火影裡的未解之謎，都是岸本挖坑不填造成的，好好數一數的話不止五個，不過下面這五個問題是最有代表性的。
1.斑的眼睛有什麼特殊能力？
理論上每個寫輪眼都是有特殊能力者，止水的能力是別天神，帶土的能力是神威，鼬和佐助兄弟的能力是天照和月讀，可最強的宇智波斑的特殊能力還不知道是什麼。
斑生前跟柱間的戰鬥裡從未用過寫輪眼的特殊能力，穢土轉生後用的大部分是輪迴眼的能力，召喚隕石、輪墓·邊獄也都不是他寫輪眼的能力，可能是岸本忘了畫？
2.沒有寫輪眼也能開須佐？
斑身上還有一個問題，就是他“沒有寫輪眼”也能開須佐，嚴格來說是“沒有眼睛”也能開須佐——他被輪迴天生以後兩隻眼都瞎了，但他在這種狀態下開了須佐能乎打敗九隻尾獸。
須佐能乎在公式書裡的設定是“寄宿在眼睛裡的力量”，斑當時沒有輪迴眼也沒有寫輪眼，他的眼眶是兩個空洞，這就很尷尬了，到底是公式書錯了還是劇情錯了？
3.千手柱間的仙人模式從哪學的？
會仙人模式的人很多，自來也、兜、鳴人、四代火影都會，他們的仙人模式來源也很清楚，不是妙木山就是龍地洞，只有初代火影千手柱間的仙人模式不知道從哪裡學來的。
而且初代的仙人模式對於劇情沒有什麼推進作用，好好回想一下的話，會發現初代不管會不會仙人模式，劇情都不會發生改變，岸本對於初代的仙人模式描述得太粗糙了，一點也不真實。
4.八門遁甲是誰發明的？
網傳八門遁甲之陣是二代火影發明的，其實只是謠言，官方在公式書和漫畫劇情裡都沒有說過這種設定。那麼八門遁甲之陣到底是誰發明的就成了問題。
有人說是阿凱的父親邁特·戴，有人說是更久遠之前的老前輩，這些說法都不甚明確、證據不足。而且我們不知道八門遁甲這種“一旦發動就會死掉的術”是怎麼被發現的。
5.金銀兄弟的血統問題？
這是個純粹的設定漏洞——金角銀角兩兄弟是同一年死的，他們的年齡也是相同的，所以按照正常人十月懷胎的生育過程，他們必然是同一個母親生的雙胞胎。
結果在公式書裡，金銀兄弟的生日相隔1個月，這是個細思恐極的細節，只能解釋為他們兩個不是同一個媽生的……也就是說他倆是同父異母的兄弟而不是親兄弟？
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