3款基因編輯軟件ViennaRNA、MEGA、jalview的安裝


3款基因編輯軟件ViennaRNA、MEGA、jalview的安裝


1.ViennaRNA軟件安裝

1.1 官網:

https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/


1.2 Compile from Source Code(源碼)

下載:ViennaRNA-2.4.14.tar.gz


1.3 安裝

<code>tar -zxvf ViennaRNA-2.4.14.tar.gz

cd ViennaRNA-2.4.4

./configure  

make

sudo make install/<code>

1.4.使用的方法:

1.4.1 將xxx.seq(基因序列)最好是一份基因序列,不要太長,否則需要很久

1.4.2 在進入指定目錄下輸入:非root

cd /home/xgj/xgjpython/RNA(就是xxx.seq基因序列所在的文件夾)

格式

RNAcofold -p < xxx.seq

可以用gv查看

備註一下,gv是一款圖片查看器。

sudo apt-get install gv

gv 2019xg1a_ss.ps #官方教程這樣的


2.MEGA軟件安裝

2.1 的官網:

http://www.megasoftware.net/

因為它是免費的,且deb包

2.2 因為本機是deepin-linux的操作系統,有免費的deb包,那就是太爽了,所以選擇它。

下載------選擇deb包-----安裝-----搞定


3.jalview軟件安裝(基於java的)

3.1 官網:

http://www.jalview.org/

3.2 點擊這個:Linux x64 .deb (33M)下載

3.3 拖入deb包管理軟件安裝(本機是deepin-linux)


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注意安裝好了之後沒有發現快捷方式

其實已經安裝好了

在路徑和目錄下,將啟動程序發送到桌面即可。Jalview 2.11.0

/opt/Jalview/Jalview 2.11.0

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