甲午戰爭失敗後，列強掀起瓜分中國狂潮。為了救亡圖存，資產階級改良派發起維新變法，對於變法，慈禧希望強國但又擔心光緒會借變法脫離她的控制，最初表示支持，但她隨後把軍權，用人權都抓在自己手中。
1898年6月，光緒發佈帝“明定國是上諭”，實行變法。光緒帝的變法觸動了滿洲舊勢力貴族和眾多封建官僚的利益，他們聚集起來，竭力反對變法。當聽說光緒帝企圖讓袁世凱派兵圍園殺後，殺死榮祿時，慈禧等人發動戊戌政變，拘禁光緒皇帝，並處死了譚嗣同等六人。
戊戌政變後，中國北方興起義和團運動，慈禧最初主剿，但鎮壓屢屢失敗，義和團迅猛發展並進入北京。慈禧希望剿撫並用，區別對待義和團，但列強要求清政府完全剿滅義和團，並且不顧清政府的反對，堅持調兵進京。
慈禧素來對洋人不滿，於是產生了利用義和團對抗列強的想法，對列強宣戰。慈禧的決定，遭到了劉坤一、張之洞等地方督撫的反對，他們聯名電奏清廷，力主剿滅義和團，並與列強訂立條約，實行“東南互保”。
慈禧一方面要求各省將軍督撫認真佈置戰守事宜，繼續利用義和團圍攻使館、抗擊八國聯軍；另一方面，她令榮祿前往使館慰問各國使臣，又分別致國書於俄、英、日、德、美、法等國元首，請他們出面“排難解紛”、“挽回時局”，並將兩廣總督李鴻章調任直隸總督兼北洋大臣，準備與列強談判。但是，八國聯軍並沒有停止進攻。
1900年8月14日，八國聯軍攻入北京；次日凌晨，攻紫禁城東華門，慈禧帶著光緒帝、皇后等人逃往西安，令奕劻、李鴻章為全權大臣，與列強進行談判，把戰爭的責任推到義和團身上，下令對義和團“痛加剿除”。
為了維持統治，改變自身守舊無能形象，慈禧太后在“西狩”期間宣佈實行“新政”，進行經濟，軍事，教育，官制等方面的改革。
1901年2月14日批准《議和大綱》，併發布上諭，表示要“量中華之物力，結與國之歡心。”同9月7日與11個帝國主義國家簽訂了《辛丑條約》，規定按照當時中國人口的數量賠款4.5億兩白銀，39年內賠款9.8億兩白銀，懲辦主戰官員，拆除大沽到北京沿線所有炮臺等。
1901年10月6日，慈禧發卒數萬人，帶行李車3000輛，從西安出發，出潼關經河南、直隸，歷時三月於1902年1月8日回到北京。
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