為了弄清計算機科學與技術還有軟件工程的關係，首先來了解一下學科和專業這兩個概念。通常來說，學科對應的是研究生的培養，而專業對應的是本科生的培養。根據教育部《學位授予和人才培養學科目錄》中的規定，一般分為三個層次，第一個層次為學科門類，第二個層次稱為一級學科，第三個層次為二級學科。在研究生培養中，大學生考研通常就是按二級學科報考。根據教育部《普通高等學校本科專業目錄》中的規定，也是分為三個層次，第一個層次也是學科門類，第二個層次是學科類，第三個層次是專業，招考大學的志願，就是按專業來招考。
計算機科學與技術既是專業名稱又是學科名稱。在研究生的培養中計算機科學與技術是工學門類的一級學科，下面包含3個二級學科，分別是計算機系統結構、計算機軟件理論和計算機應用技術，這裡計算機科學與技術在第二個層次。在本科生培養中計算機科學與技術則是專業名稱。它是工學門類下的計算機類下的計算機科學與技術專業，屬於第三個層次。通常在確定人才培養目標和方案時都是在第三個層次進行的。
軟件工程本來是計算機科學與技術中的一門課程，隨著不斷髮展，在研究生培養方面形成了一個專業碩士培養類別，就是軟件工程碩士。2002年，全國35所高校的軟件學院被教育部批准成為首批全國示範性軟件學院，授權培養軟件工程碩士，其主要目的就是培養從事軟件工程各領域工作，如軟件開發、項目管理、網絡安全等具有較高學歷層次的人才。計算科學與技術下的三個二級學科培養的是學術碩士，學術碩士更重視理論研究，專業碩士更重視應用技術。
而在本科生培養層次，軟件工程又是和計算機科學與技術平行的一個本科專業。在工學門類下的計算機類下，設有計算機科學與技術、軟件工程、物聯網工程、信息安全和數字媒體技術5個基本專業，另外還有一些特設專業。從這個層面上看，計算機科學與技術和軟件工程是兩個平行的專業名稱，都是計算機類下的專業，但培養目標有所不同。計算機科學與技術可以授予工學士或者理學學士學位，這就是說計算機科學與技術專業的培養可以有不同側重，如果側重計算機科學方向，則偏理論，可授予理學學士學位，如果偏計算機技術方向，則重應用，則授予工學學士學位。而軟件工程專業一般都是授予工學學士學位。
計算機科學與技術、軟件工程兩個本科專業它們的人才培養目標有所不同，計算機科學與技術培養能在科研部門、教育單位、企業、事業、技術和行政管理部門等單位從事計算機教學、科學研究和應用的計算機科學與技術學科的高級專門科學技術人才。而軟件工程專業培養能夠從事軟件開發、測試、維護和軟件項目管理的高級專門人才。由此可以看出計算機科學與技術專業相對更注重一些專業理論的技術的學習，其基礎性更強。而軟件工程的專業性更強，主要是研究軟件的開發、測試、維護和項目管理。兩個專業開設的基礎課程是比較相似的，專業課程則因各學校的培養目標的差異而有所不同。
通過以上分析，我們可以看出，對於計算機科學與技術和軟件工程兩個本科專業都是計算機類下的專業，軟件工程相對於計算機科學與技術則更側重於軟件開發。兩個專業都可以報考計算機科學與技術一級學科下的研究生，通常計算機科學與技術專業的學生可以報考計算機系統結構、計算機軟件理論和計算機應用技術這3個二級學科，而軟件工程專業對於計算機系統結構的理解通常會比計算機科學與技術專業的學生弱一些。當然兩個專業的學生都可以報考軟件工程碩士這一專業碩士研究生。 目前這兩個專業的就業形勢都非常好，其中以軟件工程更為好一些，計算機科學與技術專業的學生考研的學生多於軟件工程專業的學生。軟件工程專業的學生本科就業，只要個人能力強，也會有很好地回報。弄清這些問題，在高考報填報志願的時候，就可以根據自己的興趣和愛好在兩個專業之間進行選擇了。
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