人和黑猩猩在700萬年前走上了各自獨立的演化道路，那時候的人和黑猩猩一樣，都披著一身濃密的毛髮，毛髮下是粉嫩的肌膚。到了大約120萬年前，古人類的膚色就已經開始變深，這很有可能是毛髮脫落的直接後果。當人類褪去了毛髮，就像是失去了保護一樣，蚊蟲叮咬、劃傷碰傷隨之而來，但其中最需要解決的問題是：暴曬。
淺色的皮膚+太陽的暴曬，這對古人類來說是關乎性命與生存的大事，白天烈日當頭，頂著大太陽捕獵，不光熱，能量也快速消耗，更可怕的是紫外線對皮膚的傷害會直接導致人體細胞和組織受損，身體只能靠黑色素來防禦。黑色素能起到屏蔽作用，從而保護皮膚，同時黑色素的分佈和數量決定著人的膚色，長此以往，深色的皮膚成了百萬年前古人類的“保護色”。
這種深色的皮膚維持了很長一段時間，到了大約10萬年前，人類差異化的膚色才開始形成。智人在走向世界的同時，他們的身體也在抵禦紫外線和獲取維生素D之間進行權衡。
維生素D對人來說意義非凡，它幫助人體吸收鈣和其他礦物質，這些礦物質對骨骼的生長和修復來說必不可少。但是維生素D的合成需要陽光，只有依靠紫外線，才有助於化學物質在皮膚中合成維生素D。對於那些走向高緯度地區的人來說，深色的皮膚成了合成維生素D的最大阻礙，任何一支遷徙中的人類，都需要在抵擋紫外線和吸收紫外線間平衡，所以就有了黑色素的數量和分佈差異。
基因研究幫我們還原出了智人走出非洲的路徑，大約10萬年前，氣候變化讓非洲資源告急，一些人不得不開始走向更廣闊的的遠方。隨著數次出走，智人從非洲遍佈到了歐洲、亞洲、大洋洲及美洲。在這個大遷徙中，紫外線的照射強度也隨著緯度和海拔高度而改變，黑色素分泌在變化中逐漸定型以適應環境。
前文提到了，膚色與黑色素的數量和分佈有關，具體來說，黑色素又分真黑色素和類黑色素，真黑色素呈黑褐色，類黑色素呈紅色或黃色。
科學家研究發現，名為MC1R的基因，不僅決定了人體是否能夠同時產生真黑色素和類黑色素，還對這兩種黑色素的含量和作用進行調控，這種基因在大約出現於120萬年前，很可能與人類褪去毛髮後皮膚顏色變深有關；另外兩種HERC2和OCA2基因，與較淺的膚色相關，但是在如今坦桑尼亞等非洲國家居民中普遍存在，它們源於100多萬年前，可以證明早期人類擁有較淺的膚色。
所以人類的皮膚從褪去毛髮後的淺色，先是演化出了深色皮膚當作“保護色”，避免遭受到過強紫外線的侵害，當智人走出非洲，面臨不同緯度、海拔、氣候時，黑色素的數量和分佈發生改變，差異化的膚色才得以形成。
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