該系列主要講述了人類與擎天柱領導的汽車人對付威震天領導的霸天虎的故事。
19世紀初，北極圈船長在一次災難中隨著巨大的冰塊落入深淵，落到了埋藏在冰層之下的一個機器人手掌上。船長醒來後發現機器人的眼睛正注視著他。而這臺機器人正是很久以前離開塞伯坦，前往地球尋找火種源的威震天，威震天將揭示火種源下落的地圖燒刻在船長的眼鏡上。
眼鏡作為船長的遺物一代一代地傳到了山姆的手裡。現代社會，中東卡塔爾的某個美國空軍基地遭到了狂派戰士眩暈，他將這個基地完全毀掉，而且還從一臺計算機裡獲得了大量信息。此外，眩暈還釋放了巨蠍怪薩克巨人去追殺Lennox上尉和他的特別行動小隊。
山姆成功阻止了霸天虎和汽車人兩派變形金剛的對決，拯救了全世界的兩年後，他雖然被視為英雄人物，但是他還是一個青少年，對於即將要上大學這件事充滿了焦慮，尤其是要離開他的女友米凱拉以及第一次離開他的父母。
距今50多年前，一艘來自賽博坦的飛船墜落月球，由此引發了美蘇兩國的太空競賽。人類爭相登上月球，只為一探飛船殘骸中的秘密。時間回到21世紀初，經過幾番征戰，汽車人終於挫敗霸天虎的入侵，繼而與人類合作，共同保衛美麗的地球。然而發生在切爾諾貝利的事件卻將塵封已久的月球計劃重新擺到桌面。
當年那場慘烈的芝加哥大戰，汽車人雖然成功擊退了霸天虎的入侵，卻也讓地球人對他們失去了應有的信任與尊重。由美國中情局組建的“墓風”部隊對所有的變形金剛進行無差別的獵殺，一時間汽車人和霸天虎全都在地球不見了蹤影。某天，居住在得州的落魄機械發明家凱德·伊格買回來一輛破舊的卡車車頭，誰知那竟是處在休眠中的汽車人首領擎天柱。
地球陷入毀滅危機，擎天柱失蹤，越來越多的汽車人和霸天虎來到地球，前海豹突擊隊成員威廉·倫諾克斯成為了政府軍組建的TRF中的一員，負責絞殺地球上的汽車人——不論好壞
凱德因為幫助、支持汽車人而成為政府通緝犯，所以他在一個垃圾場看管著一群倖存的汽車人。與此同時，失蹤的擎天柱被女巫昆塔莎黑化，要毀滅地球。拯救世界的責任於是落在了這支由凱德為首的非同尋常的隊伍身上，大黃蜂、一位英國爵士還有一位牛津大學教授，一場史詩浩劫徹底將地球變成了戰場 [5 。
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