新疆克孜爾水庫管理局於 1998年7月成立，為隸屬於自治區水利廳的正縣級自收自支事業單位，實行企業化管理，負責克孜爾水庫的運行管理。 克孜爾水庫位於阿克蘇地區拜城縣境內，是塔里木河水系渭幹河流域上的一座以灌溉、防洪為主，兼有水力發電等綜合效益的大型控制性水利樞紐工程， 是目前新疆維吾爾自治區最大的水庫， 總庫容6.4億立方米。水庫下游有庫車、新和、沙雅三座縣城，共70萬人口，現有灌溉面積350多萬畝，是自治區大型農業灌區和糧棉生產基地之一，並有塔里木油氣田主產區、通訊光纜、314國道和南疆鐵路等重要基礎設施。因此，克孜爾水庫的安全維繫著下游各族人民生命安全，社會穩定和經濟發展。
水庫工程由主壩、副壩、洩洪排砂涵洞、開敞式溢洪道、發電引水涵洞及壩後式發電廠等部分組成。水庫設計總庫容 6.4億m 3 ，興利庫容4.77億m 3 ，最大集水面積44Km 2 。水庫洪水按千年一遇設計（5720m 3 /s），萬年一遇效核（8160 m 3 /s），大壩為粘土心牆砂礫殼壩，最大壩高44米，主壩長920.6米，副壩長1288米。電站裝有4臺單機容量為6500Kw的水輪發電機組，總裝機容量2.6萬Kw，設計年發電量為1.34億千瓦時。
克孜爾水庫是新疆第一座應用現代壩工技術修建的土石壩水利工程，位於地震多發區，主壩右肩存在規模較大的傾倒體，工程地質條件複雜，特別是在活動斷層上築壩在國內尚屬首例。 1958年開始勘測設計，經過二十五年的不斷修改、補充和完善，於1984年進入施工前期準備，1985年10月主體工程正式開工，列為自治區“七五”計劃重點工程。 1990年9月實現截流，1991年8月下閘蓄水投入運行， 同年10月第一臺發電機組投入運行，至93年，第二、三、四發電機組相繼併網發電。水庫工程於1995年全面竣工，1998年10月正式通過水利部主持的工程竣工驗收工作。工程決算總投資3.85億元。
克孜爾水庫投入運行 以來， 最高蓄水位巳 1148.41米，相應庫容5.5763億立方米(正常高水位1149.6米，庫容6.07億立方米)，截止2004年底向下遊灌區累計供水392.32億立方米，其中調蓄水量累計74.15億立方米，為渭幹河流域帶來極大的經濟效益、社會效益和生態效益，使渭幹河徑流得到控制，水資源得以充分利用。 特別是在渭幹河流域防洪減災方面發揮了極其重要的作用， 從根本上解決了下游三縣的洪水災害問題，灌區灌溉面積由建庫前的166萬畝，擴大到現在的350餘萬畝，下游防洪保護區的河道防洪標準由原來的4年一遇提高到百年一遇。自1991年以來，水庫共攔蓄大於400 m 3 /s的洪水21次。特別是 2002年渭幹河流域發生的“7.23”超百年一遇洪水，洪峰最大流量為3677m 3 ／s， 在40小時內，庫水位上漲6.07米，壩前最高水位達1148.23米,與設計洪水位1148.57米僅差0.34米。 在自治區黨委、人民政府、防洪總指揮部及新疆水利廳的直接指揮下，克孜爾水庫科學合理地調節了“7.23”超百年曆史特大洪水，削峰率達72%，確保了水庫大壩安全，確保了下游人民生命財產安全，確保了南疆交通、通訊、石油基地和電力設施的安全，充分發揮了水庫工程的防洪效益。
根據 1997年由新疆自治區水利水電勘測設計研究院完成的《新疆克孜爾水庫經濟後評價》結果測算：克孜爾水庫多年平均防洪效益為4474萬元。渭幹河流域發生“7.23”超百年曆史特大洪水，如果沒有克孜爾水庫工程的調蓄，洪水將造成下游庫車、新和、沙雅三縣工農業及交通、通訊的直接經濟損失達21.7億元以上。直接減免下游防洪保護區的洪災直接經濟損失在34.98億元以上。
克孜爾水庫在安全監測方面不斷加大科技投入，不斷完善和改造觀測設施，採取多種觀測手段，密切監視大壩安全運行狀況。目前克孜爾水庫的自動化管理已具規模 ,先後建成了大壩原型觀測系統、水庫庫區形變遙測系統、水庫地震遙測系統、水庫防洪調度系統、灌區地表水監測系統、閘門自動化啟閉監控系統以及大壩數字自動化強震監測系統。
水庫最大集水面積 44平方公里，是世界上瀕臨滅跡的珍惜魚種—扁吻魚（俗名新疆大頭魚，國家一級保護動物）和尖嘴魚（國家二類保護動物）的棲息地，扁吻魚和尖嘴魚為提供了良好的繁衍生息條件。
克孜爾水庫作為目前新疆最大的水庫，具有得天獨厚的自然資源，水域廣闊，工程建築宏偉壯觀，樓臺亭參差有致，周圍奇峰怪石嶙峋，又與聞名遐邇的中國四大佛教石窟之一的克孜爾千佛洞相毗鄰，經水庫多年的建設，優美的自然風光與獨特的西域地理風貌有機地融合在一起。已成為人們休閒度假的好地方。
克孜爾水庫管理局始終注重水庫的科學管理、社會效益、經濟效益的發揮，注重水庫的建設和發展，在加強水庫科學管理的同時，不斷加強精神文明創建活動， 2002年被自治區文明委命名為自治區級精神文明單位，2004年水庫景區被評為全國水利風景區。艱苦創業、無私奉獻、科學進取、嚴謹求實的氛圍已在水庫形成，克孜爾水庫已成為西部一顆璀璨的明珠
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