一直都沒道歉，2016時該國總統佐科下令在全國各地尋找埋葬遇難者的萬人塚，表示如果能找到萬人冢才能有證據證明那段大屠殺歷史。
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