有难度的关卡只有42、45和最终话，另外第1话的SR也值得一说，下面详解。
第1话A 魂之剑对双界帝
要点：上周目走初学者模式的玩家会错过的关卡，白金攻略中要求在EX困难模式下获得本关SR，因此特别说一下拿法。
SR获得条件为：魂之剑FF未中弹，将双界皇帝的HP减至3000以下，EX困难模式下需要利用地形补正才能顺利回避。
开局后控制魂之剑FF移动至身后地图边缘附近，等到双界皇帝过来后回身站到如图所示的实验室设施处，然后挂上精神站桩攻击吧，记得勤存档。
第42话 白光守门者
要点：本关难点主要集中在前期，不仅有两个难缠的小BOSS要尽快解决，杂兵还会不断进攻，其中有不少是4万多HP的强力机体，最后出现的BOSS亚隆萨“夫罗拉格”反而没那么难打。本关的思路很简单，就是在前期毫无保留的使用精神干掉前两个BOSS和杂兵，亚隆萨“夫罗拉格”用格兰森消耗。
开始后先不要出击，直接待机几回合后BOSS巴兰修奈尔就会在身边出现，此时立刻控制全部战力攻击，争取一回合爆发干掉。然后全部机体围绕着母舰打阵地战，敌人会慢慢的靠过来，不用吝啬精神尽情的用吧，主力被击坠也没有关系，只需要确保格兰森、精神库和两台以上的补给机存活。
清场后可以先待机几回合让精神库们回复一下SP，之后让格兰森站在离BOSS9格的位置（缩退炮的最大攻击距离），身边配置两台补给机就可以开耗了。此BOSS只会攻击最近的单位，每回合两次攻击，相应的格兰森也会反击两次，到我方回合对其进行修复补给并挂上“感应”，如此反复即可。
半血之后每到敌方回合，BOSS会按比例减少我方全场的体力，伤害不高但会打乱修理节奏，毕竟母舰沉了游戏就结束了。如果还有修理机的话就分一台照看母舰，没有的话就把母舰开到格兰森旁边轮流修理，总之见机行事。
第45话 冰冷的世界（后篇）
要点：比起42话本关要简单许多，前期杂兵的小BOSS都不强，难点在于第二个BOSS吉加汀可以自由行动，每回合两动还会大范围MAP武器，如果让他靠过来放出MAP武器后果还是比较严重的。
此BOSS喜欢乱跑，会优先攻击血少的目标，而且很容易盯上母舰，所以注意别让母舰残血。经测试，如果使用下图所示的站位，吉加汀就会只盯着格兰森攻击，那么就又能进行无脑消耗了。
最终话 双柱之门神
要点：最难的一关，玩家需要利用所有可用的资源才能取胜。
本关难点为：最终BOSSXN-L自带HP回复小，每回合回复总血量的10%（42000左右），拖得越久回的越多，利用格兰森慢慢消耗是行不通的。此外BOSS被打到一定血量时还会挂上3次防御精神来打乱攻击节奏。
攻略思路也很直接：既然每回合回复那么多HP打也打不掉，那就直接一回合干掉，越快越好。
进入关卡之前要先做好充足的准备，具体如下：
格兰森一定要上，并装上EN总量增加200的芯片。
SRX和R-GUN强化型一定要上，但要分开组队，队友带会“觉醒”的机体。SRX和R-GUN强化型要装上射程增加的芯片。
雅尔菲弥和菈妲一定要上，给雅尔菲弥带上两个SP回复芯片。
补给机、指挥机全部要上。
给两台机师会“直击”的机体分别装上“心灵冲击弹”和“装甲破坏弹”，装了“心灵冲击弹”的机体带上回复弹药的芯片，一定要上。
会“再动”、“期待”的机师一定要上。
剩下位置全部选机师会热血的机体。
开局后尽量不要消耗任何精神，控制格兰森去干掉正前方那只拉玛利斯·依达，除了补给机要跟上外，其它机体进入母舰向前移动但不要进入攻击范围。
将分裂后的拉玛利斯一并清除后就不要继续杀敌了，两边的拉玛利斯·依达不用管，待机至第8回合即可。
第8回合XN-L出现，出场后我方全体减少HP，用精神“羁绊”回复一下后开始布局。本回合不进行攻击，只是用来站位。
格兰森走到BOSS正前方9格的位置，左右两边各放一个补给机，补给机后边放置SRX和R-GUN强化型，要确保这两台机体有补给机跟随并且可以使用“天上天下一击必杀炮”，并在这两台身边放置剩下的补给机。母舰前进，但不要超过格兰森的位置。
之后结束回合，如果XN-L开始攻击格兰森就算布局成功了，如果XN-L攻击其他目标的话就将被攻击目标送入母舰，总之要让格兰森拉到仇恨。
格兰森反击3次后进入第9回合。母舰载着机体直接最大距离移动到超时空之门内，用“直击”+“装甲破坏弹”给BOSS挂上状态之后让SRX和R-GUN强化型不断用合体技攻击，攻击之前使用“热血”和“必闪”，队友用“觉醒”和“再动”让机体连续行动，SP不够用热血就用期待补充，EN不够就让补给机回满，要把团队资源全部用到这两台机体上。
BOSS在剩余HP为70%、50%和30%时会使用“铁壁”“信念”等技能打断我方输出，用“直击”+“心灵冲击弹”消去之后继续攻击。
给SRX和R-GUN强化型的资源差不多打完后，让母舰中的机体倾巢而出，全部拆成单机，挂上热血后向BOSS发动总攻击。将BOSS打到30%以下后BGM响起，那么就在全员“热血”的围攻下击坠BOSS吧。
如果没能在1回合击坠BOSS也无所谓，下回合还有一波热血攻势足以击坠BOSS，总之要在一回合内至少把BOSS的3次精神逼出来。
干掉BOSS后EX困难模式通关，辛苦了！
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