《DQ11》通關後的內容，其實並不能算作通常意義上讓你再玩一次的“二週目”，而是在一週目基礎上繼續展開全新劇情、世界各地觸發大量全新任務、扭轉所有的遺憾，是通往“真結局”的必經之路。而只有達成了真結局，玩家才能明白本作副標題《尋覓逝去的時光》的用意。
在天空魔城打倒魔王看完通關動畫後，再次讀取冒險之書的通關存檔。即可開啟本作真正的旅程——勇者為了拯救失去的同伴而穿越時光回到世界崩潰之前，打倒真BOSS邪神真正地拯救世界。
二週目主線激活方式：
1 讀檔後回到異變前的聖地拉姆達（ラムダの裡）
注意：在這段時期內前往世界各地會發生各種小劇情事件（雖然無獎勵），一旦穿越過去就看不到了。
2
前往古洛塔鎮（グロッタの町）以南的神民遺蹟（神の民の裡の跡地）取得【神秘齒輪】。
3
前往生命之樹（命の大樹）北方的被遺忘之塔（忘れられた塔），與所有同伴對話完畢找卡繆對話即可穿越時光回到過去。開始二週目主線——“尋覓逝去的時光”。
二週目支線一覽：
伊希村（イシの村）復興支線：
前往宿屋與艾瑪（エマ）對話激活復興任務。
需要尋找以下四位夥伴復興村莊：
- 狄爾卡達（デルカダール）的商人戴克（デク）
- 古洛塔鎮（グロッタの町）的武鬥家葛萊姆森（ガレムソン）
- 火焰之裡（ホムラの裡）的情報屋露帕斯（ルパス）
- 米爾蕾安森林（ミルレアンの森）的吉祥物蒙巴巴（ムンババ）
復興村莊後，即可達成與艾瑪結婚的前提條件。同時村中商店開始出售貴重物品。
索爾提科鎮（ソルティコの町）支線：
找到施維亞之父迪耶歌（ジエーゴ）觸發考驗任務，激活施維亞和葛雷格的最終技能盤。
狄爾卡達城（デルカダール城）支線：
與國王對話得到【黃金頭冠（おうごんのティアラ）】。
風穴的藏匿處（風穴の隠れ家）支線：
前往維京的根據地與黃金城之間找到卡繆妹妹瑪雅（マヤ），獲得【海盜王項鍊】。
古洛塔鎮（グロッタの町）支線：
前往孤兒院地下遺蹟，戰鬥後得到【辣妹裝（ギャルの服）】
聖地拉姆達（ラムダの裡）支線：
前往大聖堂與大神官法納德對話得到雪妮雅最強武器素材——【生鏽權杖（さびたおうしゃく）】。
神明巖（神の巖）支線：
前往伊希村神明巖頂端可觸發任務。完成後獲得【幻想短杖（ファンタスティック）】。
納吉姆拿村（ナギムナー村）支線：
村長處觸發任務。完成後獲得【海盜王帽子（海賊王のぼうし）】。
海底王國穆雷亞（海底王國ムウレア）支線：
找到女王觸發任務。完成後獲得【女王之愛】，可隨時變成魚。
尤格諾爾城遺蹟（ユグノア城跡）支線：
地下最深處觸發戰鬥，獲得【亞溫套裝（アーウィンのかぶと+アーウィンのよろい）】。
普恰勞村（プチャラオ村）支線：
與教會前少年對話觸發壁畫世界任務，完成後獲得小徽章10枚。
火焰之裡（ホムラの裡）支線：
將奧利哈爾剛賣給道具屋附近的男性。離開村莊再回來，即可在道具屋購買【王者之劍】。此外，巫女支線完成後（取得禁地鑰匙後），與其子對話可得【名刀斬鐵丸】。
克雷莫蘭城（クレイモラン城）支線：
前往王宮找女王觸發任務。完成後獲得【王家短刀（クラウンダガー）】，並且可與冰之魔女用魔龍之魂交換物品。
度魯達鄉（ドゥルダ郷）支線：
開啟連武討魔行最終考驗。
尼爾森的考驗（ネルセンの試練）支線：
前往尼爾森的旅店以西的邦德爾馮王國遺址（バンデルフォン王國跡地），進入先前封印著的門，來到考驗之裡。開啟本作最強挑戰——尼爾森的迷宮。在這裡你要面對五大BOSS鎮守的五大考驗，其中包括堪稱本作最強的【無明魔神】。每攻破一個考驗，即可許下一個解鎖隱藏要素的願望。
打出真結局之後的小驚喜：
玩家將得到一串【復活咒文】，使用後可以激活PS4版《勇者鬥惡龍1》的免費下載權。
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