陈晓娟首次为王菲创作《推翻》，两首摇滚风格浓厚的《百年孤寂》和《开到荼蘼》亦大放异彩，Adrian Chan写了《邮差》(《蝴蝶》)，该曲与《当时的月亮》是香港电台双周冠军单曲，而为百事可乐创作的《精彩》则成为香港四台冠军单曲。大碟在香港IFPI销量榜蝉联双周冠军，在台湾时适大地震也大卖35万，新加坡首日销量破2万，是新加坡年度销量冠军大碟。
2000年，发行国语专辑《寓言》。这张专辑割裂为两部分：前5首用复杂宏大的编曲和沉重的背景乐表达了一个完整的概念；后5首中也有流行度很高的“笑忘书”。“寒武纪”厚重的风格类似电影配乐、“新房客”偏向明快的电子风格。《寓言》曾获选为台湾中华音乐人交流协会2000年10大专辑，主打歌曲《笑忘书》成为2000年十大单曲。
2001年，王菲推出在EMI最后一张的中文唱片《王菲》，与在百代的第一张《王菲》同名。这次，王菲开始尝试与各地音乐人进行合作，包括新加坡的蔡健雅，台湾的伍佰和深白色，内地的三宝、金武林，以及香港的人山人海，谢霆锋为她创作的《迷魂记》也收录其中。这张专辑得上是王菲曲风最多元化的一张。专辑发布后，销售开出红盘，在日本的最高成绩是Oricon专辑销量日榜第14位。10月和11月，王菲再次登录日本。
2002年，王菲与Sony Music签下四张唱片的合约，并在2003年推出新专辑《将爱》，在这张专辑中，王菲放弃了与香港人山人海班底的尝试，亦没有再继续两岸三地+新加坡“大杂烩”道路，由她自己和张亚东担当唱片监制。她写了《将爱》、《不留》、《阳宝》、《四月雪》的四首曲，张亚东也贡献了电子乐风浓厚的《夜妆》和《烟》。
离上次《王菲》翻唱CocteauTwins时隔7年后，王菲再次翻唱欧美歌手，这次将目光投向了瑞典歌手Sophie Zelmani，原曲被改编为《乘客》及粤语版《花事了》。跟上一张专辑相同，这张专辑中依然收录了谢霆锋的一首创作《MV》。除了《将爱》的摇滚风格，整张唱片的编曲方向从百代时期的绚烂缤纷转向了内敛澄净。
2003年11月7日，推出国语专辑《将爱》，除了担任唱片监制外，她还为专辑创作了摇滚风格的《将爱》、Trip-Hop风格的《不留》等四首歌曲；该专辑融合了抒情、电子乐、Trip- Hop等曲风，并获得IFPI唱片销量大奖十大销量国语唱片、华语音乐传媒大奖年度十大唱片奖等奖项。
12月20日至12月27日，在香港红磡体育馆连开8场“菲比寻常演唱会”，并演唱了《执迷不悔》、《红豆》等代表作；同年，获得第4届中国金唱片奖港台女艺人奖、第5届CCTV-MTV音乐盛典亚洲地区最佳女歌手奖。
2004年4月，凭借歌曲《不留》入围第15届台湾金曲奖最佳作词人奖；5月，凭借专辑《将爱》获得第15届台湾金曲奖最佳国语女演唱人；9月28日，王菲与梁朝伟、巩俐、木村拓哉共同主演的剧情片《2046》上映，她在片中饰演个性犹豫不定的王靖雯；同年，在吉隆坡、新加坡、杭州等地举行“菲比寻常演唱会”。
2005年5月底，王菲的经理人陈家瑛向媒体表明：王菲已开始“无限期休息”，而张亚东也对媒体透露，她已经不打算再唱歌了。2008年，王菲演唱的歌曲《天空》入选《南方周末》评出的“改革开放三十年之十大歌曲”。
2009年12月，发行EP《爱笑的天使》，主打歌《心经》是剧情片《唐山大地震》的片尾曲。
2010年王菲正式复出歌坛，并于中央电视台春节联欢晚会上演唱歌曲《传奇》；同年，在北京五棵松体育馆举行5场演唱会，演唱会开票10天内的预售成绩达1888万元，打破中国内地演唱会门票的预售纪录；11月，在上海世博演艺中心举行五场演唱会。
2011年1月，与陈奕迅共同演唱爱情片《将爱情进行到底》的主题曲《因为爱情》，并获得第4届华语金曲奖年度最佳国语歌曲奖、第8届中国金唱片奖数字音乐金曲奖等奖项；3月，在香港亚洲国际博览馆举行5场个人演唱会，并演唱了《约定》、《给自己的情书》等代表作；同年，在武汉、哈尔滨、成都等地举行巡回演唱会。
2012年1月，发行单曲《愿》；2月，在重庆奥体中心举行个人演唱会，演唱会以“重生与四季”为主题，展现了王菲的音乐之路；同年，获得第8届中国金唱片奖数字音乐类歌手奖。2013年，演唱爱情片《致我们终将逝去的青春》的主题曲《致青春》，并获得第9届中国金唱片奖金曲奖；同年，王菲开始处于半退隐状态。
2014年9月10日，王菲与梁朝伟在香港出席佛教活动，在台上合唱《心经》。11月8日，发行歌曲《匆匆那年》的MV，发行首日播放量达到627万，创下电影宣传视频的单日播放量纪录，MV推出5天后播放量超过2000万；同年，演唱爱情片《触不可及》的主题曲《爱不可及》。
2015年7月20日，王菲独唱《清平调》录音室版本全球发行。该曲由香港金牌监製梁荣骏为王菲制作，特意编写极其华美的管弦乐，而MV瑰丽的动画与王菲空灵嗓音一气呵成贯穿全场，再配上词作家天天的书法，极好地描述一千多年前唐玄宗与杨贵妃缠绵非恻的千古恋情。9月，王菲献唱影片《港囧》主题曲《清风徐来》。
2016年7月22日，发行个人填词的单曲《尘埃》。9月，王菲经纪人陈家瑛证实，王菲于2016年底开演唱会“幻乐一场”，个唱发布会——王菲幻乐一场2016发布会在9月9日举行，窦靖童不会参与个唱。
2017年11月，马云和王菲惊喜联手合唱新歌《风清扬》！这首歌作为马云主演的首部电影《功守道》的主题曲。
2018年1月，王菲演唱的电影《无问西东》同名推广曲上线。2月15日，参加2018年央视春晚，王菲、那英共同填词并演唱歌曲《岁月》。7月5日，王菲与姜文合唱的电影《邪不压正》推广曲《偶遇》MV发布。
7月20日，王菲担任体验官的综艺节目《幻乐之城》播出。12月9日，参加综艺节目《国家宝藏第二季》。
12月，《第一财经周刊》与秒针系统联合发布“2018最具商业价值明星榜”，王菲排名第89位。
谢霆锋王菲穿情侣卫衣现身，被认出后微笑摆手示意，看似心情大好。
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