“父親，皇帝到手了，咱們先要穩住。等把劉表、劉焉都收拾了，佔據了半壁江山，便可讓陛下加父親為丞相，方便挾天子總領天下。”
“請改秣陵為南京，以長安為西京，以洛陽為東都。秣陵虎踞龍盤，具有王都氣象，況且秣陵如今新營建了城池，正好可以做為都城。”
孫策一回秣陵，孫堅就連夜和孫策商定了幾件大事，首先在孫策的說服之下，關於行都的問題，孫堅打消了在秣陵建行都的顧慮。其次，孫策建議孫堅在沒有消滅劉表、劉焉佔據南方之前，先低調行事，開不開府也暫時不算特別重要，畢竟皇帝在江東的地盤上，怎麼折騰都逃不出孫堅的手掌心。
孫策其實也想趁著這個機會徹底改革當時的官制，不過畢竟才剛上手，如果動作太大，難免會引起其他幾大軍閥的反感，甚至很可能會給天下儒士落下一個擅權的口實。
孫策於是打定主意，要循序漸進，逐步改革各項制度。
第二天，劉協便按照孫堅的建議，正式詔告天下，改秣陵為南京，以長安為西京，以洛陽為東都，宣佈駐蹕於南京行宮。
然後孫堅和朱儁商量之後，重新改組朝廷。
在三公的設立上，孫堅認為天子逃出長安，朱儁居功至偉，因此拜為大司徒，成為朝廷的名義上的丞相併總領朝政。孫堅退而求其次，擔任大司馬、錄尚書事，成為朝廷的副丞相併主管全國軍事，同時掌管朝廷真正的核心中樞機構——尚書檯。而太常楊彪協助完成金蟬脫殼，更是功不可沒，於是遙尊楊彪為大司空。
在新的中央官員任命上，孫堅更是藉此機會大肆封賞他的手下僚屬，藉此奪取朝廷的大權，架空朱儁。
首先在核心的幾個官職任命上，以張昭為尚書檯尚書令，主管朝廷日常工作。又以張紘為吏曹尚書，同時兼管二千石曹，掌握朝廷人事任免和地方事務的管理。孫堅故意讓兩人成為朝廷政務核心工作的操盤手，從而將南京新朝廷的管理全部掌握在自己手上。
在孫堅的建議之下，劉協又加桓階為太常兼大司農，加向朗為太僕，加孫靜為鴻臚，加孫賁為少府，加吳景為廷尉，加孫策為衛尉，九卿之職，在劉協的默許之下，成為孫堅獎賞親信僚屬的重要工具。
劉協覺得，鑑於孫堅的特殊貢獻，又加孫堅為驃騎將軍，假節鉞；加孫堅弟弟孫靜為討逆將軍；加孫堅子孫策為破虜將軍；加孫堅兄子孫賁為蕩寇將軍。這樣一來，孫家一門四將軍，劉協也算是夠意思了。
對於地方管理上的梳理，朝廷正式任命孫堅為揚州牧，孫策為交州牧。在揚州的郡守任命上，孫堅也作了調整，由於秣陵一躍而為大漢行都南京，因此秣陵所在的丹陽郡，則按例改為丹陽尹，升任原東冶縣長孟建為丹陽尹。而在江夏郡，根據孫策的推薦，朝廷升任徐庶為江夏郡守，其餘各郡都沒有太大變化，孫堅總算將自己地盤和重新組建的新朝廷無縫對接了起來。
秣陵城自從成為了大漢行都，並改名為南京之後，各類中央官署猶如雨後春筍一般拔地而起。南京重新建立的這套中央機構，所配套的各級官署所需要的各類人才，很快就從許靖管理的納賢館裡迅速補充了進來。
得益於孫策的高瞻遠矚，納賢館行之有效的一套人才選拔和培養制度，很快就成為新朝廷所依賴的選官制度。
劉協居住的南京行宮，也按照長安、洛陽兩都的皇宮配置，迅速改建了起來。按照孫堅的意思，南京行都，必須盡顯大漢天威。
當劉協在南京正式昭告天下時，長安的李傕和郭汜這才反應了過來，在劉協的詔令當中，李傕和郭汜所掌握的長安朝廷成為了偽朝廷，涼州軍更是成為天下眾矢之的，劉協號召天下群雄展開對李郭二人的討伐。
“皇宮內的皇帝怎會是假的呢？”李傕大為不解，他怎麼會想到，自己手上那名好端端的皇帝居然是個假貨。
李傕的手下趕緊提醒道：“主公，入宮一瞧便是！”
南京的詔令傳達長安之後，李傕一直對此嗤之以鼻，直到事情越傳越真，李傕這才感覺不妙。
“主公，郭將軍來了！”
郭汜聽聞這個消息之後，趕緊第一時間摒棄成見，趕來向李傕求證起來，畢竟負責控制皇帝的是李傕。
“稚然兄，宮內的皇帝是個假貨？此事當真？”郭汜也是大為不解，明明皇帝就在長安，怎麼可能是個假貨。
“速速隨我入宮！”李傕並沒有解釋，而是拉上郭汜就進宮驗證。
等兩人帶著一群士兵氣勢洶洶地衝入皇宮，卻發現“皇帝”早已經逃之夭夭，李郭二直接傻了眼。
李傕頓時怒不可遏，大呼：“不可能！皇帝呢？皇帝呢？”李傕的士兵搜遍了整個長安城，居然都沒有發現“劉協”的身影。就在這幾天時間之內，涼州兵開啟了暴走模式，只要有可能藏身的地方，都被涼州兵裡裡外外翻查了數遍。
李傕又將南北二軍、公卿大臣以及皇宮侍從等人統統抓捕了起來，進行嚴刑拷並打逐一審問，留守在長安的朝廷官僚全部都遭了秧。
李郭二人折騰了數天之後，仍然沒有結果，這時李傕才忽然發現，賈詡、楊彪和趙溫居然和劉協一樣，忽然就從長安城中人間蒸發了。
經過審問，李傕終於梳理出了整個事件的脈絡，皇帝的忽然消失，和賈詡、楊彪、趙溫三人有著莫大的關係。
“文和誤我！文和誤我！”當李傕知道賈詡是整件事情的主謀之後，李傕氣得嚎啕大哭起來。
成也賈詡，敗也賈詡。賈詡已經成為涼州集團的叛逆，李傕立即下令追殺賈詡，並把三人留在長安的家屬全部逮捕斬殺。
長安，忽然又陷入到了一片血雨腥風當中。李郭二人自從失去了皇帝，就不再掩飾了，兩人一聲令下，涼州兵們就開始血洗長安。上到公卿大臣、下到黎明百姓，涼州兵是無差別的搶掠和屠戮，進行著最後的瘋狂。
按照目前的形勢，已經正式承認南京朝廷的曹操、袁紹等關東勢力，都已經明確表示願意為朝廷重新西征討伐涼州集團。
李傕和郭汜兩人，已經開始盤算著，要把關中搜刮一空就趕緊逃往涼州。
這時，遠在徐州戰場的曹操，正在經歷著人生當中最為驚險的一幕。曹操的好友陳宮，居然趁著曹操東征徐州之際，遊說張邈背叛了曹操，並且引來呂布入主兗州。
“這該死的公臺，我向來待他們不薄，如今居然背叛了我！”曹操披頭散髮，矗立在營帳外邊，心情十分沉重。在兗州辛辛苦苦打拼的基業，瞬間就這樣化為烏有，想到這，曹操陷入了沉思。
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