舟山市境地質構造複雜。地層大部分為中生界(中生界指中生代時期所形成的地層。分為三疊系、侏羅系、白堊系。中生界地層中，以裸子植物化石和恐龍為代表的爬行動物化石為主,海中以菊石化石最多，同時有海生爬行動物等的化石。)火山沉積岩所覆蓋，偶見上古生界變質岩系露頭，
新生界第四系分佈在各島邊緣。境內廣佈巨厚的中生代火山岩，有火山噴巖、侵入岩、變質岩三大類。
群島呈西南－東北走向排列，地勢由西南向東北傾斜，南部島大，海拔高，排列密集；北部島小，地勢低，分佈稀疏。
島上丘陵起伏，高丘佔9%，低丘佔61%，平原30%，形成不同土壤類型及農作利用格局。
桃花島對峙山為最高峰，海拔544米。多數島嶼山峰在海拔200米以下，南半地勢差400米。
海岸線總長2444千米，其中基岩海岸1855千米，
人工海岸530千米，
砂礫海岸50千米，泥質海岸13千米。
水深15米以上岸線200.7千米，水深20米以上岸線103.7千米。
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